11.8.17 Paris

Il y a une contradiction dans ce titre et c'est voulu. L'idée est venue à la suite de l'étude des tRNAs: Un tRNA correspondrait à un gène protéique avec les extrémités 3'-UTR et 5'-UTR nécessaires à la transcription et ne contenant qu'un seul triplet, entre les 2, ayant l'état vibratoire d'un codon protéique. Étant donné le rapprochement de ces 2 extrémités, 3'-UTR et 5'-UTR peuvent alors s'apparier et donner la forme en trèfle à 4 feuilles que l'on connaît.

Dans l'article sur l'étude de la répétition des bases dans l'ADN des procaryotes j'ai émis l'hypothèse de la résonance dans l'ADN ce qui m'a conduit à considérer: 

• Le code génétique de l'ADN à 4 bases et
  
• L'état vibratoire des codons (2ème puce paragraphe 2 du chapitre 4.3.2.3.2)
  

L'étude des tRNAs reposait le problème du code génétique dans l'ADN:

• La position 37 est très modifiée et même plus que la position 34, comme si le code génétique (celui de la traduction) était à 4 bases;
• Pourquoi l'adénine, A, ne se trouve abondamment en 1ère position de l'anticodon que pour l'Arg chez les procaryotes? Elle existe cependant, toujours chez ces derniers, de façon significative pour le carré de la Leu ( environ 10% des procaryotes ont des tRNAs de ce type, 369 sur 4000) et de la Thr (environ 3% des procaryotes, 100). Dans les autres carrés la fréquence des tRNAs commençant par A est de de l'ordre du 1%0.
• Chez les eucaryotes la situation est complètement l'inverse des procaryotes: les tRNAs-G ont complètement disparus, sauf pour Gly, dans les carrés à 4 codons pour 1 aa; Ils sont remplacés par les tRNAs-A; La Gly devient l'exception à la place de l'Arg pour les procaryotes. Cela fait 8 carrés sur 9; Le carré de l'Ile paraît se comporter comme les autres 8 carrés, puisque les tRNAs-A remplacent les tRNAs-G et que  les tRNAs-U inexistants chez les procaryotes deviennent abondants chez les eucaryotes comme ceux des 8 autres carrés. Les 7 carrés à 2 aas n'ont toujours pas de tRNAs-A.
• Ce changement radical entre procaryotes et eucaryotes est du à l'épissage des tRNAs des eucaryotes et bizarrement, pour cela, un intron est inséré entre la position 37 et 38 me rappelant le code à 4 bases de l'ADN.

Avant l'étude des contenus en GC, qui m'a amené à la réflexion présente et qui a été abordée dans les articles répétitions des bases chez les procaryotes  et corrélations entre codons, j'avais entamé 2 réflexions en relation avec cette idée de polypeptide à un seul aa:

• D'abord tout à fait au début de ma recherche sur les origines de la vie, quand j'adoptais la méthode du plus simple au plus compliqué, je me confrontais à l'absence de gènes protéiques codant pour quelques aas seulement, ce qui bloquait cette méthode si on envisageait de démarrer les PEEMOVs par des enzymes de quelques aas seulement.
• Ensuite, toujours avant mon étude sur les contenus en GC, la réflexion sur la résonance dans l'ADN m'a conduit à proposer que ce sont les séquences à forte résonance et à forte cohérence qui devaient apparaître en premier et qu'elles devaient être courte. Les gènes des tRNAs paraissaient être les bons candidats. Par association d'idée il me semblait évident que les gènes des rRNAs devaient apparaître par duplication des gènes des tRNAs: pour les procaryotes le rRNA de la petite sous-unité du ribosome a une longueur de 20 gènes tRNAs de 75 bases (est-ce en relation avec les 20 aas protéinogènes?), soit 1500 bases, le rRNA de la grosse unité a une longueur double. Chez les eucaryotes il suffit de mettre en avant leur complexité pour imaginer quelques modifications de plus par rapport aux procaryotes pour atteindre des longueurs des rRNAs à peu près analogues à ceux des procaryotes.

 Les conséquences de cette hypothèse:

• Ne pourront être transcrites que les séquences contenant les extrémités 3'-UTR et 5'-UTR et éventuellement des séquences de triplets à état vibratoire équivalent à celui d'un codon protéique;
• Un polypeptide ne pourra se former que si les extrémités 3'-UTR et 5'-UTR sont assez éloignées pour pouvoir s'apparier après  la transcription;
• Les boucles des rRNAs seraient alors équivalentes à des gènes de polypeptides de quelques aas;
• et l’absence de tRNA pour les codons stops correspondrait à un polypeptide à 0 aa et qu'on pourrait trouver dans le rRNA.
• La RNA polymérase III des eucaryotes qui transcrit des séquences non codantes est différente de celles qui transcrivent les RNAms parce qu'elle peut transcrire plusieurs tRNAs et rRNAs regroupés ( avec donc plusieurs extrémités 3' et 5' UTR) à la façon d'un opéron. Attention voir tRNAome des eucaryotes 2017 pour les pre-tRNAs et le splicing.
  
• Les gènes codants des eucaryotes sont beaucoup plus longs que ceux des procaryotes à cause des introns et donc ont des états vibratoires différents de ceux des procaryotes favorisant par leur longueur le processus de splicing.