• Concept Global

  • 21.8.19 Paris

    Voir Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    16.9.19 Paris

    Je vais lister les idées qui ont émergées depuis l'étude des tRNAs. Cela ne sera pas dans l'ordre ni définitif, mais c'est pour fixer ces idées tout en continuant par ailleurs à rentrer dans les détails, ce qui me prend beaucoup de temps.

    1. Création des gènes: dans le bloc rRNA quand les 16s et les 23s sont remaniés et à la suite des tRNAs comme je l'avais suggéré dans le journal intime des réflexions.
    2. Reconstruction du génome: les gros gènes protéiques existant dans les blocs demanderaient plus de temps pour leur recréation ou leur remaniement pour la reconstruction du génome.
    3. Origine de la création des opérons: l'opéron, lactose par exemple, aurait ses gènes créés à la queue leu-leu à partir d'un opéron à rRNAs.
    4. Origine des promoteurs: les promoteurs des opérons à rRNA restent collés aux gènes créés après la disparition des blocs rRNAs.
    5. Distinction entre les gènes créés entre les rRNAs du bloc et les gènes créés à partir, ou à la suite, des tRNAs du bloc.
    6. Le rRNA 5s servirait de modèle de création des nouveaux tRNAs qui se placent à la suite des 16s23s5s.
    7. Les tRNAs créés dans les blocs seraient comme une ébauche grossière d'un gène de protéine, qui verra la longueur d'onde de ses composants (les gènes de tRNAs), divisée en longueurs d'ondes plus petites, réduites à 3 paires de base représentant les codons.
    8. Comment est créé le codon stop: Soit par le système de réparation même, soit que un tRNA de codon stop soit créé à la suite des tRNAs et subirait la même transformation en codons, pour laisser le codon stop.
    9. Comparaison avec CRISPR
    10. Ce sont les contraintes du systèmes modulées par les contraintes du milieu qui provoquent la duplication des blocs 16s23s5s, qui à leur tours se détachent et se fixent ailleurs pour créer des tRNAs puis des gènes protéiques par la machinerie de réparation et de réplication.
    11. La chaîne de synthèse de la pyrrolysine et des enzymes nécessaires aux modifications de son tRNA ainsi que l'intégration de ses codons dans les enzymes qui vont l'utiliser, me semblent plus faciles à concevoir par ces contraintes et les créations qui s"en suivent que par la réutilisation d'éléments pré-existants et leurs modifications par des mutations au fil des générations.
    12. %GC: J'ai comparé le grand nombre de mutations nécessaires pour expliquer la variation du taux GC à un tremblement de terre dans l'article sur la résonance. La création de gène et la reconstruction du génome me paraît plus adaptée, sans qu'on ait besoin de ce tremblement de terre.
    13. L'évolution adaptative: ce processus de contraintes et de créations permet une évolution progressive pour s'adapter au milieu qui change et est différente de l'évolution par sélection naturelle. La sélection naturelle procède, à partir d'un bagage existant qui fonctionne dans un milieu déterminé, par des mutations diverses et variées mais ponctuelles et les individus inaptes disparaissent. Avec l'évolution adaptative il n'y a pas cassure et réparation mais transformation progressive d'une séquence d'ADN créée grossièrement par les blocs d'ARN répondant aux contraintes majeurs que subit le procaryote.
    14. Comment est créée la fonction de la protéine? Quel lien existe-t-il entre la protéine et l'ADN? Quand est-ce que le gène nouvellement créé est transcrit puis traduit? Le lien premier est le système de réparation et réplication, ensuite c'est le chromosome en entier qui agit par sa résonance et celle de ses gènes.
    15. C'est ainsi que jusque là je pensais que la grande taille des chromosomes, chez les procaryotes, ne permettait pas une forte résonance pour créer le gène et que c'était aux plasmides qu'incombait ce rôle.  Deux faits m'ont changé d'avis, la reconstruction ci-dessus par les gros gènes et que les plasmides contiennent rarement les blocs d'ARNs. Certains plasmides contiennent de grandes chaînes de tRNAs mais sans rRNAs. C'est comme s'ils récupéraient le trop plein de création existant dans le chromosome. N'empêche qu'il faut clarifier le rôle des plasmides.

    6.11.19 Tanger

    Deux processus peuvent intervenir dans la création de gènes actuellement dans un procaryote et non au tout début des PEEMOVs où la création d'auto organisation par un nombre de monomères ADN et d'aas.

    • Le 1er processus serait la conversion de domaines protéiques déjà existant. Ils ont un état vibratoire en résonance avec le génome et sera mis en parallèle avec une séquence qui existe dans un cluster 16s-séquence-23s5s ou bien  16s23s5s-tRNAs-séquence. Plusieurs domaines pevent intégrés espacés de séquences nouvelles. L'état vibratoire de la totalité résultera des contraintes de l’environnement à ce moment. Ce processus est semblable au CRISPR où la bactérie reconnaît le soi du non-soi. Ici elle rapprocherait ( sans nécessairement couper) 2 séquences aux états vibratoires complémentaires, le cluster à rRNA et un domaine d'une protéine donnée.
    • Le 2ème processus, dans les réparations et notamment la conversion, serait la traduction des contraintes environnementales uniquement sous forme de répétitions de séquences de codons chapeautées par une séquence de gènes de tRNA ou non. C'est l'image de l'état vibratoire du génome et en particulier du système de conversion-réparation. Cela donnerait de petits cds comme je l'ai repéré dans le génome de psor.

    20.11.19 Tanger

    La danse des canards. Je reprend ici la question de la création de la fonction de la protéine abordée au point 14 du 16.9.19.

    1.  - Ce point définit le point de départ de cette création à savoir l'état vibratoire du gène déterminé par l'état vibratoire global et notamment celui du chromosome en entier. C'est un point de vue global qui ne détaille pas la séquence qui va de l'ADN à la fonction de la protéine. Ici je détaille le processus en 3 séquences toutes sous la contrainte globale qui est elle même une réponse à la contrainte environnementale.
    2.  - 1ère séquence: comme au point 14, elle commence dans l'ADN. C'est la contrainte architecturale, l'architecture de l'ADN. Elle se traduit par la création du gène, création de type domaine ou à la suite des tRNAs (voir ici note du 6.11.19). Ce gène est un cds comme indiqué dans les différents points du 16.9.19. C'est à dire qu'il peut être transcrit. La contrainte architecturale crée avant tout une séquence compatible avec le chromosome comme le phénomène CRISPR contrôle la compatibilité des morceaux d'ADN étrangers.
    3.  - 2ème séquence: C'est la contrainte réactionnelle. Les protéines de transcription réagissent à l'état vibratoire du gène et de son promoteur. Ces protéines sont soumises à une contrainte fonctionnelle, issue de la contrainte globale. D'où un début timide de transcription.
    4.  - 3ème séquence: C'est la contrainte fonctionnelle. La protéine nouvelle doit s'intégrer à l'ensemble des fonctions gérées par la globalité des protéines. S'il y a adéquation de la fonction de la nouvelle protéine avec l'organisme, alors les protéines de transcription activeront de plus en plus sa transcription. Dans le cas contraire le gène sera silencieux et se réveillera plus tard, ou bien ne se réveillera jamais et disparaîtra d'une façon ou d'une autre (pseudogène ou conversion). Cette 3ème séquence assure la création successive de plusieurs gènes d'une chaîne métabolique comme celle de la pyrolysine abordée au point 11 du 16.9.19.
       

     


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  • 21.9.19 Paris

    Voir Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    02.10.19 Paris

    Voir la rédaction du 16.9.19 dans création de gènes

    Séparation des églises et de l'état: Par ce mnémotechnique je veux dire la séparation de l'énergie (ATP dans les mitochondries)  et de la communication avec l'extérieur à travers la membrane de la cellule eucaryote, avec une bicouche seulement. Jusque là (réf. ici) j'ai supposé la formation de la cellule eucaryote tout à fait au début des PEEMOVs comme celle des procaryotes:

    • à l'interface huile/eau se forme le liposome avec une membrane double couche ayant des pores provoqués par les forces électromagnétiques de surface, et un contenu de soupe prébiotique.
    • Le liposome reste accolé à cette interface, car plus léger que l'eau et plus lourd que l'huile. Il est alors recouvert par une membrane double couche d'un liposome qui vient de la phase huile et se casse sur lui. Le périplasme, l'espace entre les 2 bicouches, peut provoquer alors une différence de potentiel à travers la première bicouche, siège des futures chaînes protéiques de la synthèse de l'ATP. Nous avons là la future mitochondrie.
    • Comme le 1er liposome formé, cette proto-mitochondrie reste accolée à l'interface huile/eau et sera recouverte par un liposome ayant gardé son contenu de soupe prébiotique. En supposant que les forces de surface (interface eau/huile) cassent la 3ème bicouche au niveau de la proto-mitochondrie et l'incorpore dans le 2ème liposome, nous avons là la configuration de la cellule eucaryote: une bicouche enveloppant une contenu de soupe prébiotique et la proto-mitochondrie contenant elle-même une soupe prébiotique.

    Comparons maintenant les cellules procaryotes et eucaryotes actuelles.

    • La cellule procaryote réunit dans un seul liposome 1 à 3 petits chromosomes souvent circulaires avec 0 ou plusieurs plasmides compatibles avec ces chromosomes, les chaînes de synthèse de l'ATP dans la bicouche interne et les protéines membranaires (à travers les 2 bicouches) nécessaires à la communication avec l'extérieur.
    • La cellule eucaryote sépare, elle, production d'ATP, dans les mitochondries, et communication avec l'extérieur à travers la bicouche externe, ou membrane. Il semble alors que cette configuration favoriserait la formation de grands et nombreux chromosomes, nécessitant une gestion d'une complexité sans commune mesure avec celle des chromosomes et des plasmides des procaryotes, notamment au moment de la division cellulaire.
    • L'hypothèse de la création des gènes chez les procaryotes (voir lien ci-dessus) m'a questionné alors sur celle des eucaryotes. Or les eucaryotes n'ont pas d'opérons polycistroniques et ont 1000 fois plus d'ADN qu'E.Coli, et qui n'est utilisé qu'à hauteur de 5% rendant le nombre de gènes codants à peine 10 fois plus nombreux que ceux des bactéries. Quel est alors le processus de fabrication de tant d'ADN? Il m'est apparu alors évident que les contraintes de la fabrication et de la gestion de cet ADN sont complètement différentes de celles des procaryotes. 
      •  Chez les procaryotes l'ADN, sous forme d'un chromosome circulaire, utilise sa résonance pour s'auto-construire et s'auto-gérer, car il ne peut utiliser la bicouche interne surchargée des chaînes de respiration et des protéines de communication traversant les 2 bicouches. Ce n'est qu'à la division cellulaire que le chromosome utilise son ancrage à la membrane.
      • Chez les eucaryotes c'est la membrane cytoplasmique (une seule bicouche) qui, avec l'aide de nouvelles protéines qui n'existent pas chez les procaryotes, va gérer et créer l'ADN. Mais la membrane cytoplasmique ne suffit pas à elle seule, car il lui faut de grandes quantités de bases nucléiques et ce sont les mitochondries qui vont les fournir avec en plus de l'énergie sous forme d'ATP qui sera transformée dans le métabolisme central en bases nucléiques de l'ADN.  Cette grande quantité d'ADN ne sert pas à créer des gènes seulement mais surtout à gérer les chromosomes mécaniquement. Plus les contraintes mécaniques seront grandes plus les chromosomes seront linéaires et grands nécessitant des protéines (histones) pour les emballer et les déplacer (actines) et tout cela favorisera les recombinaisons soumises à la sélection naturelle.
      • La membrane nucléaire: Elle est nécessaire pour la communication avec le cytoplasme, mais elle procède les échanges par de nombreux pores qui contrôlent les entrées et sorties, au lieu de communiquer avec des protéines membranaires. Elle disparaît pendant la division cellulaire et la migration des chromosomes se fait par accrochage de protéines spécialisées à la membrane cytoplasmique. On peut admettre qu'aux PEEMOVs que seule la membrane cytoplasmique suffit et que la membrane nucléaire va se former et surtout devenir fonctionnelle par la création des nouvelles protéines de contrôle aux pores.
      • Les protéines membranaires et la communication avec l'extérieur. Les mitochondries ne peuvent plus communiquer avec l'extérieur. Leur seul communiquant est le cytoplasme de la cellule eucaryote. D'où une contrainte externe par rapport à la mitochondrie totalement différente de celle des procaryotes qu'ils soient libres ou en endosymbiose. La cellule eucaryote a besoin de l'énergie et des acides nucléiques fournis par la mitochondrie et celle-ci ne répond aux contraintes extérieures à la membrane cytoplasmique que par la réaction du cytoplasme à ces contraintes.
      • Les gènes de tRNAs se terminant par t, xct ctt att gtt sont propres aux eucaryotes ainsi qu'une fréquence relativement élevés de ceux se terminant par g par rapport aux procaryotes. Les archées ne produisent strictement aucun du 1er groupe, alors que les bactéries produisent systématiquement cgt et un petit peu de ctt. Les archées presque toujours tous les gènes se terminant par a g c, mais sans duplication.
    • Nous voyons alors que l'évolution concertée entre les mitochondries et la cellule eucaryote devrait commencer dès les PEEMOVs avec la membrane cytoplasmique entourant des proto-mitochondries.

    Origine des eucaryotes: Dans cette réflexion je ne fait jamais référence aux filiations. Les eucaryotes ont leurs propres PEEMOVs comme les bactéries et les archées, ils suivent leurs propres PEEMOVS, 1ères étapes de l'évolution moléculaire (à l'origine de la vie), après formation des liposomes. Cette réflexion est en porte à faux avec la théorie de l'origine des eucaryotes par filiation d'une symbiose entre une archée et une alpha-protéobactérie. Mais je pense que, si mon cheminement dans la réflexion est bon, les ressemblances entre ce partenariat symbiote et les eucaryotes n'est que le résultat d'une convergence évolutive. Les dernières avancées dans ce domaine sont révélées dans: Asgard archaea capable of anaerobic hydrocarbon cycling. Sortira en December 2019 Nature Communications 10(1) DOI: 10.1038/s41467-019-09364-x.


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  • 21.9.18 Paris

    Voir Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    24.8.19 Paris

    I. L'article sur les grands opérons des bactéries dont un contient 21 gènes de tRNAs différents: tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In C, the B. subtilis rrnB/trnB operon is shown as an example of an rRNA operon encoding several tRNAs." 

    Les points à développer:

    • Duplications chez les bactéries par les opérons d'ARNs bsu-lmo: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (code KEGG bsu), Listeria monocytogenes EGD-e (code KEGG lmo)
    • Comparaison avec 2 génomes proches avec des opérons plus courts. Duplications chez les bactéries par les opérons d'ARNs sans rRNAs: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (code KEGG eco) et Escherichia albertii KF1 (code KEGG eal).
      • Beaucoup de doublons sans rRNA
      • Les intercalaires sont plus courts et varient moins qu'avec bsu et lmo. Est-ce du au %GC, c'est ce qui m'a amené à étudier les 16 génomes en fonction du %GC.
      • La comparaison entre les opérons sans rRNAs des 2 génomes, comme je l'ai fait entre ceux de bsu et lmo, montre qu'à un opéron à 4 aas est accolé un aa modifié ce qui le rend semblable à l'opéron à 5 aas. Cette étude m'a fait rappelé le 2ème cas de l'article concernant les opérons mélangeant tRNA et protéines: Page 16, "In B, the E. coli tufB operon is shown as an example of an operon with both tRNA and protein coding genes." C'est ce qui m'a poussé à recherché les vrais opérons chez E.Coli et non seulement les groupement.

    25.8.19 Paris

    Article sur la conversion génétique et l'évolution concertée: Multiple Ribosomal RNA Operons in Bacteria; Their Concerted Evolution and Potential Consequences on the Rate of Evolution of Their 16S rRNA. Espejo RT, Plaza N. Front Microbiol. 2018 Jun 8;9:1232. doi: 10.3389/fmicb.2018.01232. eCollection 2018.

    • Il ne traite que de l'évolution des 16s, ni des 23s et 5s et les tRNAs qui les accompagnent.
    • Mon propos ce sont les tRNAs et la variabilité de leurs intercalaires.
    • Cependant il parle des tRNAs qui se trouvent entre 16s et 23s.
    • Il montre qu'il y a 10 régions de 25 pb chacune dans 16s qui varient (comme les intercalaires entre les tRNAs?)
    • Approfondir les mécanismes de la conversion génique.

    II. Les opérons en fonction du %GC, les 16 génomes

    • Il n'y a pas de corrélation avec le %GC.
    • Les types d'opérons à rRNAs: blocs 16s23s5s  16s-atcgca-235  16s-gaa-235 et autres.
    • Génomes à doublons et sans doublons
    • Découverte d'opéron à CDS: 16s-atcgca-CDS-235 comme les opérons d'E.Coli contenant tRNAs et protéines

    III. Les opérons d'E.Coli contenant tRNAs et protéines: recherche exhaustive.

    IV. Extension des décomptes de génomes avec le CDS avant et le CDS après l'opéron: apparition de génomes très désordonnés.

    V. Recherche des types d'opérons à rRNAs uniquement, par clade et avec rupture sur le tri des noms des génomes.

     


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  • 21.8.19 Paris

    Un délire d'ADN ou la création des gènes.

    A partir des annotations de NCBI chez les bactéries, j'ai recensé les opérons puis les clusters 16s-aas-CDS-23s-5s-aas. Avec les opérons d'E.Coli associant gène de tRNA et protéines et les caractéristiques de ces clusters, l'idée m'est apparue qu'il est possible que, étant donné l’appariement entre les régions des rRNAs lors des réplications ou des réparations, des contraintes apparaissent poussant ces fonctions à les traduire en gènes de tRNA, le plus souvent, mais aussi en CDS.

     Cet article, le labyrinthe, décrit les étapes dans ma recherche des PEEMOVs qui m'ont poussé à étudier les gènes de tRNAs, alors que jusque là je pensais qu'aux PEEMOVs, les monomères d'ARN et d'ADN ainsi que les aas libres agissaient faiblement comme les macro-molécules actuelles du fait de l'organisation globale et de la force du grand nombre.

    Les points à développer:

    • Article sur la résonance, répétition des bases ADNs chez les procaryotes
    • Corrélations entre les codons des protéines en fonction du %GC: recherche de cette résonance, article.
    • Étude en même temps des tRNAs des 111 génomes en fonction du %GC
    • Problème de l'efficacité des codons multiples et origine du code génétique (ref.)
    • Corrélation entre les gènes de tRNA dans les 3 domaines: recherche pour infirmer l'efficacité des codons multiples
    • Prise de conscience que les gènes de tRNAs peuvent être différents et études des duplications dans genèse et duplication des gènes de tRNAs à partir de leur liste de la base gtRNAdb.
      • Découverte que les bactéries ont des doublons alors que les eucaryotes en ont très peu, que les champignons diffèrent des autres eucaryotes par le nombre d'introns. Ainsi certains autres eucaryotes peuvent avoir des milliers de tRNAs du même codon et cela est du à une production de tRNAs différents peut être initialisée par un intron. Les champignons n'ont pas ces excès.
      • Étude des introns dans les 3 domaines: le codon ata apparaît grâce aux introns chez les eucaryotes alors que chez les archées un des 3 codons Met a un intron. J'attribuais ce codon à ata (Ile2). Après vérification récente l'intron est sur Met et non sur ile2  ou fMET.
    • L'article sur les grands opérons des bactéries dont un contient 21 gènes de tRNAs différents: tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In C, the B. subtilis rrnB/trnB operon is shown as an example of an rRNA operon encoding several tRNAs." 
    • C'est à partir de ce moment que je me suis rendu compte que mon concept précédent de genèse de gène de tRNA correspondait à la théorie darwinienne: un gène, de tRNA ou protéique, n'est pas créé mais peut être dupliqué, muté ou supprimé. Avec ce concept les duplications de gènes de tRNA ne peuvent provenir que d'un gène existant, d'où ma recherche des tRNAs uniques. Ils pourraient être acquis par un transfert horizontal.
    • Les grands opérons de l'article m'ont ouvert les yeux et m'ont convaincu, en étendant leur recherche, que ces gènes de tRNAs peuvent être créés en grand nombre. Cependant dans la même figure de l'article il y avait les opérons de E.Coli, le génome de référence, et je l'ai comparé à celui de B. subtilis qui a un opéron à 21 tRNAs. Oh surprise! E.coli a des opérons sans rRNA contenant beaucoup de doublons (par comparaison des séquences), alors que B. subtilis n'en a aucun, tous les codons de ses grands opérons (avec rRNA ou non ) sont différents. Ainsi les concepts, darwinien ou créationniste coexistent.
    • C'est à partir de là que l'article "un délire d'ADN: Le cheminement" commence.

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  • 21.9.16 Paris

    J'allais le titrer périplasme prébiotique. C'est en effet une réflexion qui n'est pas aboutie, voir la note du 28.5.14 dans  concept global 2014, dans préparation.

    Mais ma réflexion sur le périplasme a recommencée en association avec l'article "évolution de la membrane prébiotique" et la thermodynamique prébiotique. Dans le 1er je mets en avant les forces énormes de surface qui aboutissent aux pores du liposome et dans le second il me fallait décrire les créations de liaisons covalentes de thermodynamique classique, tout à fait au début avant que n’apparaissent les liaisons covalentes biotiques. Les liaisons covalentes classiques sont incompatibles avec le vivant et doivent être interdites ou combattues  par la suite. J'avais, dans chiralité prébiotique, proposé que c'était l'organisation et les forces surfaciques des feuillets internes avec leurs têtes COO− qui joueraient ce rôle en permettant la synthèse des têtes hydrophiles et des 1ers acides nucléiques à partir de la DHA-P et des bases nucléiques et les acides gras.

    Il me semble maintenant que j'avais sous estimé l'importance de l'interface principale eau/huile qui serait à l'origine de la bicouche avec ses pores. En fait pour être complet il fallait tenir compte, en plus de l'interface principale, du mouvement des vésicules aqueuses dans l'huile vers cette surface. Ce mouvement est du à la gravitation et sa cinétique, très lente certes mais cette lenteur est nécessaire aux processus chimiques, apporte de l'énergie en plus de celle des forces de surfaces. La particularité de l'énergie gravitationnelle c'est qu'elle est directive et donne un mouvement d'ensemble à des groupes de molécules, ce que ne fait que très localement les contraintes dues aux forces électromagnétiques des surfaces (voir  "les mouvements d’ensemble" du 8.11.15 dans Thermodynamique prébiotique II 2015 ).

    La gravitation dans ce cas devient une force organisatrice. Cette organisation va s'arrêter après le détachement du liposome de l'interface principale. Dans ma réflexion sur le périplasme je n'arrivais pas à détacher le liposome à cause de sa densité toujours plus faible que celle de l'eau. Avec le mouvement d'ensemble créé par la descente de la vésicule vers l'interface principale  la répulsion, entre les 2 surfaces ioniques des feuillets des 2 bicouches qui se rapprochent pour former le périplasme, peut être vaincue. Mais en plus toutes ces forces et ces mouvements vont créer des pores dans les 2 bicouches, y mettre des acides aminés pour accomplir le pore ou joindre les 2 bicouches à travers leurs pores avec un groupement d'aas. Dans ma réflexion de 2014 sur le périplasme, il m'était très difficile d'imaginer un tel avancement. Cela rejoint les formes topologiques que j'ai pu voir en mathématiques. Mais en plus il est fort possible que des protéines membranaires prébiotiques se soient formées: ce sera un groupement d'acides aminés bouchant un pore avec des ions métalliques emprisonnés par ces aas.

    Il faut ajouter, que tant que le liposome en bicouche ne soit détaché de l'interface principale, les acides gras contenus dans la phase huile principale continuent de migrer vers le liposome pour l'agrandir ou tout simplement pour fabriquer les 2 bicouches. Mais en plus ils transportent des bases nucléiques et des hydroquinones ou leurs équivalents. Les bases ont, en effet, un indice d'hydrophobicité moyen et peuvent rester dans un feuillet, en même temps présentant leurs atomes polarisés( oxygène et azote) vers l'eau  et en même temps laisser leur cycle hydrophobe dans le feuillet. Elles se comportent comme les acides gras, mais sans la queue aliphatique.

    Nous voyons ainsi qu'une organisation très complexe peut se mettre en place. Mais le plus important c'est qu'elle a un temps limité pour se faire et ceci arrive à point nommé puisque le liposome peut donner le 1er protobionte fonctionnel et autonome. Attention je dis fonctionnel, mais pas du tout comme une cellule: il peut, par le mouvement de ses têtes hydrophiles, les acides aminés et les ions qu'il contient, établir un courant d'où il prélèvera avec les forces faibles et les 1ères organisations des molécules qui lui donneront plus d'organisation. C'est ce principe, une organisation dynamique crée de plus en plus d'organisation, qui devrait remplacer le second principe de la thermodynamique classique qui fait intervenir l'entropie pour remplacer le manque d'information de l'homme.

    Le protobionte ainsi formé a tout pour évoluer vers la cellule: il a 2 pôles d'évolution. Un pôle qui évolue vers une différence de potentiel électrique de plus en plus grande grâce aux protéines membranaires prébiotiques et la circulation des fluides. Ce pôle produira les 1ères liaisons covalentes biotiques (ATP). Le 2ème pôle est la cristallisation de plus en plus grande des acides nucléiques qui, d'après le principe précédent de l'organisation produisant de l'organisation, contraindra l'ensemble à une plus grande organisation. La grande similitude entre ARN et ADN fera que l'ARN jouera le rôle d'intermédiaire organisateur entre le tout et l'ADN. Les aas et les monomères d'ARN créeront alors la traduction et le métabolisme central.

    25.9.16 Paris

    La formation du périplasme comme décrit le 21.9.16 peut aussi être appliquée à la formation de la mitochondrie et et de la membrane nucléaire. Le noyau et la mitochondrie sont couverts tous les 2 par une double bicouche. Par contre la membrane des eucaryotes est une simple bicouche. La formation des membranes du noyau et de la mitochondrie serait due à un accident de la formation du périplasme qui se serait fragmenté en deux sphères qui se seraient recouverte par une dernière bicouche toujours avec les forces dynamiques décrites le 21.9.16. Une sphère aurait enveloppé le groupement des monomères d'ADN libres et des acides aminés libres constituant le nucléoïde primitif, l'autre sphère serait la double membrane avec un périplasme primitif.

    Cette hypothèse serait la seule à expliquer l'origine de la membrane nucléaire. Je n'est pas encore trouvé dans la littérature une hypothèse de l'origine de la membrane nucléaire. Mon hypothèse permet en outre d'entrevoir une évolution concertée du noyau et de la mitochondrie. Car l'hypothèse du procaryote primitif qui aurait englober une bactérie en endosymbiose, pour donner une mitochondrie, est un peut simpliste et surtout floue. Et même si l'on admet cette origine pour la mitochondrie, on imagine mal comment une autre bactérie entrerait et engloberait l'ADN du procaryote qui aurait évolué vers l'ADN eucaryote, 2 ADNs aux fonctionnement tout à fait différents: organisation du chromosome (compactage par super-enroulement chez le procaryote et par les histones chez les eucaryotes)  et organisation des gènes en opérons chez les procaryotes et épissage d'un seul RNAm.

    La ressemblance de la mitochondrie avec un procaryote serait en faite une évolution convergente, les 2 se trouvant dans un environnement identique. Dans cas un liposome primitif à une seule membrane, contenant un noyau primitif contraignant le périplasme de la mitochondrie primitive à produire son énergie. Dans le cas de l'endosymbiose, le noyau eucaryote réorganise le procaryote par le processus de la mutagenèse dirigée du contenu en GC (%GC).


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