• Lectures

    Il s'agit, dans cette rubrique, de notes concernant l'origine de la vie lors de lecture de revues, articles et livres spécialisés.

    Chimie HP Eldik 2002      Geomicrobioloy HP 2010        Synthèse d'étape 1: La chiralité prébiotique à l'épreuve de la pression hydrostatique .        Synthèse d'étape 2: Pression hydrostatique.       Jebbar 2010: revue des piezophiles      Reviews: Carbon in earth 2013     Emergence of Life 2016

  • 11.3.20 Tanger

    La perméabilité des liposomes, p. 317 296 et les pores dans la phase cubique, p. 281, revew 2015

    Le métabolisme prébiotique et l'overcrowding: p 396

    Construire à partir du toit: p.55

    fischer-tropsch: p. 51

    La logique de l'organisation interne, p.155

    • p.168    (1er paragraphe) pour la cognition ( en arabe معرفة , prendre connaissance), ** the interaction with the environment -- actually the "perturbation" -- in order to be accepted, must be consistent with the internal logic of the living. In order words, the interaction between an autopoietic unit and a given molecule X is not primarily dictaded by the properties of the molecule X, but by the way in wich this molecule is "seen" by the living organism. **
    • p.167  (paragraphe 5) le point de vue de Luisi, différent de Maturana et Varela, ** recognizing namely that the bringing forth of a world (faire naître un monde, forth, apporter un monde en avant) is due to the cognitive interaction of the living with the environment, and that this interaction can be linked to the biochemistry of the living organism.**
    • Sans parler de métabolisme et surtout sans aucune réaction covalente, comme au début des PEEMOVs, l'interaction entre l'être vivant et l'environnement est de nature quantique: l'état vibratoire de la molécule X interfère avec l'état vibratoire de l'être vivant ou du liposome en cours d'auto-organisation. La logique du liposome naissant n'a pas à accepter ou refuser la molécule X, mais réagit en l'incorporant, parce qu'elle entre en résonance avec le liposome (la logique du liposome) soit en l'expulsant parce que l'état vibratoire du liposome le permet. Du point de vue de la molécule X, s'il n'y a pas résonance, son état vibratoire pourrait être si fort qu'il détruirait l'organisation du liposome. Par exemple pour le début de l'origine de la vie, avant les réactions covalentes, les ions beryllium  désorganiseraient le liposome en se mettant à la place des ions calcium.

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  • 22.09.14 Paris transféré dans Duve-2005 sur mon disque

    23.09.14

     

     

     

     


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  • 23.06.2013

    A partir de KEGG recherche d'une protéine membranaire (par exemple transport (others), énergie, PLD ...), puis recherche de ECO (E.Coli) et à droite cliquer sur Uniprot puis choisir "Original site". En plus de cequi est affiché cliquer sur détails de la structure secondaire pour avoir la partie hélice des zones périplasmiques et cytoplasmiques.

    KEGG transporters

    Aquaporin Z:  231 aas   6 hélices membranaires et 13 en structure secondaire

    Voltage-gated potassium channel Kch : 417 aas 6 hélices membranaires et 8 en structure secondaire

    Ammonia channel amtB : 428 aas 11 hélices membranaires et 23 en structure secondaire (pls de + de 30 aas)

    Potassium efflux system KefA : 1120 aas 11 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Outer membrane protein F ompF : 362 aas que des béta membranaires (17) et 3 hélices en secondaires le reste en béta. 

    Magnesium transport protein CorA : 316 aas 2 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Zinc transport protein ZntB : 327 aas 2 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Sodium/proline symporter : 502 aas 12 hélices membranaires pas de structure secondaire

    GABA permease gabP : 466 aas 12 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Na(+)/H(+) antiporter subunit A mrpA : 805 aas 21 hélices membranaires pas de structure secondaire    Bacillus pseudofirmus (strain OF4)

    Phosphate transport system permease protein PstC : 319 aas 6 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Phosphate-binding protein PstS : 346 aas periplasme. Structure secondaire avec 13 hélices et 12 béta

    Phosphate import ATP-binding protein PstB : 257 aas membranaire. Pas de structure secondaire mais ATP binding.

    Phosphate transport system permease protein PstA : 296 aas 6 hélices membranaires pas de structure secondaire

    KEGG Phospholipides

    CDP-diacylglycerol pyrophosphatase cdh  EC.3.6.1.26: 251 aas 1 hélice membranaire pas de structure secondaire

    CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase EC 2.7.8.5182 aas 4 hélices membranaires pas de structure secondaire

    Phosphatidate cytidylyltransferase EC 2.7.7.41 :  285 aas 8 hélices membranaires pas de structure secondaire

    21.06.2013

    Phosphorylation oxydative KEGG

    ATP synthase subunit c : 79 aas 2 hélices membranaires et 2 en structure secondaire

    ATP synthase subunit a : 271 aas 5 hélices membranaires et 4 en structure secondaire

    Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit sdhC : 129 aas 3 hélices membranaires et 5 en structure secondaire

    Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit sdhD : 115 aas 3 hélices membranaires et 4 en structure secondaire

     

     

     


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  • C'est un livre open access: Reviews in Mineralogy & Geochemistry volume 75, 2013.


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  • 27/07/12

    • Différentiel de pression nul à travers la membrane: non documenté. Est-ce une hypothèse?
    • Aux HHP la bicouche devient rapidement imperméable à l'eau et à d'autres molécules!
      • * R.Winter, C.Jeworrek, 2009. Effect of pressure on membranes. Soft Mat. 5:3157-3173.
      • * article à récupérer à l'UPMC.
    • Stabilisation du double brin de l'ADN rendant la réplication et la transcription impossible.
      • * R.B.Macgregor 2002: The interactions of nucleic acids at elevated hydrostatic pressure. Biochim. Biophys. Acta 1595: 266.276.
    • Pour une adaptation non génétique à la pression pour les protéines il introduit les osmolytes (ligne 326). C'est très documenté et prouvé pour les stress osmotiques et thermiques mais peu et non concluant pour les HHP. Liste longue des osmolytes. Ligne 361:"nous avons très peu de données concernant les solutés qui contrecarrent les effets des hautes pressions".
      • * Kelly R.H., Yancey P.H., 1999. High contents of trimethylamine oxide correlating with depth in deep-sea telost fishes, skates, and decapod crustaceans. Biol. Bull. 196: 18-25.
    • Il n'y a pas un protocole clair qui définit l'expérience in-vitro pour comparer le comportement de l'adaptation (protéines et ribosomes) entre la cellule vivante, le liposome contenant les seuls réactants nécessaires, et ces réactants en solution sans liposome.
    • Stabilité des ribosomes.
    • Inactivation d'E.Coli. voir Table 1 ligne 434.     voir ces artclies:    
      • 2002     Role of Membrane Fluidity in Pressure Resistance of Escherichia coli NCTC 8164. M. A. Casadei et al.; APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Dec. 2002, p. 5965–5972  Vol. 68, No. 12; 0099-2240/02/.00+0 DOI: 10.1128/AEM.68.12.5965–5972.2002
        Copyright © 2002, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.
      • 2004    Morphological and Physiological Changes Induced by High Hydrostatic Pressure in Exponential- and Stationary-Phase Cells of Escherichia coli: Relationship with Cell Death. Pilar Manas et al.; APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, Mar. 2004, p. 1545–1554; Vol. 70, No. 3. 
        0099-2240/04/.00+0 DOI: 10.1128/AEM.70.3.1545–1554.2004. Copyright © 2004, American Society for Microbiology. All Rights Reserved.
    • Respiration et transports (OmpH/L) comme Aix-Marseille-II.
    • Adaptation fine par réglage des processus existants.
    • Adaptation propre aux piezophiles vrais (ligne 199). Voir Table 2 ligne 437. Ces marqueurs servent à déterminer les procaryotes autochtones (pétrole? Ligne 208).
    • Disparition de certaines fonctions chez les piezophiles vrais. Exemple réparation de l'ADN (ligne 212). Est-ce une simplification qui nous rapproche de LUCAS?
      • * Camparano et al 2005 (bacteries), Gunbin et al 2009 (archées)
    • Erreur: Methanocaldococcus jannaschii est une archée méthanogène et non méthanotrophe

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