Tableaux numériques

05.09.2013

Protéines ribosomales Protéines du cytoplasme Hélices α membranaires Séquences ADN Perl répétitions des bases:aléas Perl répétition des bases: chromosome Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle:tableaux. Perl codons: m protéines n organismes. Perl %GC gène.
Perl %GC gène

Par mekali le 6 Juillet 2016 à 21:28

06.07.16 Tanger

# Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans le .txt) dont le nom est sous la forme nom-organisme concaténé au nom de la protéine, exemple: smf6115.
#Mettre à jour la liste des noms des organismes (@noms) et des protéines (@z) sans supprimer le préfixe a de a6115 par exemple (pour pouvoir mettre des chiffres).my

my @noms=(acs,aly,apla,ath,bacu,bta,cal,chx,cic,cme,cre,ecb,ehx,fab,gga,gla,hsa,lcm,lth,mcc,mmu,mus,myb,mze,ndi,ngi,oas,ota,pbi,pic,ppa,pper,pti,sce,sly,tca,ttt,tup,xma,xtr);
my @z=(    a2777E1 );
my @cod =(t,a,c,g);
my $m=@z;
my $pt=$m-1;
my $n=@noms;
my $nt=$n-1;
my @q = ([(0)x4]x$n);
my @fic = (a)x$m;
my $i=0;
my $j=0;
my @p = (0)x4;
foreach $l (0..$nt) { #++
@p = (0)x4;
foreach $k (0..$pt) {
$lz=length($z[$k])-1;
$zi=substr($z[$k],1,$lz);
$fic[$k]=$noms[$l].$zi;
}
foreach $k (0..$pt) { comptfich($fic[$k]);}
sub comptfich {
$filename=$fic[$k];
open ($fh, '<', $filename);
while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
   chomp $lis;
while ($i <= 60)   {
$lu = substr($lis,$i,1 );
foreach $j (0..3) {
if( $lu eq $cod[$j] ) { $p[$j]+=1; }
                  }
$i=$i+1;           }
$i = 0;                         }
close $fh;
             }
@{$q[$l]}=@p;     } #++
foreach $k (0..$pt) {
print ($z[$k],";"); }
print ("\n");
#
print ( "xx;");
foreach $i (0..3) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ("\n");
#
foreach $i (0..$nt) {
print ( $noms[$i],";");
@p=@{$q[$i]};
foreach $k (0..3) {
print ( $p[$k],";");}
#
print ("\n");    }

<br />

votre commentaire
Perl codons: m protéines n organismes

Par mekali le 27 Février 2016 à 11:43

27.02.16 Paris

#
#               Perl pour compter les codons d'un ensemble de protéines pour plusieurs organismes.
#
# Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans le .txt) dont le nom est sous la forme nom-organisme concaténé au nom de la protéine, exemple: smf6115.
#Mettre à jour la liste des noms des organismes (@noms) et des protéines (@z) sans supprimer le préfixe a de a6115 par exemple (pour pouvoir mettre des chiffres).

my @noms=(smf,hcr,ssdc,sbw,ple,bfl,rip,pub,cad,tme,hhl,ial,dte,axl,thl,bbd,hmr,vpr,nis,nse,hhd,hth,pdi,fbt,tli,amo,mah,ssm,lfc,bvs,caa,dal,mcu,din,aba,dba,sus,saci,
tai,gau,vin,age,mts,cmi,ksk,tsu,aae,sbn,bmf,sho,zin,crp);
my @z=(   a6115,
   a6114,
   a27771,
   a2777A,
   a61142,
   a6119,
   a27761,
   a27762
         );
my @cod =   (tta,ttg,ctt,cta,ctg,ctc,   # Leu
       aaa,aag,ttt,ttc,                            # Lys Phe
       tct,tca,agt,tcg,tcc,agc,                # Ser
       tat,tac,aat,aac,                           # Tyr Asn
       aga,cga,cgt,agg,cgc,cgg,           # Arg
       cat,cac,caa,cag,                       # His Gln
       gga,ggt,ggc,ggg,                       # Gly
       gaa,gag,gat,gac,                     # Glu Asp
       gca,gct,gcg,gcc,                        # Ala
         tgt,tgc,atg,                        # Cys Met
       cca,cct,ccg,ccc,        # Pro
       tgg,                   # Trp
       gtt,gta,gtg,gtc,         # Val
       act,aca,acg,acc,          # Thr
       att,ata,atc,                            # Ile
       taa,tag,tga);                            # Stp
my $m=@z;
my $pt=$m-1;
my $n=@noms;
my $nt=$n-1;
my @q = ([(0)x64]x$n);
my @fic = (a)x$m;
my $i=0;
my $j=0;
my @p = (0)x64;
foreach $l (0..$nt) {
@p = (0)x64;
foreach $k (0..$pt) {
$lz=length($z[$k])-1;
$zi=substr($z[$k],1,$lz);
$fic[$k]=$noms[$l].$zi;
}
foreach $k (0..$pt) { comptfich($fic[$k]);}
sub comptfich {
$filename=$fic[$k];
open ($fh, '<', $filename);
while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
   chomp $lis;
while ($i <= 60) {
$lu = substr($lis,$i,3 );
foreach $j (0..63) {
if( $lu eq $cod[$j] ) { $p[$j]+=1; }
                   }
$i=$i+3;           }
$i = 0;                         }
close $fh;
}
@{$q[$l]}=@p; }
foreach $k (0..$pt) {
print ($z[$k],";"); }
print ("\n");
#
print ( "Leu;");
foreach $i (0..9) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Lys;Phe;Ser;");
foreach $i (10..19) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Tyr;Asn;Arg;");
foreach $i (20..29) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "His;Gln;Gly;");
foreach $i (30..37) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Glu;Asp;Ala;");
foreach $i (38..44) {
print ($cod[$i],";");}
print ($cod[49],";");
#
print ( "Cys;Met;Trp;Pro;");
foreach $i (45..48) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Val;");
foreach $i (50..53) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Thr;");
foreach $i (54..57) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Ile;");
foreach $i (58..60) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ( "Stp;");
foreach $i (61..63) {
print ($cod[$i],";");}
#
print ("\n");
#
foreach $i (0..$nt) {
print ( $noms[$i],";");         # Leu
@p=@{$q[$i]};
foreach $k (0..9) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";;;");               # Lys Phe Ser
foreach $k (10..19) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";;;");               # Tyr Asn Arg
foreach $k (20..29) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";;;");               # His Gln Gly
foreach $k (30..37) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";;;");               # Glu Asp Ala
foreach $k (38..44) {
print ( $p[$k],";");}
print ( $p[49],";");
#
print (";;;;");               # Cys Met Trp Pro
foreach $k (45..48) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";");               # Val
foreach $k (50..53) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";");               # Thr
foreach $k (54..57) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";");               # Ile
foreach $k (58..60) {
print ( $p[$k],";");}
#
print (";");               # Stp
foreach $k (61..63) {
print ( $p[$k],";");}
#
print ("\n");   }

<br />

votre commentaire

Perl répétition des bases: chromosome

Par mekali le 27 Février 2016 à 11:00

17.11.15 Paris

Programme en perl pour compter les bases répétées

#!/usr/local/bin/perl           mekki 17.11.15           Comptage de séquences de bases répétées
#
#   Résultat: KEGG donne 4 641 652 paires de bases. Chercher dans organismes de KEGG eco (Escherichia Coli).
#
#3   50279   50147   31599   31526   490653      −−−−>   Il y a 31 526 séquences de ggg.

n	t	a	c	g
1	572,076	575,694	684,256	684,448	2,516,474
2	155,479	155,226	185,070	183,945	1,359,440
3	50,279	50,147	31,599	31,526	490,653
4	15,523	15,380	6,067	6,027	171,988
5	5,929	5,810	1,086	1,056	69,405
6	1,929	1,891	153	154	24,762
7	475	472	31	25	7,021
8	97	109	7	3	1,728
9	11	7	1	0	171
10	0	0	0	1	10
					4,641,652

La séquence de base originale est celle de NCBI, eco par exemple, et je copie le fichier FASTA dans un document .txt. Chaque ligne contient 70 bases. Pour accéder à eco NCBI je passe par KEGG2 organism et clique sur la séquence du chromosome.

# ** perl **

@Valeurs = ();
# Initialisation du tableau
foreach $b (2..5) {foreach $n (2..21) { $Valeurs [$b] [$n] = 0;}}   # ********* augmenter les bornes supérieures si nécessaire: séquences spécifiques ************
$NbElem = @Valeurs;
# ********* Changer le fichier qui doit être en txt ************
$filename = "dnaecoli.txt";
my $tl = -s $filename;
print ("$tl    total \n");       # *Total sur le disque différent de KEGG ***********
my $i = 0, $k=0;
my @m= (1,2,3,4);
my $j=0;
my @p = (0)x4;
# ********* Comptage du 1er caractère pour les chromosomes circulaires ************
open ($fh, '<', $filename);
$lis1 = <$fh>;
$car = substr($lis1,0,1 );
$j=1;
for ($i=1; $i<=70; $i+=1) {       # 70 à changer si on doute que le 1er caractère est sur une séquence plus grande   ***********
$lu = substr($lis1,$i,1 );
if ($lu eq $car) { $j+=1;}
else { $i=70;}}
#print ( $car, " ", $j, "\n");
$d=$j;
close $fh;
$i=0;
$j=0;
# ********* Comptage de toutes les séquences répétitives. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
open ($fh, '<', $filename);
while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
   chomp $lis;
while ($i <= 70) {           # 70 à remplacer par la longueur total du chromosome si on a un seul enregistrement   ***********
$lu = substr($lis,$i,1 );
if( $lu eq "T" ) {            #("1","2","3","4"); pour les aléas. ************
   if($p[1] == 0) {
       foreach $j (@m, $m!=1) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } }
       $p[1]+=1;}
   else { $p[1]+=1; }}
if( $lu eq "A" ) {
   if($p[2] == 0) {
       foreach $j (@m, $m!=2) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
       $p[2]+=1;}
   else {$p[2]+=1;}}
if( $lu eq "C" ) {
   if($p[3] == 0) {
       foreach $j (@m, $m!=3) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
       $p[3]+=1;}
   else {$p[3]+=1;}}
if( $lu eq "G" ) {
   if($p[4] == 0) {
       foreach $j (@m, $m!=4) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
       $p[4]+=1;}
   else {$p[4]+=1;}}
$i+=1;};
$i = 0;};
foreach $j (@m) {
    if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } };
#print ( $Valeurs [$b] [$n], " ", $b, " ", $n, "\n");
#
# ********* Ce qui suit: uniquement si le chromosome est circulaire. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
#
@c=("T","A","C","G");           #@c=("1","2","3","4"); pour les aléas. ************
foreach $k (0..3) {
#print ( $c[$k], " ", $b, "\n");
if ($c[$k] eq $car) { $x=$k+2;}};
if ( $x == $b ) {
$Valeurs [$b] [$n] -=1;
#print ( $Valeurs [$b] [$n], "\n");
$n = $n + $d;
#print ( $b, " ", $n, "\n");
$Valeurs [$b] [$n] +=1;
$n = $d+1;
#print ( $b, " ", $n, "\n");
$Valeurs [$b] [$n] -=1;}
#
# ********* Fin de ce qui suit uniquement si le chromosome est circulaire. ************
#
print ("n t a c g \n");
foreach $k (2..21) { $j=$k-1; print ( $j," ", $Valeurs [2] [$k]," ", $Valeurs [3] [$k]," ", $Valeurs [4] [$k]," ", $Valeurs [5] [$k], "\n")};
close $fh;

votre commentaire

Perl répétitions des bases: aléas.

Par mekali le 27 Février 2016 à 10:47

27.02.16 Paris

#   Comptage, par aléa, des répétitions de bases pour un %GC donné.
# 3 paramètres à changer ici sur la 1ère ligne et sauvegarder avant d'exécuter le programme dans un terminal.
# exemple compter les répétitions pour un %GC de 17/46=36.9% et un chromosome de 5 013 479 bases.
my $ll=46; $gc=17; $efc=5013479;
my $at=$ll-$gc;
my $gc1=$gc-1; $at1=$at-1;
my $gc2=$gc+3; $gc3=$gc2+1; $gc4=$gc3+$gc-2;
my $at2=$gc4+1; $at3=$at2+$at-2; $at4=$at3+1; $at5=$at4+$at-2;
my $l=$ll*2;   # le max de l'aléa ***
my $i=0;
my $r=0;
my $k=0;
my $s=0;
my $v=0;
my $a=0;
my $e=0;
# Initialisation du tableau pour les fréquences
@Valeurs = ();
foreach $b (2..5) {foreach $n (2..21) { $Valeurs [$b] [$n] = 0;}}   # ********* augmenter les bornes supérieures si nécessaire: séquences spécifiques ************
my @m= (1,2,3,4);
my @p = (0)x4;
#
my @u=(1,$at2..$at3); @d=(2,$at4..$at5); @t=(3,5..$gc2); @q=(4,$gc3..$gc4);
for ($k=1; $k<=$efc; $k+=1) {
$r = int rand($l) + 1;
#print ($r, "\n");
if ($s==0) {
foreach $i (0..$at1) { if ($r == $u[$i]) {
$s=1;
}}}
   if ($s==0) {
   foreach $i (0..$at1) { if ($r == $d[$i]) {
   $s=2;
   }}}
       if ($s==0) {
       foreach $i (0..$gc1) { if ($r == $t[$i]) {
       $s=3;
       }}}
           if ($s==0) {
           foreach $i (0..$gc1) { if ($r == $q[$i]) {
           $s=4;
           }}}
Freq($s);
if($v == 0 ) {
       if($a==0) {$a=$s;}
       if($s==$a) { $e +=1;} else {$v=1; }}
$s=0;}
$s=0;
Freq($s);
#
sub Freq {
#
my ($s) = @_;
my $j=0;
# ********* Comptage de toutes les séquences répétitives. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
#
if( $s == 1 ) {
   if($p[1] == 0) {
       foreach $j (@m, $m[$j]!=1) {
            if ( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
       $p[1]+=1;}
   else { $p[1]+=1;}}
if( $s == 2 ) {
   if($p[2] == 0) {
       foreach $j (@m, $m[$j]!=2) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
       $p[2]+=1;}
   else {$p[2]+=1;}}
if( $s == 3 ) {
   if($p[3] == 0) {
       foreach $j (@m, $m[$j]!=3) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
       $p[3]+=1;}
   else {$p[3]+=1;}}
if($s == 4 ) {
   if($p[4] == 0) {
       foreach $j (@m, $m[$j]!=4) {
            if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
       $p[4]+=1;}
   else {$p[4]+=1;}}
if($s != 0 ) { return}
if($s == 0 ) {
foreach $j (@m) {
    if ( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
               $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } }}
@c=(1..4);
foreach $k (0..3) {
if ($c[$k] == $a) { $x=$k+2;}};
if ( $x == $b ) {
$Valeurs [$b] [$n] -=1;
$n = $n + $e;
$Valeurs [$b] [$n] +=1;
$n = $e+1;
$Valeurs [$b] [$n] -=1;}
#
#print ("e=", $e, "\n");
print ("n t a c g \n");
foreach $k (2..21) { $j=$k-1; print ( $j," ", $Valeurs [2] [$k]," ", $Valeurs [3] [$k]," ", $Valeurs [4] [$k]," ", $Valeurs [5] [$k], "\n")};
return;}
#

<br />

votre commentaire

Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle: tableaux

Par mekali le 24 Février 2016 à 17:29

24.02.16 Paris

Tableaux faits avec le programme "Perl codons: m protéines n organismes" .

1. Tableau 1 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 111 bactéries

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

Les codons usages en fonction du %GC dans 6 protéines : EC 6.1.1.5 6.1.1.4 2.7.7.71 2.7.7.7A 2.7.7.61 2.7.7.62

Isoleucyl-tRNA synthetase: 6.1.1.5,

Leucyl-tRNA synthetase : 6.1.1.4 ,

DNA polymerase I : 2.7.7.71,

DNA polymerase III subunit alpha : 2.7.7.7A,

DNA-directed RNA polymerase subunit beta: 2.7.7.61,

DNA-directed RNA polymerase subunit beta': 2.7.7.62.

Chez 111 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

aae aba ade age amd amo apt axl bae bbd bfl bla bmf bmv bsu bvs caa cad cbd cbl cff cgq chp cje cmi cmn crp

cta dal dba ddr din dpt dte dvl eal eco eno fbt fnc gau gva hcr hhd hhl hmr hth ial kpn ksk lat lfc liv ljf lla lpl mah

mcac mcu mts nis nse opr pac pae pdi pgd pgi ple pmh ppoy pub ret rip roa rpr rru saci salb say sbn sbw sbz sep

sgr sho sma smf smk spi spl ssdc ssm sty sus synd tai tde thl tli tma tme tos tpas tsu uur vin vpr xcb ype zin

La séquence des bases de chaque protéine est celle présentée par KEGG au format 60 bases par ligne utilisé par mon programme Perl pour les décomptes.

Les bactéries suivantes n'ayant pas de EC 2.7.7.71 ou celui-ci étant de petite taille, j'ai du leur ajouter une autre protéines la Valyl-tRNA synthetase EC 6.1.1.9:

hcr, rip, ple, zin, crp.

Chez hth et aae EC6.1.1.4 est en 2 morceaux comme présentées dans KEGG.

Tableau 1 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 111 bactéries 1/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc
zin	5,704	13.5	516	492	8	7	9	0	0	1082	19	394	8	1101	402	124	53	67	0	4	117	65	51	1	0	152	85	66	1	0
crp	5,754	16.6	587	468	48	33	35	2	1	822	39	506	21	861	527	99	56	37	4	2	185	115	65	5	0	169	86	73	5	5
hcr	6,162	22.5	601	398	30	144	24	1	4	691	53	287	23	744	310	184	80	96	7	1	236	135	95	3	3	220	60	151	2	7
mcac	6,157	23.7	594	472	38	36	48	0	0	544	40	245	15	584	260	179	113	63	3	0	373	274	86	10	3	306	215	83	1	7
ssdc	6,979	24.2	658	526	40	66	21	2	3	603	67	303	14	670	317	260	143	94	17	6	342	184	131	16	11	310	151	121	12	26
sbw	6,126	25.1	539	388	32	71	32	8	8	594	25	281	17	619	298	214	90	102	11	11	347	188	133	14	12	254	125	94	21	14
uur	5,709	25.5	519	385	48	35	48	1	2	466	57	222	20	523	242	187	100	73	6	8	326	219	76	22	9	262	84	150	15	13
ple	6,355	26.2	615	402	104	44	51	9	5	560	79	259	10	639	269	203	87	91	17	8	371	172	148	32	19	311	110	166	22	13
smf	6,594	26.3	580	379	23	134	38	6	0	536	113	214	41	649	255	208	108	97	1	2	440	208	216	13	3	317	179	132	2	4
fnc	6,345	27.1	597	353	72	117	49	3	3	498	115	183	42	613	225	214	98	113	3	0	424	238	156	24	6	301	129	165	1	6
bfl	6,691	27.4	656	434	127	50	27	11	7	423	76	252	10	499	262	231	89	105	26	11	410	156	180	53	21	303	181	98	12	12
cbl	6,334	28.3	541	326	37	110	63	3	2	447	114	191	52	561	243	237	120	106	5	6	445	186	230	21	8	287	116	156	5	10
rip	6,756	28.5	589	255	116	84	67	34	33	520	131	244	93	651	337	209	101	70	30	8	355	161	95	52	47	262	110	95	30	27
rpr	6,715	29.0	628	314	48	145	69	27	25	432	115	256	47	547	303	235	78	127	23	7	430	155	195	50	30	328	159	107	33	29
pub	6,563	29.7	596	317	59	126	72	18	4	573	103	267	43	676	310	238	125	97	7	9	375	244	95	25	11	319	140	143	16	20
cad	6,259	29.9	520	240	31	116	115	14	4	402	136	173	61	538	234	232	128	89	14	1	436	163	236	31	6	327	144	152	22	9
cje	6,706	30.5	648	280	93	233	26	4	12	583	87	275	23	670	298	215	74	123	12	6	386	176	127	79	4	265	126	76	15	48
pmh	6,431	31.1	640	270	97	156	77	15	25	409	108	187	45	517	232	258	103	110	19	26	435	241	123	35	36	303	132	109	17	45
tme	6,265	31.4	558	208	99	161	61	11	18	470	154	199	46	624	245	263	145	83	14	21	469	197	187	62	23	306	76	154	42	34
sep	6,094	32.1	550	330	50	92	56	9	13	358	74	149	81	432	230	245	122	101	17	5	415	188	148	55	24	337	129	144	47	17
hhl	5,968	32.5	579	409	45	35	76	13	1	279	163	167	23	442	190	229	121	86	16	6	419	176	186	29	28	290	167	96	11	16
cff	6,826	33.3	626	200	68	243	75	21	19	503	112	246	34	615	280	231	72	104	47	8	416	198	160	34	24	298	137	93	40	28
ial	6,612	33.9	557	123	100	206	22	55	51	469	135	182	118	604	300	268	74	107	63	24	479	311	111	28	29	341	145	138	18	40
ljf	6,108	34.5	545	245	94	130	57	8	11	243	239	154	67	482	221	273	155	103	9	6	432	256	123	24	29	318	228	49	10	31
dte	6,744	34.9	631	115	19	351	59	7	80	454	231	206	60	685	266	288	130	131	12	15	500	309	147	13	31	304	109	145	21	29
lla	6,098	35.3	582	138	191	191	17	11	34	352	39	171	79	391	250	263	152	93	11	7	418	248	73	53	44	332	146	140	30	16
axl	6,089	35.7	579	283	68	93	95	24	16	291	132	164	71	423	235	245	134	56	55	0	423	210	132	36	45	312	80	158	65	9
thl	6,146	36.0	534	254	129	61	59	20	11	338	72	166	49	410	215	253	92	113	39	9	450	194	146	58	52	337	113	131	48	45
lat	6,822	36.3	605	188	130	167	49	28	43	336	140	211	61	476	272	284	78	145	26	35	464	204	122	74	64	303	105	115	46	37
bbd	6,699	36.8	591	103	218	140	41	42	47	371	161	164	130	532	294	252	101	110	23	18	466	149	160	98	59	308	123	91	30	64
liv	6,136	37.1	559	198	73	167	85	16	20	366	45	143	88	411	231	256	148	58	42	8	442	180	151	67	44	365	108	155	56	46
hmr	6,542	37.5	578	98	143	184	60	51	42	341	294	196	75	635	271	243	64	86	45	48	482	266	116	60	40	290	48	137	38	67
tde	6,640	37.9	608	135	97	223	35	38	80	323	263	200	75	586	275	276	17	95	54	110	406	195	132	18	61	343	52	105	52	134
spi	6,089	38.3	534	90	149	186	32	27	50	283	101	158	87	384	245	243	134	85	15	9	449	220	53	94	82	353	111	122	35	85
vpr	6,688	38.6	572	161	208	130	31	3	39	331	102	108	120	433	228	270	137	114	18	1	524	182	266	51	25	384	136	170	47	31
chp	6,625	39.1	645	246	123	119	77	40	40	301	173	180	77	474	257	280	67	162	21	30	464	203	124	67	70	318	123	108	39	48
spl	6,656	39.1	620	95	112	151	165	77	20	179	227	112	117	406	229	282	132	95	40	15	484	221	127	95	41	346	122	85	37	102
tsu	6,769	39.2	562	31	102	356	8	31	34	349	236	158	119	585	277	288	60	117	107	4	442	274	100	32	36	343	132	155	32	24
nis	6,688	39.7	614	49	119	200	37	90	119	487	148	201	61	635	262	263	119	67	57	20	437	124	126	103	84	308	55	104	76	73
cmn	6,612	40.3	650	206	164	131	59	45	45	320	147	186	92	467	278	277	78	142	20	37	488	237	96	83	72	307	113	87	66	41
nse	6,535	41.1	638	94	122	180	72	86	84	259	197	215	81	456	296	239	87	82	45	25	510	205	122	102	81	296	80	109	58	49
cta	6,612	41.3	654	198	165	119	73	50	49	290	168	168	105	458	273	277	66	149	28	34	487	197	116	88	86	301	111	85	55	50
hhd	6,207	41.8	578	120	84	193	41	102	38	278	136	119	103	414	222	263	93	93	67	10	483	150	175	95	63	290	68	92	76	54
gva	6,876	42.0	604	58	215	234	17	38	42	133	234	111	138	367	249	311	144	110	55	2	516	257	95	144	20	356	178	47	81	50
cbd	6,598	42.4	684	269	195	79	28	65	48	361	77	174	43	438	217	289	33	86	83	87	505	149	88	157	111	361	59	50	125	127
bae	6,116	43.2	577	87	82	229	15	108	56	316	118	127	95	434	222	268	30	98	134	6	460	144	110	110	96	303	54	124	93	32
aae	6,656	43.5	629	59	12	146	55	85	272	239	416	114	159	655	273	298	33	57	35	173	508	198	161	81	68	296	59	57	88	92
bsu	6,118	43.5	580	81	70	227	28	128	46	309	119	125	98	428	223	267	48	89	121	9	459	163	99	95	102	308	56	136	97	19
hth	6,294	44.0	627	60	61	251	50	101	104	234	312	176	57	546	233	271	58	100	30	83	472	111	142	166	53	271	65	86	30	90
lpl	6,158	44.5	559	180	210	60	30	46	33	127	243	113	101	370	214	276	121	77	53	25	443	202	34	87	120	362	77	51	153	81
pdi	6,975	45.1	616	88	311	63	32	97	25	201	350	60	219	551	279	298	18	75	176	29	476	136	145	128	67	366	59	50	143	114
ppoy	6,312	45.5	593	26	120	88	23	261	75	183	200	107	103	383	210	285	47	69	155	14	492	120	147	138	87	335	33	84	139	79
tma	6,437	46.2	604	9	54	146	20	150	225	289	243	64	177	532	241	308	67	74	75	92	532	156	56	201	119	298	45	93	83	77
sbn	6,619	46.3	630	154	123	65	52	172	64	218	161	112	121	379	233	275	111	85	53	26	479	156	91	158	74	353	120	52	54	127
fbt	7,135	46.5	631	31	35	90	27	401	47	235	263	161	137	498	298	311	56	89	95	71	507	89	235	174	9	368	56	66	43	203
tli	6,594	47.1	639	61	214	156	44	99	65	202	254	111	108	456	219	295	57	120	46	72	560	160	112	186	102	256	69	48	54	85
ype	6,655	47.6	651	77	175	44	27	296	32	267	111	115	110	378	225	295	108	75	87	25	486	201	86	119	80	336	88	31	67	150
amo	6,577	48.0	658	54	176	176	25	142	85	124	288	114	118	412	232	312	27	73	70	142	496	95	89	156	156	267	36	36	100	95
pgi	6,924	48.3	637	27	142	125	48	173	122	207	235	85	178	442	263	317	32	96	108	81	470	103	131	126	110	377	66	113	94	104
mah	6,590	48.7	626	92	254	58	37	122	63	225	146	103	118	371	221	282	17	54	170	41	510	136	69	100	205	321	44	21	122	134
ssm	6,489	49.0	596	12	56	224	9	155	140	180	274	146	109	454	255	283	17	68	78	120	462	152	49	102	159	311	25	24	48	214
eal	6,649	49.7	641	17	55	47	11	447	64	294	108	86	125	402	211	303	43	38	207	15	493	177	107	142	67	339	83	18	62	176
lfc	7,158	50.0	761	107	104	235	33	136	146	298	154	189	80	452	269	365	83	93	97	92	489	191	67	74	157	360	77	115	62	106
eco	6,641	50.8	636	21	43	52	6	455	59	294	105	82	129	399	211	300	54	31	203	12	496	170	116	137	73	333	67	13	54	199
sbz	6,631	51.3	630	24	47	48	18	436	57	281	113	88	131	394	219	298	52	39	192	15	488	147	96	155	90	340	63	12	88	177
bvs	6,984	51.7	600	6	124	34	1	234	201	206	313	68	200	519	268	316	4	63	81	168	494	62	132	199	101	363	17	24	92	230
sty	6,647	52.1	626	18	43	34	12	456	63	271	126	82	139	397	221	298	32	43	215	8	495	153	74	161	107	341	47	12	93	189
tpas	6,795	52.8	614	68	138	170	30	108	100	164	193	209	53	357	262	289	48	104	86	51	549	138	105	250	56	353	72	75	127	79
apt	6,709	53.0	611	8	71	105	20	371	36	139	177	123	102	316	225	351	68	69	130	84	518	168	55	250	45	362	25	110	107	120
caa	6,655	53.6	610	7	63	63	15	207	255	80	313	41	184	393	225	320	97	18	156	49	438	111	27	102	198	363	53	46	44	220
cgq	6,572	54.1	595	6	109	98	12	251	119	32	280	45	163	312	208	306	148	95	45	18	511	172	20	174	145	365	66	15	41	243
dal	6,708	54.5	603	13	95	83	3	317	92	188	306	104	144	494	248	301	4	53	62	182	524	75	30	250	169	339	19	16	95	209
eno	6,643	55.1	634	9	29	35	4	491	66	266	129	63	156	395	219	297	74	53	159	11	480	153	82	164	81	342	43	15	72	212
mcu	6,668	55.4	607	19	149	26	19	318	76	121	199	91	140	320	231	335	21	50	171	93	488	71	53	215	149	386	63	21	90	212
din	6,484	56.1	603	3	23	68	4	383	122	114	256	107	141	370	248	282	27	34	53	168	459	83	42	179	155	313	26	21	57	209
say	5,844	56.8	591	100	203	39	16	137	96	124	80	109	67	204	176	321	4	32	185	100	493	49	39	243	162	305	21	19	123	142
bmf	6,767	57.2	582	2	51	124	7	271	127	53	320	54	188	373	242	325	18	39	229	39	504	129	14	178	183	337	23	20	140	154
kpn	6,638	57.5	638	7	20	39	4	493	75	244	140	62	155	384	217	299	28	29	233	9	489	147	64	176	102	325	42	4	51	228
aba	6,814	58.4	619	6	89	50	11	180	283	92	348	28	219	440	247	320	29	32	171	88	534	82	30	217	205	360	28	12	118	202
dba	6,540	58.6	623	5	63	92	6	322	135	90	301	73	189	391	262	308	12	32	123	141	486	59	17	195	215	318	19	16	109	174
synd	6,472	59.1	684	0	68	54	3	381	178	73	227	17	152	300	169	337	18	43	124	152	501	64	8	316	113	343	20	15	65	243
pgd	6,745	59.6	571	1	36	47	10	391	86	133	224	86	157	357	243	343	10	38	209	86	519	95	17	234	173	348	31	29	65	223
pac	6,549	60.0	581	5	93	82	20	227	154	47	250	41	171	297	212	312	37	47	160	68	534	112	27	173	222	369	74	22	69	204
bla	6,780	60.5	585	1	63	32	3	257	229	35	282	8	225	317	233	340	17	29	236	58	507	21	7	337	142	360	10	17	144	189
ret	6,795	61.3	604	0	30	65	5	301	203	44	331	31	205	375	236	329	10	26	224	69	505	80	7	111	307	337	10	16	125	186
sus	6,560	61.9	603	3	79	34	7	335	145	59	338	34	204	397	238	317	10	17	219	71	477	29	29	309	110	325	10	12	165	138
saci	6,666	62.3	668	2	87	46	4	194	335	63	301	16	199	364	215	356	17	23	167	149	494	44	4	108	338	346	12	21	101	212
smk	6,805	62.7	572	1	23	77	4	230	237	34	325	21	230	359	251	343	3	12	264	64	490	50	13	145	282	330	8	13	143	166
dvl	6,720	63.0	649	1	14	66	3	263	302	21	338	8	227	359	235	339	4	25	101	209	491	18	17	232	224	399	5	27	111	256
ddr	6,859	63.4	630	3	15	21	3	495	93	46	264	36	196	310	232	346	14	35	136	161	512	25	16	290	181	399	26	18	84	271
tai	6,576	63.8	667	7	46	82	18	349	165	9	301	23	203	310	226	323	10	16	100	197	591	59	14	355	163	232	6	3	26	197
gau	7,015	64.3	675	1	92	17	5	304	256	12	312	38	215	324	253	342	18	9	228	87	579	16	17	374	172	390	5	15	225	145
xcb	6,764	65.0	664	1	53	7	1	528	74	18	293	17	200	311	217	320	3	7	251	59	507	15	2	330	160	336	7	7	59	263
rru	6,688	65.4	613	3	67	65	3	389	86	30	298	21	213	328	234	327	4	7	170	146	516	57	1	206	252	334	3	3	54	274
dpt	6,845	66.2	651	0	22	7	8	542	72	73	226	54	166	299	220	350	8	28	122	192	497	11	24	364	98	344	23	7	57	257
pae	6,664	66.6	663	0	23	4	6	510	120	29	336	1	226	365	227	295	4	9	238	44	519	28	32	228	231	310	10	1	16	283
roa	6,576	67.4	605	0	27	8	0	332	238	5	290	0	205	295	205	319	0	7	202	110	548	27	4	209	308	351	7	3	128	213
bmv	7,207	68.1	668	1	38	21	3	322	283	21	348	16	226	369	242	339	3	9	263	64	553	17	9	286	241	341	1	4	231	105
tos	6,617	68.6	761	10	32	70	26	289	334	18	326	49	191	344	240	405	2	17	54	332	531	15	3	363	150	260	2	0	53	205
vin	7,203	68.9	674	0	4	13	5	217	435	5	378	5	254	383	259	374	1	19	185	169	582	16	2	280	284	364	5	3	138	218
age	6,707	69.4	663	0	11	2	0	345	305	3	459	1	231	462	232	328	3	7	152	166	531	4	1	334	192	326	2	1	153	170
opr	6,646	70.0	688	0	27	21	1	347	292	18	306	10	226	324	236	355	2	8	130	215	540	10	7	284	239	286	1	1	73	211
mts	6,481	70.3	614	0	10	11	2	268	323	15	282	0	230	297	230	311	1	6	145	159	511	8	3	192	308	376	3	2	164	207
sma	6,581	70.7	601	0	5	11	0	376	209	1	311	1	231	312	232	328	1	3	221	103	526	14	7	166	339	385	7	5	150	223
amd	6,465	71.3	601	0	11	7	1	394	188	3	249	1	212	252	213	332	2	0	266	64	536	7	2	176	351	365	8	1	147	209
sho	6,553	72.0	589	0	5	11	0	386	187	0	295	4	223	295	227	329	0	1	221	107	510	7	1	171	331	388	7	3	102	276
sgr	6,561	72.2	588	0	2	7	0	369	210	1	302	2	227	303	229	330	0	2	209	119	536	7	5	156	368	392	2	3	134	253
cmi	6,446	72.7	624	0	5	1	1	236	381	0	244	0	212	244	212	322	1	6	169	146	507	0	2	186	319	370	4	2	179	185
salb	6,571	73.3	602	0	2	4	0	355	241	0	288	1	228	288	229	323	0	5	205	113	520	3	2	127	388	391	1	2	77	311
ksk	6,526	74.2	609	0	6	3	0	400	200	0	259	1	216	259	217	345	2	1	244	98	528	2	0	156	370	370	1	1	40	328
ade	6,733	74.9	623	0	2	3	0	304	314	4	372	0	226	376	226	362	1	4	277	80	559	1	0	348	210	290	0	0	100	190
	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc

Tableau 1 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 111 bactéries 2/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc
zin	5,704	13.5	269	127	86	50	1	2	3	330	12	736	17	342	753	81	38	40	2	1	48	3	66	3	51	66	3	936	373	558	5
crp	5,754	16.6	359	144	115	74	12	3	11	304	47	576	68	351	644	80	36	36	6	2	80	11	62	44	91	62	11	867	480	367	20
hcr	6,162	22.5	344	123	154	39	7	12	9	267	20	491	27	287	518	248	143	88	10	7	22	1	91	1	23	91	1	717	520	136	61
mcac	6,157	23.7	356	95	142	107	1	0	11	249	18	398	67	267	465	285	87	184	3	11	29	4	118	2	33	118	4	581	494	63	24
ssdc	6,979	24.2	406	192	120	57	13	12	12	267	10	442	23	277	465	329	121	148	39	21	70	12	153	83	82	153	12	785	509	252	24
sbw	6,126	25.1	355	160	88	59	11	11	26	227	20	319	65	247	384	296	134	152	6	4	56	8	135	67	64	135	8	629	392	203	34
uur	5,709	25.5	321	48	158	89	12	5	9	229	29	373	48	258	421	290	107	143	24	16	30	9	118	4	39	118	9	568	475	39	54
ple	6,355	26.2	365	102	132	91	13	10	17	243	36	315	80	279	395	276	145	106	15	10	96	8	131	79	104	131	8	709	276	398	35
smf	6,594	26.3	362	118	143	76	7	2	16	260	19	326	41	279	367	316	159	140	3	14	43	4	159	54	47	159	4	574	194	372	8
fnc	6,345	27.1	338	125	133	56	5	4	15	250	21	283	46	271	329	340	170	153	2	15	44	3	153	57	47	153	3	515	177	306	32
bfl	6,691	27.4	409	179	101	80	18	19	12	268	26	404	38	294	442	330	128	164	29	9	67	10	163	72	77	163	10	671	412	214	45
cbl	6,334	28.3	342	123	100	84	3	16	16	230	33	275	52	263	327	333	133	168	6	26	53	12	165	58	65	165	12	508	113	383	12
rip	6,756	28.5	497	227	113	53	37	51	16	193	50	261	102	243	363	228	90	109	19	10	67	18	176	81	85	176	18	670	296	213	161
rpr	6,715	29.0	416	123	117	90	22	18	46	211	36	313	64	247	377	391	156	184	28	23	55	21	141	63	76	141	21	604	332	206	66
pub	6,563	29.7	414	128	151	81	14	13	27	156	45	293	94	201	387	348	138	167	22	21	57	14	123	59	71	123	14	556	367	142	47
cad	6,259	29.9	353	100	112	93	17	5	26	210	46	227	78	256	305	297	142	121	22	12	43	6	149	62	49	149	6	510	97	393	20
cje	6,706	30.5	369	93	55	131	13	8	69	212	32	298	46	244	344	458	177	188	61	32	53	22	149	57	75	149	22	526	311	104	111
pmh	6,431	31.1	456	157	135	87	20	24	33	159	37	332	58	196	390	332	135	130	30	37	46	17	109	75	63	109	17	474	262	148	64
tme	6,265	31.4	318	83	89	78	23	27	18	177	97	203	90	274	293	302	165	80	32	25	45	7	121	62	52	121	7	550	226	277	47
sep	6,094	32.1	327	99	103	89	9	9	18	180	61	218	79	241	297	349	160	137	30	22	25	4	144	61	29	144	4	445	269	96	80
hhl	5,968	32.5	268	110	42	88	5	11	12	200	25	223	34	225	257	373	101	235	13	24	47	7	119	55	54	119	7	418	293	77	48
cff	6,826	33.3	428	69	70	125	22	10	132	208	53	272	78	261	350	448	143	206	44	55	33	34	164	62	67	164	34	562	156	329	77
ial	6,612	33.9	327	73	112	58	20	22	42	181	58	226	98	239	324	380	169	141	33	37	26	20	140	57	46	140	20	516	324	109	83
ljf	6,108	34.5	301	110	100	62	6	14	9	141	92	194	86	233	280	429	151	213	17	48	26	1	157	66	27	157	1	382	296	7	79
dte	6,744	34.9	315	120	72	55	9	32	27	143	110	103	117	253	220	409	136	214	16	43	55	12	119	68	67	119	12	499	256	164	79
lla	6,098	35.3	303	79	151	38	9	6	20	154	55	191	83	209	274	462	139	222	39	62	17	3	158	63	20	158	3	394	282	11	101
axl	6,089	35.7	309	58	126	68	29	5	23	179	45	155	94	224	249	381	145	145	67	24	25	3	133	62	28	133	3	451	318	26	107
thl	6,146	36.0	314	106	69	68	24	15	32	193	51	219	73	244	292	425	133	215	31	46	22	4	165	70	26	165	4	393	271	32	90
lat	6,822	36.3	517	213	95	75	51	50	33	162	37	247	50	199	297	404	124	184	48	48	70	24	170	77	94	170	24	577	299	176	102
bbd	6,699	36.8	370	139	84	47	19	34	47	148	96	213	117	244	330	440	148	177	45	70	28	13	155	75	41	155	13	499	232	41	226
liv	6,136	37.1	312	79	49	59	39	50	36	136	75	164	97	211	261	445	158	142	94	51	27	3	154	65	30	154	3	401	248	18	135
hmr	6,542	37.5	344	79	81	60	24	53	47	176	90	162	111	266	273	406	143	140	28	95	31	25	145	56	56	145	25	507	139	301	67
tde	6,640	37.9	355	77	50	33	59	73	63	159	89	121	150	248	271	445	117	136	27	165	28	45	162	71	73	162	45	476	186	147	143
spi	6,089	38.3	309	88	96	41	14	21	49	117	106	133	103	223	236	477	101	216	45	115	19	4	168	68	23	168	4	391	227	9	155
vpr	6,688	38.6	326	142	15	36	3	85	45	139	92	154	126	231	280	479	152	211	60	56	59	22	171	75	81	171	22	406	217	13	176
chp	6,625	39.1	401	178	53	65	26	45	34	166	66	163	78	232	241	422	100	234	44	44	56	26	151	71	82	151	26	479	268	84	127
spl	6,656	39.1	327	105	89	26	35	7	65	84	116	64	188	200	252	559	153	215	106	85	50	12	191	72	62	191	12	420	185	10	225
tsu	6,769	39.2	370	106	84	18	29	46	87	112	141	132	150	253	282	460	147	150	102	61	25	75	163	82	100	163	75	466	281	79	106
nis	6,688	39.7	320	50	35	92	21	37	85	165	83	132	113	248	245	458	160	105	92	101	38	14	147	66	52	147	14	537	201	74	262
cmn	6,612	40.3	414	184	46	61	33	59	31	152	69	150	70	221	220	465	100	244	64	57	46	31	143	70	77	143	31	436	273	49	114
nse	6,535	41.1	447	116	90	78	69	57	37	145	96	191	103	241	294	415	163	118	80	54	55	46	144	54	101	144	46	469	188	194	87
cta	6,612	41.3	402	173	46	57	31	58	37	153	68	139	75	221	214	487	104	247	68	68	50	32	144	70	82	144	32	438	266	46	126
hhd	6,207	41.8	353	87	54	77	18	76	41	156	74	139	116	230	255	401	108	169	60	64	20	14	150	67	34	150	14	348	200	43	105
gva	6,876	42.0	384	124	42	30	48	74	66	78	143	137	147	221	284	587	214	271	78	24	14	45	176	84	59	176	45	340	247	19	74
cbd	6,598	42.4	305	50	45	48	69	51	42	126	79	156	74	205	230	529	99	142	157	131	28	26	140	73	54	140	26	410	251	34	125
bae	6,116	43.2	328	74	83	29	22	54	66	121	94	96	124	215	220	424	101	131	120	72	16	18	149	62	34	149	18	372	190	26	156
aae	6,656	43.5	239	34	34	22	14	94	41	30	231	34	195	261	229	379	122	95	99	63	26	36	116	79	62	116	36	457	77	303	77
bsu	6,118	43.5	328	95	86	30	15	34	68	120	94	78	135	214	213	427	110	121	123	73	14	19	147	63	33	147	19	374	187	18	169
hth	6,294	44.0	313	65	44	31	25	60	88	107	170	75	119	277	194	335	88	100	60	87	32	31	127	66	63	127	31	433	59	321	53
lpl	6,158	44.5	297	50	93	63	33	23	35	113	121	89	152	234	241	498	108	162	100	128	14	8	179	67	22	179	8	361	196	4	161
pdi	6,975	45.1	353	95	28	39	27	95	69	142	135	116	211	277	327	467	34	182	91	160	28	43	165	75	71	165	43	497	98	33	366
ppoy	6,312	45.5	319	35	25	35	66	80	78	104	104	101	120	208	221	465	115	123	126	101	18	25	155	71	43	155	25	384	184	15	185
tma	6,437	46.2	311	76	32	28	43	81	51	47	219	55	172	266	227	356	80	74	100	102	30	17	131	72	47	131	17	464	85	200	179
sbn	6,619	46.3	322	85	77	30	45	16	69	103	90	58	185	193	243	580	117	138	153	172	40	25	179	71	65	179	25	421	175	12	234
fbt	7,135	46.5	308	58	50	24	45	50	81	109	148	109	204	257	313	531	118	112	51	250	12	42	165	76	54	165	42	458	203	43	212
tli	6,594	47.1	372	80	42	55	42	78	75	107	90	102	123	197	225	434	102	118	87	127	54	30	136	87	84	136	30	403	100	241	62
ype	6,655	47.6	304	81	42	31	33	57	60	115	89	65	157	204	222	568	125	167	151	125	32	32	195	76	64	195	32	393	176	10	207
amo	6,577	48.0	338	41	25	11	68	88	105	90	123	53	144	213	197	447	80	77	62	228	19	61	146	86	80	146	61	444	67	231	146
pgi	6,924	48.3	377	60	33	59	64	87	74	140	124	170	104	264	274	480	115	129	48	188	35	37	178	74	72	178	37	462	146	88	228
mah	6,590	48.7	337	38	34	31	113	63	58	138	66	138	104	204	242	549	73	79	206	191	21	44	168	69	65	168	44	388	141	46	201
ssm	6,489	49.0	335	30	18	51	59	107	70	126	93	99	125	219	224	442	78	57	84	223	26	38	171	71	64	171	38	425	136	41	248
eal	6,649	49.7	301	80	16	14	38	89	64	93	123	34	188	216	222	570	117	108	248	97	29	32	191	72	61	191	32	376	125	7	244
lfc	7,158	50.0	500	139	89	29	49	148	46	114	60	158	97	174	255	432	114	114	57	147	24	26	173	72	50	173	26	471	241	62	168
eco	6,641	50.8	301	83	16	11	33	92	66	86	131	26	197	217	223	575	128	96	259	92	25	36	192	72	61	192	36	376	97	3	276
sbz	6,631	51.3	306	72	19	20	44	93	58	97	117	50	173	214	223	557	91	75	274	117	27	32	188	72	59	188	32	385	145	6	234
bvs	6,984	51.7	358	8	7	23	201	52	67	111	164	66	254	275	320	469	24	94	21	330	18	46	176	72	64	176	46	493	167	49	277
sty	6,647	52.1	298	65	15	10	48	98	62	91	124	42	179	215	221	558	71	78	279	130	21	39	185	72	60	185	39	386	126	5	255
tpas	6,795	52.8	383	140	40	57	62	50	34	143	116	130	73	259	203	547	192	87	214	54	88	38	168	72	126	168	38	388	212	57	119
apt	6,709	53.0	303	93	19	13	22	100	56	83	82	59	116	165	175	682	180	164	123	215	21	48	174	83	69	174	48	354	212	6	136
caa	6,655	53.6	354	11	27	34	65	129	88	40	151	87	165	191	252	566	125	65	169	207	23	38	131	79	61	131	38	454	112	2	340
cgq	6,572	54.1	319	79	22	6	29	166	17	43	167	31	205	210	236	584	165	193	108	118	14	19	167	87	33	167	19	352	119	1	232
dal	6,708	54.5	310	23	4	5	38	158	82	60	140	43	172	200	215	524	30	44	115	335	7	81	212	64	88	212	81	381	120	22	239
eno	6,643	55.1	316	90	16	5	39	95	71	80	132	23	193	212	216	558	120	90	232	116	25	33	197	73	58	197	33	381	108	5	268
mcu	6,668	55.4	323	49	26	22	56	126	44	77	133	67	160	210	227	571	82	142	164	183	16	32	172	92	48	172	32	325	164	10	151
din	6,484	56.1	346	22	24	44	30	140	86	78	135	69	161	213	230	505	42	69	81	313	22	60	176	58	82	176	60	425	135	36	254
say	5,844	56.8	251	15	8	35	100	48	45	115	66	64	77	181	141	498	30	37	199	232	23	21	127	104	44	127	21	284	181	8	95
bmf	6,767	57.2	325	21	15	8	141	91	49	124	59	73	139	183	212	656	84	108	234	230	10	41	200	78	51	200	41	402	96	3	303
kpn	6,638	57.5	310	59	4	9	47	114	77	82	129	34	185	211	219	574	64	91	278	141	12	47	192	74	59	192	47	380	101	3	276
aba	6,814	58.4	315	16	15	12	113	70	89	41	170	37	190	211	227	568	59	76	214	219	12	63	171	66	75	171	63	386	60	3	323
dba	6,540	58.6	337	20	18	10	59	139	91	65	141	52	144	206	196	524	23	50	117	334	12	79	167	63	91	167	79	388	89	15	284
synd	6,472	59.1	364	11	21	38	59	116	119	40	121	39	159	161	198	590	41	86	119	344	7	48	125	79	55	125	48	305	51	1	253
pgd	6,745	59.6	279	19	14	8	104	88	46	94	92	48	165	186	213	626	67	71	225	263	22	41	212	75	63	212	41	358	66	2	290
pac	6,549	60.0	332	40	18	15	108	112	39	42	132	50	136	174	186	587	42	171	94	280	21	43	171	99	64	171	43	305	103	3	199
bla	6,780	60.5	339	5	17	12	123	118	64	71	159	62	178	230	240	571	68	27	173	303	5	44	186	83	49	186	44	335	61	4	270
ret	6,795	61.3	330	12	7	3	162	100	46	88	104	54	159	192	213	664	45	57	181	381	5	46	190	76	51	190	46	395	46	2	347
sus	6,560	61.9	287	7	4	12	115	60	89	53	148	53	144	201	197	552	26	29	318	179	6	78	169	78	84	169	78	402	98	2	302
saci	6,666	62.3	321	5	5	11	129	51	120	45	147	23	163	192	186	566	24	36	169	337	7	54	148	81	61	148	54	367	30	0	337
smk	6,805	62.7	333	9	6	4	176	95	43	72	108	41	171	180	212	664	54	46	261	303	2	49	201	76	51	201	49	402	31	7	364
dvl	6,720	63.0	319	12	10	6	132	92	67	31	161	7	180	192	187	561	66	23	117	355	13	79	184	78	92	184	79	350	18	22	310
ddr	6,859	63.4	340	9	17	23	51	74	166	27	200	21	181	227	202	621	51	53	167	350	9	34	168	82	43	168	34	311	54	0	257
tai	6,576	63.8	384	11	4	9	54	210	96	19	152	6	146	171	152	460	8	19	154	279	15	78	160	90	93	160	78	336	12	182	142
gau	7,015	64.3	320	14	17	22	152	63	52	50	123	43	156	173	199	699	45	30	314	310	8	42	127	87	50	127	42	358	49	0	309
xcb	6,764	65.0	315	6	0	11	126	71	101	35	156	35	176	191	211	699	50	22	259	368	0	51	162	78	51	162	51	341	23	0	318
rru	6,688	65.4	285	2	1	3	135	66	78	97	69	45	110	166	155	706	0	20	142	544	4	63	185	73	67	185	63	373	29	0	344
dpt	6,845	66.2	346	8	5	13	88	79	153	29	189	17	161	218	178	670	32	57	167	414	3	38	166	91	41	166	38	293	108	0	185
pae	6,664	66.6	297	1	4	3	87	100	102	30	161	14	213	191	227	637	17	38	226	356	1	63	165	73	64	165	63	352	21	0	331
roa	6,576	67.4	329	5	1	8	151	104	60	9	184	4	191	193	195	615	34	34	262	285	3	35	142	93	38	142	35	316	16	2	298
bmv	7,207	68.1	295	1	4	3	212	24	51	40	171	15	191	211	206	763	38	11	521	193	5	51	177	77	56	177	51	353	30	4	319
tos	6,617	68.6	222	1	1	0	22	127	71	6	217	3	121	223	124	597	1	5	148	443	0	35	131	87	35	131	35	264	15	6	243
vin	7,203	68.9	344	10	2	1	148	114	69	14	154	3	187	168	190	683	24	34	291	334	2	56	144	82	58	144	56	371	7	0	364
age	6,707	69.4	313	7	0	6	94	110	96	4	187	7	181	191	188	583	5	12	242	324	1	55	134	69	56	134	55	348	10	0	338
opr	6,646	70.0	230	1	1	1	86	40	101	3	219	3	148	222	151	624	7	8	191	418	0	36	134	96	36	134	36	289	7	2	280
mts	6,481	70.3	319	3	3	3	171	64	75	5	173	3	172	178	175	662	26	22	262	352	0	27	126	87	27	126	27	308	0	0	308
sma	6,581	70.7	314	3	2	1	122	143	43	10	170	4	183	180	187	648	11	15	292	330	3	37	150	98	40	150	37	286	3	0	283
amd	6,465	71.3	289	3	3	2	155	86	40	5	185	1	181	190	182	668	13	13	337	305	3	33	127	91	36	127	33	272	3	0	269
sho	6,553	72.0	296	0	1	0	98	152	45	2	183	1	183	185	184	662	8	14	246	394	3	39	152	97	42	152	39	302	2	0	300
sgr	6,561	72.2	299	2	1	2	114	146	34	5	172	6	190	177	196	648	6	12	267	363	3	39	157	96	42	157	39	286	4	1	281
cmi	6,446	72.7	332	0	0	0	115	111	106	0	147	2	152	147	154	634	12	13	312	297	0	25	130	92	25	130	25	306	0	1	305
salb	6,571	73.3	301	1	0	1	116	144	39	0	180	2	186	180	188	644	10	9	219	406	4	38	150	97	42	150	38	290	2	0	288
ksk	6,526	74.2	316	1	0	0	134	137	44	0	188	1	180	188	181	673	2	3	199	469	4	40	147	100	44	147	40	282	2	0	280
ade	6,733	74.9	276	0	0	0	133	87	56	1	171	2	173	172	175	710	1	3	384	322	1	51	135	78	52	135	51	336	1	1	334
	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc

Tableau 1 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 111 bactéries 3/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga	Trp
zin	5,704	13.5	112	108	0	4	0	0	0	51	2	82	3	53	85	189	69	111	2	7	171	0	127	2	171	129	6	6	0	0	52
crp	5,754	16.6	113	101	4	7	1	0	0	56	16	88	3	72	91	192	123	60	4	5	186	6	156	12	192	168	6	4	0	2
hcr	6,162	22.5	202	134	22	38	1	5	2	78	6	209	11	84	220	288	161	103	9	15	389	28	351	9	417	360	7	5	2	0	67
mcac	6,157	23.7	210	146	4	54	2	4	0	67	20	252	4	87	256	302	154	135	5	8	396	20	382	36	416	418	6	3	3	0	59
ssdc	6,979	24.2	342	105	40	173	9	13	2	126	4	194	21	130	215	385	139	191	18	37	353	58	342	17	411	359	7	7	0	0
sbw	6,126	25.1	292	89	25	153	7	14	4	115	11	188	15	126	203	350	154	157	21	18	373	24	285	25	397	310	6	3	2	1
uur	5,709	25.5	197	30	26	122	3	14	2	92	22	213	14	114	227	287	91	142	25	29	345	37	331	39	382	370	6	4	2	0	48
ple	6,355	26.2	311	156	23	70	31	12	19	84	25	160	19	109	179	377	129	178	41	29	296	53	242	42	349	284	6	3	2	1
smf	6,594	26.3	275	244	0	16	14	0	1	92	12	140	19	104	159	416	214	155	6	41	546	65	394	28	611	422	6	5	1	0
fnc	6,345	27.1	278	255	0	9	12	0	2	83	19	144	13	102	157	401	240	109	15	37	548	47	333	49	595	382	6	3	2	1
bfl	6,691	27.4	322	82	68	124	24	6	18	143	10	235	54	153	289	379	180	142	10	47	275	73	368	13	348	381	6	2	0	4
cbl	6,334	28.3	283	241	2	16	24	0	0	85	16	134	28	101	162	392	187	139	28	38	507	95	356	57	602	413	6	3	3	0
rip	6,756	28.5	421	250	77	44	38	4	8	115	26	180	47	141	227	364	263	76	7	18	396	87	316	58	483	374	6	1	2	3
rpr	6,715	29.0	298	119	22	94	32	24	7	116	19	172	66	135	238	387	101	214	42	30	348	134	335	48	482	383	6	5	0	1
pub	6,563	29.7	258	214	11	18	14	1	0	75	37	158	36	112	194	375	132	195	30	18	412	103	357	79	515	436	6	6	0	0
cad	6,259	29.9	306	268	2	17	18	0	1	72	24	109	33	96	142	413	238	134	14	27	477	136	305	116	613	421	6	4	1	1
cje	6,706	30.5	269	153	1	81	10	22	2	101	22	184	18	123	202	400	127	193	48	32	491	110	369	32	601	401	6	4	1	1
pmh	6,431	31.1	300	189	19	21	68	1	2	86	22	180	55	108	235	402	161	153	48	40	360	113	364	63	473	427	6	5	1	0
tme	6,265	31.4	274	179	8	12	72	3	0	67	43	120	25	110	145	377	155	160	14	48	465	108	292	57	573	349	6	4	1	1
sep	6,094	32.1	305	88	22	170	5	19	1	116	35	203	21	151	224	383	87	242	31	23	439	74	312	98	513	410	6	6	0	0
hhl	5,968	32.5	279	122	49	60	23	11	14	91	22	187	73	113	260	384	136	159	21	68	414	167	391	42	581	433	6	6	0	0
cff	6,826	33.3	302	164	13	71	26	25	3	82	35	134	43	117	177	413	146	156	83	28	310	221	388	84	531	472	6	3	2	1
ial	6,612	33.9	315	186	29	56	10	28	6	71	43	92	132	114	224	391	167	168	46	10	470	83	365	72	553	437	6	5	1	0
ljf	6,108	34.5	308	81	11	179	2	25	10	77	56	179	33	133	212	396	91	246	43	16	410	42	357	98	452	455	6	6	0	0
dte	6,744	34.9	343	265	5	30	40	3	0	52	54	86	79	106	165	454	238	164	35	17	563	126	259	104	689	363	6	4	0	2
lla	6,098	35.3	349	26	19	256	2	33	13	77	43	155	20	120	175	405	126	196	36	47	475	57	272	120	532	392	6	6	0	0
axl	6,089	35.7	324	69	71	120	2	47	15	82	48	212	56	130	268	395	98	214	55	28	358	153	312	95	511	407	6	4	2	0
thl	6,146	36.0	328	45	32	176	10	42	23	77	32	223	34	109	257	394	111	182	63	38	454	63	324	89	517	413	6	5	1	0
lat	6,822	36.3	385	65	37	182	19	56	26	118	32	189	81	150	270	397	157	134	37	69	343	104	378	50	447	428	6	6	0	0
bbd	6,699	36.8	317	197	25	41	27	15	12	79	49	143	98	128	241	431	133	207	59	32	422	141	335	87	563	422	6	5	0	1
liv	6,136	37.1	339	25	16	205	4	70	19	85	39	173	20	124	193	417	119	181	71	46	483	67	249	115	550	364	6	6	0	0
hmr	6,542	37.5	321	135	2	19	146	15	4	80	36	73	81	116	154	409	81	186	104	38	279	283	323	105	562	428	6	2	2	2
tde	6,640	37.9	310	64	45	52	56	76	17	58	53	81	106	111	187	447	151	121	136	39	442	148	220	174	590	394	6	3	3	0
spi	6,089	38.3	323	21	13	224	8	44	13	66	62	167	61	128	228	401	71	224	58	48	360	112	263	165	472	428	6	5	1	0
vpr	6,688	38.6	373	10	13	256	1	86	7	103	50	185	17	153	202	456	21	287	120	28	491	106	302	145	597	447	6	6	0	0
chp	6,625	39.1	357	89	37	144	22	49	16	106	50	139	74	156	213	437	165	155	47	70	380	160	317	82	540	399	6	3	2	1
spl	6,656	39.1	364	20	12	251	1	78	2	56	72	130	121	128	251	470	21	316	125	8	331	213	284	159	544	443	6	6	0	0
tsu	6,769	39.2	303	54	10	80	18	131	10	61	59	31	175	120	206	463	233	89	125	16	429	144	217	214	573	431	6	4	0	2
nis	6,688	39.7	306	101	96	36	25	23	25	83	53	118	90	136	208	422	119	152	80	71	329	299	305	91	628	396	6	1	3	2
cmn	6,612	40.3	341	56	76	119	20	35	35	93	54	133	103	147	236	437	188	89	45	115	353	190	303	86	543	389	6	4	1	1
nse	6,535	41.1	357	103	23	70	112	31	18	84	53	97	88	137	185	419	106	185	67	61	260	212	273	92	472	365	6	1	3	2
cta	6,612	41.3	349	68	76	114	15	50	26	82	56	125	116	138	241	439	186	92	50	111	344	205	292	90	549	382	6	3	1	2
hhd	6,207	41.8	347	48	25	174	20	56	24	66	61	109	153	127	262	417	139	158	65	55	411	152	266	137	563	403	6	5	0	1
gva	6,876	42.0	415	11	42	159	14	189	0	78	69	116	126	147	242	505	71	238	188	8	317	195	294	217	512	511	6	0	3	3
cbd	6,598	42.4	416	15	85	103	7	134	72	78	66	190	69	144	259	425	95	135	133	62	396	106	292	114	502	406	6	4	1	1
bae	6,116	43.2	330	64	23	121	9	89	24	76	57	105	122	133	227	430	129	119	134	48	404	137	237	144	541	381	6	3	3	0
aae	6,656	43.5	366	150	2	9	196	9	0	6	112	47	127	118	174	440	237	108	48	47	458	248	89	282	706	371	7	2	3	2
bsu	6,118	43.5	335	53	22	122	13	96	29	70	58	107	118	128	225	431	113	123	149	46	404	140	248	137	544	385	6	6	0	0
hth	6,294	44.0	379	178	3	13	175	7	3	52	73	60	127	125	187	424	135	137	105	47	261	332	164	194	593	358	6	3	1	2
lpl	6,158	44.5	325	1	25	115	2	42	140	80	59	205	79	139	284	409	40	206	82	81	371	39	277	185	410	462	6	4	1	1
pdi	6,975	45.1	339	23	6	206	3	82	19	60	64	106	98	124	204	460	104	243	97	16	178	391	273	188	569	461	6	4	1	1
ppoy	6,312	45.5	379	21	13	183	3	116	43	93	50	71	161	143	232	453	76	153	164	60	264	264	255	152	528	407	6	4	0	2
tma	6,437	46.2	372	213	19	13	105	16	6	27	87	25	132	114	157	400	190	130	56	24	453	183	198	165	636	363	6	0	1	5
sbn	6,619	46.3	383	13	7	242	2	113	6	66	64	164	87	130	251	479	14	273	175	17	382	145	246	180	527	426	6	6	0	0
fbt	7,135	46.5	401	18	3	164	30	154	32	45	101	33	241	146	274	483	55	203	196	29	308	287	292	169	595	461	6	6	0	0
tli	6,594	47.1	416	128	29	28	171	42	18	62	57	76	120	119	196	464	151	142	84	87	272	353	271	140	625	411	6	3	2	1
ype	6,655	47.6	400	4	11	251	5	101	28	65	61	109	162	126	271	510	21	257	176	56	326	181	282	156	507	438	6	4	1	1
amo	6,577	48.0	438	72	27	44	197	83	15	62	68	66	137	130	203	470	147	74	170	79	227	355	204	222	582	426	6	4	2	0
pgi	6,924	48.3	413	30	69	137	23	125	29	56	71	98	115	127	213	463	139	149	110	65	307	261	263	184	568	447	6	1	3	2
mah	6,590	48.7	394	54	50	89	35	116	50	114	38	165	98	152	263	470	60	165	182	63	340	167	280	171	507	451	6	3	1	2
ssm	6,489	49.0	387	25	49	107	46	71	89	74	53	29	189	127	218	458	113	156	99	90	256	317	264	150	573	414	6	3	1	2
eal	6,649	49.7	399	0	8	237	5	137	12	42	84	49	198	126	247	502	24	244	185	49	370	156	204	241	526	445	6	5	0	1
lfc	7,158	50.0	450	126	70	63	62	50	79	102	53	114	120	155	234	510	196	120	93	101	392	185	244	165	577	409	6	1	2	3
eco	6,641	50.8	399	0	4	252	4	128	11	34	92	48	200	126	248	504	21	250	191	42	373	154	199	240	527	439	6	5	0	1
sbz	6,631	51.3	401	3	6	234	7	139	12	53	70	45	210	123	255	509	25	206	217	61	336	188	227	213	524	440	6	5	0	1
bvs	6,984	51.7	380	9	17	141	1	171	41	15	111	77	138	126	215	473	61	206	161	45	200	362	130	311	562	441	6	3	0	3
sty	6,647	52.1	403	4	6	230	5	149	9	53	74	35	224	127	259	512	20	208	232	52	349	177	216	225	526	441	6	5	0	1
tpas	6,795	52.8	482	41	45	165	26	133	72	87	77	87	175	164	262	427	105	141	59	122	242	253	260	129	495	389	6	1	3	2
apt	6,709	53.0	486	5	10	212	8	192	59	84	52	37	202	136	239	525	17	198	214	96	412	93	295	129	505	424	6	3	0	3
caa	6,655	53.6	377	3	22	158	0	181	13	27	101	90	155	128	245	471	32	223	187	29	297	243	150	307	540	457	6	6	0	0
cgq	6,572	54.1	398	5	20	181	2	182	8	15	113	32	193	128	225	532	62	211	242	17	217	298	216	267	515	483	6	4	2	0
dal	6,708	54.5	362	18	6	38	60	169	71	47	85	51	186	132	237	473	50	22	349	52	363	202	99	337	565	436	6	5	1	0
eno	6,643	55.1	395	0	7	240	5	135	8	37	91	24	229	128	253	512	14	239	216	43	326	200	190	255	526	445	6	5	0	1
mcu	6,668	55.4	432	4	30	131	6	183	78	34	107	76	188	141	264	512	87	158	170	97	302	203	177	302	505	479	6	2	4	0
din	6,484	56.1	386	7	14	98	10	220	37	38	107	12	236	145	248	478	45	117	251	65	254	261	196	206	515	402	6	3	0	3
say	5,844	56.8	481	2	44	69	6	144	216	72	66	137	104	138	241	435	63	67	148	157	259	204	167	193	463	360	6	3	1	2
bmf	6,767	57.2	463	1	7	127	5	302	21	85	41	26	201	126	227	498	16	112	329	41	324	193	238	228	517	466	6	2	2	2
kpn	6,638	57.5	405	1	11	202	6	166	19	46	85	26	225	131	251	507	17	186	258	46	311	209	193	254	520	447	6	5	0	1
aba	6,814	58.4	423	5	10	84	3	292	29	39	116	37	203	155	240	482	65	70	320	27	302	235	149	289	537	438	6	4	2	0
dba	6,540	58.6	414	12	12	70	22	226	72	59	81	15	181	140	196	489	65	69	292	63	223	297	130	291	520	421	6	4	0	2
synd	6,472	59.1	429	3	17	100	8	202	99	22	105	39	243	127	282	491	44	132	260	55	179	287	182	278	466	460	6	1	0	5
pgd	6,745	59.6	430	2	5	139	1	222	61	59	82	26	208	141	234	519	11	148	303	57	249	274	207	292	523	499	6	3	0	3
pac	6,549	60.0	459	3	31	165	21	171	68	51	100	21	199	151	220	508	58	167	197	86	89	391	163	339	480	502	6	1	0	5
bla	6,780	60.5	426	2	25	137	12	224	26	75	86	34	205	161	239	533	39	120	337	37	136	360	151	393	496	544	6	0	1	5
ret	6,795	61.3	460	4	4	94	12	310	36	63	59	12	209	122	221	504	10	103	367	24	258	252	170	305	510	475	6	2	0	4
sus	6,560	61.9	446	5	14	44	10	275	98	37	98	25	198	135	223	503	64	38	305	96	232	294	163	237	526	400	6	3	1	2
saci	6,666	62.3	479	3	54	46	6	204	166	30	114	30	200	144	230	512	43	67	265	137	175	345	72	344	520	416	6	3	0	3
smk	6,805	62.7	473	2	12	80	18	289	72	58	73	15	210	131	225	522	29	88	364	41	201	296	140	347	497	487	6	5	0	1
dvl	6,720	63.0	476	2	14	91	17	316	36	34	109	13	193	143	206	496	35	93	313	55	275	224	67	392	499	459	6	1	4	1
ddr	6,859	63.4	495	1	7	79	14	328	66	21	115	5	248	136	253	546	41	94	338	73	235	312	54	399	547	453	6	5	0	1
tai	6,576	63.8	530	7	22	29	180	51	241	18	96	8	200	114	208	541	38	85	176	242	13	527	111	337	540	448	6	2	2	2
gau	7,015	64.3	541	0	15	165	3	274	84	31	101	16	203	132	219	536	44	144	278	70	292	244	190	285	536	475	6	2	0	4
xcb	6,764	65.0	493	1	1	109	1	354	27	36	105	13	246	141	259	527	6	93	398	30	229	234	110	362	463	472	6	1	0	5
rru	6,688	65.4	492	2	2	48	4	341	95	70	66	16	180	136	196	535	16	48	404	67	174	327	181	279	501	460	6	3	2	1
dpt	6,845	66.2	495	6	5	64	7	344	69	13	115	14	254	128	268	555	27	83	388	57	282	291	48	408	573	456	6	3	1	2
pae	6,664	66.6	426	0	3	110	5	263	45	23	116	20	229	139	249	519	10	118	365	26	193	311	76	360	504	436	6	3	0	3
roa	6,576	67.4	442	1	15	98	6	219	103	5	132	2	213	137	215	536	40	163	273	60	95	404	53	444	499	497	6	0	3	3
bmv	7,207	68.1	569	1	18	88	7	380	75	31	112	30	221	143	251	578	10	53	474	41	220	314	107	369	534	476	6	3	0	3
tos	6,617	68.6	552	1	2	6	55	254	234	8	119	8	180	127	188	503	5	11	225	262	55	635	14	313	690	327	6	2	3	1
vin	7,203	68.9	552	2	15	39	16	291	189	9	134	5	217	143	222	563	29	62	390	82	39	558	70	380	597	450	6	1	1	4
age	6,707	69.4	455	0	4	29	12	316	94	10	121	4	218	131	222	500	16	56	366	62	26	550	55	344	576	399	6	0	2	4
opr	6,646	70.0	549	2	6	25	4	407	105	2	131	4	193	133	197	506	7	19	376	104	86	546	12	400	632	412	6	1	2	3
mts	6,481	70.3	436	3	9	69	4	312	39	2	109	4	229	111	233	519	37	128	302	52	45	426	45	445	471	490	6	2	0	4
sma	6,581	70.7	443	1	5	85	3	273	76	0	132	3	220	132	223	519	19	117	356	27	31	501	8	431	532	439	6	2	1	3
amd	6,465	71.3	486	0	5	30	0	278	173	1	145	0	212	146	212	528	9	62	375	82	93	382	18	440	475	458	6	0	1	5
sho	6,553	72.0	457	0	5	67	5	276	104	0	137	3	212	137	215	518	7	91	394	26	19	510	4	435	529	439	6	3	1	2
sgr	6,561	72.2	452	1	5	64	7	266	109	2	134	1	213	136	214	514	14	81	365	54	28	484	9	439	512	448	6	0	2	4
cmi	6,446	72.7	520	1	4	20	8	399	88	2	121	1	225	123	226	515	20	34	385	76	4	483	10	466	487	476	6	1	1	4
salb	6,571	73.3	466	0	5	50	2	288	121	3	132	1	217	135	218	520	7	83	385	45	12	514	3	452	526	455	6	0	0	6
ksk	6,526	74.2	472	0	1	25	5	324	117	1	135	1	206	136	207	505	4	47	427	27	19	491	2	435	510	437	6	0	1	5
ade	6,733	74.9	524	1	0	4	3	377	139	0	139	0	198	139	198	532	4	6	433	89	3	552	13	396	555	409	6	0	2	4
	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga	Trp

2. Tableau 2 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases pour la comparaison avec des enzymes du métabolisme central du Tableau 3.

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

Les codons usages en fonction du %GC dans 6 protéines : EC 6.1.1.5 6.1.1.4 2.7.7.71 2.7.7.7A 2.7.7.61 2.7.7.62

Isoleucyl-tRNA synthetase: 6.1.1.5,

Leucyl-tRNA synthetase : 6.1.1.4 ,

DNA polymerase I : 2.7.7.71,

DNA polymerase III subunit alpha : 2.7.7.7A,

DNA-directed RNA polymerase subunit beta: 2.7.7.61,

DNA-directed RNA polymerase subunit beta': 2.7.7.62.

Chez 39 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

ade amd apt bae bla bmv bsu cbd cbl cff cgq cje dvl eal eco eno kpn lat liv lla pac

pae pgd pmh ppoy ret roa rru salb say sbz sep sgr sma smk sty synd xcb ype

La séquence des bases de chaque protéine est celle présentée par KEGG au format 60 bases par ligne utilisé par mon programme Perl pour les décomptes.

Tableau 2 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 39 bactéries 1/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc
cbl	6,328	28.3	541	326	37	110	63	3	2	447	114	191	52	561	243	237	120	106	5	6	445	186	230	21	8	287	116	156	5	10
cje	6,700	30.5	648	280	93	233	26	4	12	583	87	275	23	670	298	215	74	123	12	6	386	176	127	79	4	265	126	76	15	48
pmh	6,425	31.1	640	270	97	156	77	15	25	409	108	187	45	517	232	258	103	110	19	26	435	241	123	35	36	303	132	109	17	45
sep	6,088	32.1	550	330	50	92	56	9	13	358	74	149	81	432	230	245	122	101	17	5	415	188	148	55	24	337	129	144	47	17
cff	6,820	33.3	626	200	68	243	75	21	19	503	112	246	34	615	280	231	72	104	47	8	416	198	160	34	24	298	137	93	40	28
lla	6,092	35.3	582	138	191	191	17	11	34	352	39	171	79	391	250	263	152	93	11	7	418	248	73	53	44	332	146	140	30	16
lat	6,816	36.3	605	188	130	167	49	28	43	336	140	211	61	476	272	284	78	145	26	35	464	204	122	74	64	303	105	115	46	37
liv	6,130	37.1	559	198	73	167	85	16	20	366	45	143	88	411	231	256	148	58	42	8	442	180	151	67	44	365	108	155	56	46
cbd	6,592	42.4	684	269	195	79	28	65	48	361	77	174	43	438	217	289	33	86	83	87	505	149	88	157	111	361	59	50	125	127
bae	6,110	43.2	577	87	82	229	15	108	56	316	118	127	95	434	222	268	30	98	134	6	460	144	110	110	96	303	54	124	93	32
bsu	6,112	43.5	580	81	70	227	28	128	46	309	119	125	98	428	223	267	48	89	121	9	459	163	99	95	102	308	56	136	97	19
ppoy	6,306	45.5	593	26	120	88	23	261	75	183	200	107	103	383	210	285	47	69	155	14	492	120	147	138	87	335	33	84	139	79
ype	6,649	47.6	651	77	175	44	27	296	32	267	111	115	110	378	225	295	108	75	87	25	486	201	86	119	80	336	88	31	67	150
eal	6,643	49.7	641	17	55	47	11	447	64	294	108	86	125	402	211	303	43	38	207	15	493	177	107	142	67	339	83	18	62	176
eco	6,635	50.8	636	21	43	52	6	455	59	294	105	82	129	399	211	300	54	31	203	12	496	170	116	137	73	333	67	13	54	199
sbz	6,625	51.3	630	24	47	48	18	436	57	281	113	88	131	394	219	298	52	39	192	15	488	147	96	155	90	340	63	12	88	177
sty	6,641	52.1	626	18	43	34	12	456	63	271	126	82	139	397	221	298	32	43	215	8	495	153	74	161	107	341	47	12	93	189
apt	6,703	53.0	611	8	71	105	20	371	36	139	177	123	102	316	225	351	68	69	130	84	518	168	55	250	45	362	25	110	107	120
cgq	6,566	54.1	595	6	109	98	12	251	119	32	280	45	163	312	208	306	148	95	45	18	511	172	20	174	145	365	66	15	41	243
eno	6,637	55.1	634	9	29	35	4	491	66	266	129	63	156	395	219	297	74	53	159	11	480	153	82	164	81	342	43	15	72	212
say	5,838	56.8	591	100	203	39	16	137	96	124	80	109	67	204	176	321	4	32	185	100	493	49	39	243	162	305	21	19	123	142
kpn	6,632	57.5	638	7	20	39	4	493	75	244	140	62	155	384	217	299	28	29	233	9	489	147	64	176	102	325	42	4	51	228
synd	6,466	59.1	684	0	68	54	3	381	178	73	227	17	152	300	169	337	18	43	124	152	501	64	8	316	113	343	20	15	65	243
pgd	6,739	59.6	571	1	36	47	10	391	86	133	224	86	157	357	243	343	10	38	209	86	519	95	17	234	173	348	31	29	65	223
pac	6,543	60.0	581	5	93	82	20	227	154	47	250	41	171	297	212	312	37	47	160	68	534	112	27	173	222	369	74	22	69	204
bla	6,774	60.5	585	1	63	32	3	257	229	35	282	8	225	317	233	340	17	29	236	58	507	21	7	337	142	360	10	17	144	189
ret	6,789	61.3	604	0	30	65	5	301	203	44	331	31	205	375	236	329	10	26	224	69	505	80	7	111	307	337	10	16	125	186
smk	6,799	62.7	572	1	23	77	4	230	237	34	325	21	230	359	251	343	3	12	264	64	490	50	13	145	282	330	8	13	143	166
dvl	6,714	63.0	649	1	14	66	3	263	302	21	338	8	227	359	235	339	4	25	101	209	491	18	17	232	224	399	5	27	111	256
xcb	6,758	65.0	664	1	53	7	1	528	74	18	293	17	200	311	217	320	3	7	251	59	507	15	2	330	160	336	7	7	59	263
rru	6,682	65.4	613	3	67	65	3	389	86	30	298	21	213	328	234	327	4	7	170	146	516	57	1	206	252	334	3	3	54	274
pae	6,658	66.6	663	0	23	4	6	510	120	29	336	1	226	365	227	295	4	9	238	44	519	28	32	228	231	310	10	1	16	283
roa	6,570	67.4	605	0	27	8	0	332	238	5	290	0	205	295	205	319	0	7	202	110	548	27	4	209	308	351	7	3	128	213
bmv	7,201	68.1	668	1	38	21	3	322	283	21	348	16	226	369	242	339	3	9	263	64	553	17	9	286	241	341	1	4	231	105
sma	6,575	70.7	601	0	5	11	0	376	209	1	311	1	231	312	232	328	1	3	221	103	526	14	7	166	339	385	7	5	150	223
amd	6,459	71.3	601	0	11	7	1	394	188	3	249	1	212	252	213	332	2	0	266	64	536	7	2	176	351	365	8	1	147	209
sgr	6,555	72.2	588	0	2	7	0	369	210	1	302	2	227	303	229	330	0	2	209	119	536	7	5	156	368	392	2	3	134	253
salb	6,565	73.3	602	0	2	4	0	355	241	0	288	1	228	288	229	323	0	5	205	113	520	3	2	127	388	391	1	2	77	311
ade	6,727	74.9	623	0	2	3	0	304	314	4	372	0	226	376	226	362	1	4	277	80	559	1	0	348	210	290	0	0	100	190
	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc

Tableau 2 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 39 bactéries 2/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc
cbl	6,328	28.3	342	123	100	84	3	16	16	230	33	275	52	263	327	333	133	168	6	26	53	12	165	58	65	165	58	508	113	383	12
cje	6,700	30.5	369	93	55	131	13	8	69	212	32	298	46	244	344	458	177	188	61	32	53	22	149	57	75	149	57	526	311	104	111
pmh	6,425	31.1	456	157	135	87	20	24	33	159	37	332	58	196	390	332	135	130	30	37	46	17	109	75	63	109	75	474	262	148	64
sep	6,088	32.1	327	99	103	89	9	9	18	180	61	218	79	241	297	349	160	137	30	22	25	4	144	61	29	144	61	445	269	96	80
cff	6,820	33.3	428	69	70	125	22	10	132	208	53	272	78	261	350	448	143	206	44	55	33	34	164	62	67	164	62	562	156	329	77
lla	6,092	35.3	303	79	151	38	9	6	20	154	55	191	83	209	274	462	139	222	39	62	17	3	158	63	20	158	63	394	282	11	101
lat	6,816	36.3	517	213	95	75	51	50	33	162	37	247	50	199	297	404	124	184	48	48	70	24	170	77	94	170	77	577	299	176	102
liv	6,130	37.1	312	79	49	59	39	50	36	136	75	164	97	211	261	445	158	142	94	51	27	3	154	65	30	154	65	401	248	18	135
cbd	6,592	42.4	305	50	45	48	69	51	42	126	79	156	74	205	230	529	99	142	157	131	28	26	140	73	54	140	73	410	251	34	125
bae	6,110	43.2	328	74	83	29	22	54	66	121	94	96	124	215	220	424	101	131	120	72	16	18	149	62	34	149	62	372	190	26	156
bsu	6,112	43.5	328	95	86	30	15	34	68	120	94	78	135	214	213	427	110	121	123	73	14	19	147	63	33	147	63	374	187	18	169
ppoy	6,306	45.5	319	35	25	35	66	80	78	104	104	101	120	208	221	465	115	123	126	101	18	25	155	71	43	155	71	384	184	15	185
ype	6,649	47.6	304	81	42	31	33	57	60	115	89	65	157	204	222	568	125	167	151	125	32	32	195	76	64	195	76	393	176	10	207
eal	6,643	49.7	301	80	16	14	38	89	64	93	123	34	188	216	222	570	117	108	248	97	29	32	191	72	61	191	72	376	125	7	244
eco	6,635	50.8	301	83	16	11	33	92	66	86	131	26	197	217	223	575	128	96	259	92	25	36	192	72	61	192	72	376	97	3	276
sbz	6,625	51.3	306	72	19	20	44	93	58	97	117	50	173	214	223	557	91	75	274	117	27	32	188	72	59	188	72	385	145	6	234
sty	6,641	52.1	298	65	15	10	48	98	62	91	124	42	179	215	221	558	71	78	279	130	21	39	185	72	60	185	72	386	126	5	255
apt	6,703	53.0	303	93	19	13	22	100	56	83	82	59	116	165	175	682	180	164	123	215	21	48	174	83	69	174	83	354	212	6	136
cgq	6,566	54.1	319	79	22	6	29	166	17	43	167	31	205	210	236	584	165	193	108	118	14	19	167	87	33	167	87	352	119	1	232
eno	6,637	55.1	316	90	16	5	39	95	71	80	132	23	193	212	216	558	120	90	232	116	25	33	197	73	58	197	73	381	108	5	268
say	5,838	56.8	251	15	8	35	100	48	45	115	66	64	77	181	141	498	30	37	199	232	23	21	127	104	44	127	104	284	181	8	95
kpn	6,632	57.5	310	59	4	9	47	114	77	82	129	34	185	211	219	574	64	91	278	141	12	47	192	74	59	192	74	380	101	3	276
synd	6,466	59.1	364	11	21	38	59	116	119	40	121	39	159	161	198	590	41	86	119	344	7	48	125	79	55	125	79	305	51	1	253
pgd	6,739	59.6	279	19	14	8	104	88	46	94	92	48	165	186	213	626	67	71	225	263	22	41	212	75	63	212	75	358	66	2	290
pac	6,543	60.0	332	40	18	15	108	112	39	42	132	50	136	174	186	587	42	171	94	280	21	43	171	99	64	171	99	305	103	3	199
bla	6,774	60.5	339	5	17	12	123	118	64	71	159	62	178	230	240	571	68	27	173	303	5	44	186	83	49	186	83	335	61	4	270
ret	6,789	61.3	330	12	7	3	162	100	46	88	104	54	159	192	213	664	45	57	181	381	5	46	190	76	51	190	76	395	46	2	347
smk	6,799	62.7	333	9	6	4	176	95	43	72	108	41	171	180	212	664	54	46	261	303	2	49	201	76	51	201	76	402	31	7	364
dvl	6,714	63.0	319	12	10	6	132	92	67	31	161	7	180	192	187	561	66	23	117	355	13	79	184	78	92	184	78	350	18	22	310
xcb	6,758	65.0	315	6	0	11	126	71	101	35	156	35	176	191	211	699	50	22	259	368	0	51	162	78	51	162	78	341	23	0	318
rru	6,682	65.4	285	2	1	3	135	66	78	97	69	45	110	166	155	706	0	20	142	544	4	63	185	73	67	185	73	373	29	0	344
pae	6,658	66.6	297	1	4	3	87	100	102	30	161	14	213	191	227	637	17	38	226	356	1	63	165	73	64	165	73	352	21	0	331
roa	6,570	67.4	329	5	1	8	151	104	60	9	184	4	191	193	195	615	34	34	262	285	3	35	142	93	38	142	93	316	16	2	298
bmv	7,201	68.1	295	1	4	3	212	24	51	40	171	15	191	211	206	763	38	11	521	193	5	51	177	77	56	177	77	353	30	4	319
sma	6,575	70.7	314	3	2	1	122	143	43	10	170	4	183	180	187	648	11	15	292	330	3	37	150	98	40	150	98	286	3	0	283
amd	6,459	71.3	289	3	3	2	155	86	40	5	185	1	181	190	182	668	13	13	337	305	3	33	127	91	36	127	91	272	3	0	269
sgr	6,555	72.2	299	2	1	2	114	146	34	5	172	6	190	177	196	648	6	12	267	363	3	39	157	96	42	157	96	286	4	1	281
salb	6,565	73.3	301	1	0	1	116	144	39	0	180	2	186	180	188	644	10	9	219	406	4	38	150	97	42	150	97	290	2	0	288
ade	6,727	74.9	276	0	0	0	133	87	56	1	171	2	173	172	175	710	1	3	384	322	1	51	135	78	52	135	78	336	1	1	334
	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc

Tableau 2 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases 39 bactéries 3/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga
cbl	6,328	*28.3*	283	241	2	16	24	0	0	85	16	134	28	101	162	392	187	139	28	38	507	95	356	57	602	413	6	3	3	0
cje	6,700	*30.5*	269	153	1	81	10	22	2	101	22	184	18	123	202	400	127	193	48	32	491	110	369	32	601	401	6	4	1	1
pmh	6,425	*31.1*	300	189	19	21	68	1	2	86	22	180	55	108	235	402	161	153	48	40	360	113	364	63	473	427	6	5	1	0
sep	6,088	*32.1*	305	88	22	170	5	19	1	116	35	203	21	151	224	383	87	242	31	23	439	74	312	98	513	410	6	6	0	0
cff	6,820	*33.3*	302	164	13	71	26	25	3	82	35	134	43	117	177	413	146	156	83	28	310	221	388	84	531	472	6	3	2	1
lla	6,092	*35.3*	349	26	19	256	2	33	13	77	43	155	20	120	175	405	126	196	36	47	475	57	272	120	532	392	6	6	0	0
lat	6,816	*36.3*	385	65	37	182	19	56	26	118	32	189	81	150	270	397	157	134	37	69	343	104	378	50	447	428	6	6	0	0
liv	6,130	*37.1*	339	25	16	205	4	70	19	85	39	173	20	124	193	417	119	181	71	46	483	67	249	115	550	364	6	6	0	0
cbd	6,592	*42.4*	416	15	85	103	7	134	72	78	66	190	69	144	259	425	95	135	133	62	396	106	292	114	502	406	6	4	1	1
bae	6,110	*43.2*	330	64	23	121	9	89	24	76	57	105	122	133	227	430	129	119	134	48	404	137	237	144	541	381	6	3	3	0
bsu	6,112	*43.5*	335	53	22	122	13	96	29	70	58	107	118	128	225	431	113	123	149	46	404	140	248	137	544	385	6	6	0	0
ppoy	6,306	*45.5*	379	21	13	183	3	116	43	93	50	71	161	143	232	453	76	153	164	60	264	264	255	152	528	407	6	4	0	2
ype	6,649	*47.6*	400	4	11	251	5	101	28	65	61	109	162	126	271	510	21	257	176	56	326	181	282	156	507	438	6	4	1	1
eal	6,643	*49.7*	399	0	8	237	5	137	12	42	84	49	198	126	247	502	24	244	185	49	370	156	204	241	526	445	6	5	0	1
eco	6,635	*50.8*	399	0	4	252	4	128	11	34	92	48	200	126	248	504	21	250	191	42	373	154	199	240	527	439	6	5	0	1
sbz	6,625	*51.3*	401	3	6	234	7	139	12	53	70	45	210	123	255	509	25	206	217	61	336	188	227	213	524	440	6	5	0	1
sty	6,641	*52.1*	403	4	6	230	5	149	9	53	74	35	224	127	259	512	20	208	232	52	349	177	216	225	526	441	6	5	0	1
apt	6,703	*53.0*	486	5	10	212	8	192	59	84	52	37	202	136	239	525	17	198	214	96	412	93	295	129	505	424	6	3	0	3
cgq	6,566	*54.1*	398	5	20	181	2	182	8	15	113	32	193	128	225	532	62	211	242	17	217	298	216	267	515	483	6	4	2	0
eno	6,637	*55.1*	395	0	7	240	5	135	8	37	91	24	229	128	253	512	14	239	216	43	326	200	190	255	526	445	6	5	0	1
say	5,838	*56.8*	481	2	44	69	6	144	216	72	66	137	104	138	241	435	63	67	148	157	259	204	167	193	463	360	6	3	1	2
kpn	6,632	*57.5*	405	1	11	202	6	166	19	46	85	26	225	131	251	507	17	186	258	46	311	209	193	254	520	447	6	5	0	1
synd	6,466	*59.1*	429	3	17	100	8	202	99	22	105	39	243	127	282	491	44	132	260	55	179	287	182	278	466	460	6	1	0	5
pgd	6,739	*59.6*	430	2	5	139	1	222	61	59	82	26	208	141	234	519	11	148	303	57	249	274	207	292	523	499	6	3	0	3
pac	6,543	*60.0*	459	3	31	165	21	171	68	51	100	21	199	151	220	508	58	167	197	86	89	391	163	339	480	502	6	1	0	5
bla	6,774	*60.5*	426	2	25	137	12	224	26	75	86	34	205	161	239	533	39	120	337	37	136	360	151	393	496	544	6	0	1	5
ret	6,789	*61.3*	460	4	4	94	12	310	36	63	59	12	209	122	221	504	10	103	367	24	258	252	170	305	510	475	6	2	0	4
smk	6,799	*62.7*	473	2	12	80	18	289	72	58	73	15	210	131	225	522	29	88	364	41	201	296	140	347	497	487	6	5	0	1
dvl	6,714	*63.0*	476	2	14	91	17	316	36	34	109	13	193	143	206	496	35	93	313	55	275	224	67	392	499	459	6	1	4	1
xcb	6,758	*65.0*	493	1	1	109	1	354	27	36	105	13	246	141	259	527	6	93	398	30	229	234	110	362	463	472	6	1	0	5
rru	6,682	*65.4*	492	2	2	48	4	341	95	70	66	16	180	136	196	535	16	48	404	67	174	327	181	279	501	460	6	3	2	1
pae	6,658	*66.6*	426	0	3	110	5	263	45	23	116	20	229	139	249	519	10	118	365	26	193	311	76	360	504	436	6	3	0	3
roa	6,570	*67.4*	442	1	15	98	6	219	103	5	132	2	213	137	215	536	40	163	273	60	95	404	53	444	499	497	6	0	3	3
bmv	7,201	*68.1*	569	1	18	88	7	380	75	31	112	30	221	143	251	578	10	53	474	41	220	314	107	369	534	476	6	3	0	3
sma	6,575	*70.7*	443	1	5	85	3	273	76	0	132	3	220	132	223	519	19	117	356	27	31	501	8	431	532	439	6	2	1	3
amd	6,459	*71.3*	486	0	5	30	0	278	173	1	145	0	212	146	212	528	9	62	375	82	93	382	18	440	475	458	6	0	1	5
sgr	6,555	*72.2*	452	1	5	64	7	266	109	2	134	1	213	136	214	514	14	81	365	54	28	484	9	439	512	448	6	0	2	4
salb	6,565	*73.3*	466	0	5	50	2	288	121	3	132	1	217	135	218	520	7	83	385	45	12	514	3	452	526	455	6	0	0	6
ade	6,727	*74.9*	524	1	0	4	3	377	139	0	139	0	198	139	198	532	4	6	433	89	3	552	13	396	555	409	6	0	2	4
	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga

3. Tableau 3 : codon-usages des enzymes du métabolisme central pour la comparaison avec des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases du Tableau 2.

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

Les codons usages en fonction du %GC dans 6 enzymes : EC 2.7.1.40 6.3.5.5-1-2 6.4.1.2-1-2-3 4.2.1.3 2.2.1.1 3.6.3.14-1-2 SecA

pyruvate kinase: 2.7.1.40,

carbamoyl-phosphate synthetase, 2 subunits: 6.3.5.5 ,

acetyl coenzyme A carboxylase, 3 subunits: 6.4.1.2,

aconitase : 4.2.1.3,

glycolaldehydetransferase: 2.2.1.1,

V/A-type H+-transporting ATPase subunit A: 3.6.3.14-1 ou

F-type H+-transporting ATPase subunit alpha: 3.6.3.14-2

preprotein translocase subunit SecA : SecA.

Chez 39 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

ade amd apt bae bla bmv bsu cbd cbl cff cgq cje dvl eal eco eno kpn lat liv lla pac

pae pgd pmh ppoy ret roa rru salb say sbz sep sgr sma smk sty synd xcb ype

La séquence des bases de chaque protéine est celle présentée par KEGG au format 60 bases par ligne utilisé par mon programme Perl pour les décomptes.

Tableau 3 : codon-usages des enzymes du métabolisme central 39 bactéries 1/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc
cbl	5,734	28.3	456	281	36	77	59	2	1	359	119	149	37	478	186	203	117	78	4	4	424	161	218	35	10	282	124	142	5	11
cje	6,284	30.5	552	249	76	179	37	4	7	437	75	234	31	512	265	215	84	112	10	9	393	170	147	65	11	248	97	99	13	39
pmh	6,368	31.1	616	278	83	138	74	15	28	362	92	177	43	454	220	270	102	138	14	16	401	219	116	34	32	314	140	128	17	29
sep	6,439	32.1	538	332	37	98	49	11	11	365	47	151	68	412	219	250	130	97	14	9	474	203	189	41	41	363	148	167	33	15
cff	6,296	33.3	516	155	72	197	63	14	15	427	66	205	43	493	248	240	77	85	70	8	436	187	156	42	51	265	100	86	38	41
lla	6,266	35.3	540	145	125	181	34	22	33	312	47	144	89	359	233	251	147	80	13	11	470	267	87	40	76	380	152	162	30	36
lat	6,166	36.3	532	151	117	136	56	30	42	254	92	168	49	346	217	253	77	126	28	22	413	155	117	71	70	291	106	101	41	43
liv	6,462	37.1	549	219	63	161	71	20	15	367	36	132	93	403	225	263	155	56	45	7	525	211	185	72	57	389	118	177	57	37
cbd	6,518	42.4	580	219	152	78	26	58	47	313	62	143	71	375	214	287	40	61	89	97	435	138	58	153	86	346	73	43	120	110
bae	6,416	43.2	544	94	79	191	20	104	56	315	107	123	100	422	223	257	31	80	136	10	491	154	111	101	125	365	68	147	91	59
bsu	6,425	43.5	533	98	58	193	21	101	62	308	105	120	110	413	230	264	54	80	126	4	499	188	116	89	106	372	68	182	87	35
ppoy	6,367	45.5	534	20	150	76	21	211	56	241	106	99	117	347	216	279	78	84	105	12	499	154	143	111	91	361	64	136	102	59
ype	6,451	47.6	565	72	143	41	27	255	27	244	83	84	115	327	199	267	105	70	68	24	491	162	74	156	99	330	84	34	58	154
eal	6,444	49.7	559	28	48	41	14	384	44	278	58	63	130	336	193	283	47	37	188	11	485	154	92	163	76	326	81	19	50	176
eco	6,435	50.8	559	30	35	30	11	403	50	278	59	58	135	337	193	283	44	39	189	11	488	155	95	160	78	327	64	22	44	197
sbz	6,395	51.3	561	27	65	50	22	353	44	258	82	78	109	340	187	284	37	33	185	29	475	117	97	154	107	333	61	22	69	181
sty	6,437	52.1	558	27	47	32	17	393	42	255	74	57	139	329	196	283	30	33	203	17	478	108	68	192	110	328	50	7	67	204
apt	6,608	53.0	562	4	53	113	16	349	27	129	161	111	103	290	214	361	62	49	155	95	517	162	46	277	32	400	34	99	101	166
cgq	6,567	54.1	547	3	62	94	16	200	172	34	231	21	185	265	206	291	164	88	24	15	568	191	38	126	213	401	53	15	13	320
eno	6,422	55.1	563	14	24	34	4	433	54	245	102	51	140	347	191	279	63	38	164	14	490	137	58	206	89	337	37	13	73	214
say	5,831	56.8	544	88	169	39	26	121	101	115	73	109	59	188	168	321	10	26	179	106	511	61	50	225	175	333	16	15	114	188
kpn	6,451	57.5	563	9	20	20	11	440	63	230	90	50	147	320	197	282	22	28	227	5	490	105	78	197	110	335	50	8	33	244
synd	6,501	59.1	624	4	61	50	9	337	163	57	190	30	163	247	193	327	25	44	103	155	483	67	6	296	114	371	17	32	72	250
pgd	6,524	59.6	522	2	39	39	4	364	74	120	191	70	136	311	206	305	19	49	147	90	470	100	20	207	143	395	22	40	37	296
pac	6,001	60.0	487	7	69	70	28	158	155	34	204	37	151	238	188	283	29	35	140	79	519	105	22	126	266	368	68	12	63	225
bla	6,610	60.5	515	0	38	38	4	231	204	21	286	3	217	307	220	314	26	27	198	63	555	25	8	325	197	384	12	18	124	230
ret	6,542	61.3	571	1	19	58	3	258	232	43	291	16	191	334	207	306	10	19	208	69	492	77	5	112	298	360	11	10	138	201
smk	6,587	62.7	568	0	23	55	2	233	255	33	291	20	184	324	204	311	6	20	211	74	512	73	9	124	306	354	12	15	154	173
dvl	5,783	63.0	494	0	14	74	1	180	225	15	224	9	183	239	192	287	3	22	83	179	443	32	13	224	174	312	5	17	80	210
xcb	6,437	65.0	569	1	55	14	4	435	60	17	260	21	178	277	199	289	7	8	220	54	513	8	10	366	129	332	5	2	63	262
rru	6,520	65.4	592	1	57	59	5	367	103	35	237	18	179	272	197	327	6	6	165	150	520	43	2	216	259	382	3	3	76	300
pae	6,452	66.6	582	0	30	14	0	418	120	35	286	6	200	321	206	293	6	12	228	47	479	33	40	210	196	304	12	2	10	280
roa	6,161	67.4	501	0	9	13	2	228	249	11	222	0	189	233	189	312	11	12	146	143	535	30	9	140	356	397	9	5	70	313
bmv	6,514	68.1	560	3	22	10	2	284	239	19	324	13	211	343	224	302	1	4	255	42	494	13	4	241	236	363	3	4	251	105
sma	6,557	70.7	534	0	5	8	0	284	237	2	255	3	204	257	207	339	1	5	207	126	571	14	10	162	385	411	3	4	134	270
amd	6,594	71.3	530	0	12	5	0	322	191	2	253	0	200	255	200	342	3	4	270	65	593	6	1	218	368	408	5	2	146	255
sgr	6,543	72.2	537	0	3	3	1	289	241	4	246	1	205	250	206	330	0	2	225	103	577	11	9	159	398	408	1	3	108	296
salb	6,560	73.3	535	0	1	6	1	258	269	1	235	1	203	236	204	327	1	6	197	123	577	5	5	142	425	409	4	2	63	340
ade	6,570	74.9	587	0	2	0	0	247	338	0	285	0	220	285	220	364	1	2	265	96	556	1	0	346	209	327	0	0	113	214
	aas	%GC	Leu	tta	ttg	ctt	cta	ctg	ctc	aaa	aag	ttt	ttc	Lys	Phe	Pro	cca	cct	ccg	ccc	Val	gtt	gta	gtg	gtc	Thr	act	aca	acg	acc

Tableau 3 : codon-usages des enzymes du métabolisme central 39 bactéries 2/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc
cbl	5,734	28.3	321	93	110	65	5	23	25	158	21	244	42	179	286	364	149	175	20	20	45	16	166	15	61	166	15	526	83	430	13
cje	6,284	30.5	400	89	60	137	11	14	89	175	19	291	46	194	337	526	196	245	41	44	44	17	156	24	61	156	24	522	280	134	108
pmh	6,368	31.1	420	121	140	84	23	25	27	137	44	272	65	181	337	459	189	203	32	35	64	18	140	39	82	140	39	514	300	156	58
sep	6,439	32.1	357	104	145	71	7	11	19	161	52	231	83	213	314	460	198	186	50	26	27	8	174	22	35	174	22	471	296	88	87
cff	6,296	33.3	403	60	58	142	14	9	120	169	40	221	78	209	299	542	165	237	62	78	40	23	163	26	63	163	26	512	130	272	110
lla	6,266	35.3	352	93	153	64	9	9	24	139	51	208	76	190	284	546	193	215	65	73	31	5	181	27	36	181	27	434	306	19	109
lat	6,166	36.3	468	206	95	44	41	50	32	147	35	185	54	182	239	450	154	169	67	60	71	17	149	38	88	149	38	549	306	144	99
liv	6,462	37.1	330	96	79	55	27	32	41	135	55	179	88	190	267	588	241	181	104	62	27	10	164	30	37	164	30	431	272	23	136
cbd	6,518	42.4	311	62	45	41	55	67	41	122	69	163	68	191	231	582	107	142	186	147	37	35	167	51	72	167	51	484	312	24	148
bae	6,416	43.2	364	76	103	24	25	58	78	125	65	130	129	190	259	549	165	124	160	100	16	23	175	30	39	175	30	430	226	25	179
bsu	6,425	43.5	361	89	100	31	21	39	81	97	92	109	146	189	255	549	164	129	168	88	15	24	179	30	39	179	30	437	221	20	196
ppoy	6,367	45.5	353	66	36	45	42	94	70	89	102	108	138	191	246	539	139	194	102	104	23	20	177	31	43	177	31	446	258	14	174
ype	6,451	47.6	352	84	59	41	36	69	63	115	66	106	130	181	236	643	156	150	177	160	35	26	205	43	61	205	43	414	203	13	198
eal	6,444	49.7	330	92	24	28	36	98	52	81	105	61	166	186	227	658	142	128	250	138	29	31	207	44	60	207	44	403	165	6	232
eco	6,435	50.8	332	80	23	22	41	107	59	71	112	52	168	183	220	658	151	127	243	137	28	31	204	44	59	204	44	398	158	3	237
sbz	6,395	51.3	330	80	23	27	45	97	58	88	94	77	150	182	227	624	89	89	264	182	31	29	199	46	60	199	46	406	194	8	204
sty	6,437	52.1	344	70	19	14	55	117	69	74	105	57	164	179	221	654	66	80	306	202	27	31	208	45	58	208	45	404	158	7	239
apt	6,608	53.0	345	82	27	17	25	127	67	86	75	48	121	161	169	747	161	158	128	300	18	38	185	52	56	185	52	371	236	11	124
cgq	6,567	54.1	334	57	14	4	16	217	26	10	161	18	199	171	217	718	309	228	74	107	17	20	145	52	37	145	52	379	96	4	279
eno	6,422	55.1	344	73	25	14	34	113	85	59	121	31	189	180	220	622	91	91	267	173	27	32	199	46	59	199	46	406	145	2	259
say	5,831	56.8	249	15	10	38	76	74	36	116	57	63	85	173	148	594	46	47	193	308	16	6	139	54	22	139	54	338	215	19	104
kpn	6,451	57.5	338	53	15	14	49	127	80	64	113	30	182	177	212	671	51	86	302	232	17	43	204	47	60	204	47	392	105	2	285
synd	6,501	59.1	359	16	24	37	66	107	109	30	120	40	161	150	201	683	32	125	123	403	17	52	164	43	69	164	43	355	62	0	293
pgd	6,524	59.6	295	26	13	7	87	109	53	94	68	49	161	162	210	753	118	80	228	327	18	47	205	49	65	205	49	392	77	5	310
pac	6,001	60.0	318	53	21	14	97	92	41	28	123	46	135	151	181	551	31	150	75	295	13	32	158	48	45	158	48	356	100	4	252
bla	6,610	60.5	348	7	10	4	130	130	67	50	144	43	172	194	215	625	71	50	168	336	5	38	151	55	43	151	55	369	63	6	300
ret	6,542	61.3	333	10	5	4	171	99	44	90	81	61	170	171	231	685	67	66	166	386	4	48	159	45	52	159	45	428	53	2	373
smk	6,587	62.7	308	5	6	1	148	103	45	87	88	55	172	175	227	716	67	39	249	361	7	45	164	46	52	164	46	412	38	8	366
dvl	5,783	63.0	283	8	5	6	85	122	57	26	133	18	162	159	180	598	58	31	133	376	7	60	178	43	67	178	43	342	32	17	293
xcb	6,437	65.0	308	1	2	13	134	76	82	44	125	33	171	169	204	710	52	26	280	352	6	51	164	49	57	164	49	358	30	0	328
rru	6,520	65.4	298	1	3	4	147	72	71	93	73	45	114	166	159	752	1	21	147	583	3	55	180	47	58	180	47	360	25	1	334
pae	6,452	66.6	339	3	0	9	88	131	108	18	165	19	173	183	192	669	19	34	176	440	3	67	172	47	70	172	47	386	15	2	369
roa	6,161	67.4	322	1	3	9	109	141	59	4	143	6	153	147	159	697	63	33	165	436	5	27	105	46	32	105	46	314	10	0	304
bmv	6,514	68.1	318	4	1	1	225	24	63	30	143	20	178	173	198	682	18	21	485	158	4	53	175	46	57	175	46	394	23	1	370
sma	6,557	70.7	330	1	3	2	103	184	37	6	156	1	165	162	166	746	10	9	284	443	1	33	135	47	34	135	47	313	1	1	311
amd	6,594	71.3	352	3	4	7	176	108	54	3	153	4	169	156	173	722	7	14	326	375	1	36	135	54	37	135	54	318	0	0	318
sgr	6,543	72.2	325	1	0	2	110	175	37	7	156	0	165	163	165	775	11	11	277	476	1	36	130	47	37	130	47	305	0	0	305
salb	6,560	73.3	311	0	2	1	93	179	36	3	160	0	160	163	160	778	11	13	219	535	2	34	128	52	36	128	52	305	0	0	305
ade	6,570	74.9	286	1	0	0	134	96	55	1	165	0	155	166	155	733	2	2	387	342	0	52	150	48	52	150	48	323	0	0	323
	aas	%GC	Ser	tct	tca	agt	tcg	tcc	agc	tat	tac	aat	aac	Tyr	Asn	Ala	gca	gct	gcg	gcc	tgt	tgc	atg	tgg	Cys	Met	Trp	Ile	att	ata	atc

Tableau 3 : codon-usages des enzymes du métabolisme central 39 bactéries 3/3

Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn Ala Cys Met Trp Ile 3/3 : Arg His Gln Gly Glu Asp Stp

Tableaux: 2 1/3 2/3 3/3 Tableaux: 3 1/3 2/3 3/3

	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga
cbl	5,734	28.3	243	213	2	8	20	0	0	73	17	129	21	90	150	465	259	142	31	33	435	78	289	37	513	326	11	10	1	0
cje	6,284	30.5	249	126	4	79	9	31	0	89	29	174	20	118	194	455	166	194	64	31	427	87	307	42	514	349	11	7	1	3
pmh	6,368	31.1	275	184	13	24	47	4	3	83	24	155	53	107	208	480	200	168	54	58	398	99	297	57	497	354	11	7	1	3
sep	6,439	32.1	281	91	20	153	1	14	2	97	32	232	15	129	247	523	140	300	56	27	464	76	333	84	540	417	11	10	1	0
cff	6,296	33.3	268	168	9	52	12	25	2	78	33	133	31	111	164	467	171	164	117	15	298	184	312	77	482	389	11	6	3	2
lla	6,266	35.3	295	33	28	189	1	30	14	67	40	199	17	107	216	478	160	242	46	30	481	53	243	110	534	353	11	9	1	1
lat	6,166	36.3	339	70	38	134	24	59	14	116	33	168	51	149	219	472	192	153	53	74	323	110	290	49	433	339	11	6	1	4
liv	6,462	37.1	290	19	38	162	2	52	17	96	28	203	12	124	215	521	149	247	74	51	486	65	282	88	551	370	11	8	1	2
cbd	6,518	42.4	377	11	72	104	7	139	44	94	63	200	61	157	261	529	111	140	183	95	404	119	242	103	523	345	11	5	4	2
bae	6,416	43.2	276	45	10	95	9	87	30	84	51	132	103	135	235	535	171	132	169	63	405	134	203	155	539	358	11	9	1	1
bsu	6,425	43.5	269	40	15	107	7	80	20	75	52	129	104	127	233	538	160	149	179	50	397	144	219	148	541	367	11	7	2	2
ppoy	6,367	45.5	325	15	5	180	2	95	28	66	49	157	101	115	258	529	106	217	166	40	356	164	214	144	520	358	11	11	0	0
ype	6,451	47.6	384	6	7	229	7	115	20	78	57	105	137	135	242	529	16	272	166	75	322	162	252	111	484	363	11	7	1	3
eal	6,444	49.7	390	4	10	237	1	132	6	43	81	52	186	124	238	532	21	252	220	39	362	132	189	180	494	369	11	9	0	2
eco	6,435	50.8	390	3	9	230	2	136	10	39	89	47	186	128	233	533	21	251	229	32	374	115	173	204	489	377	11	10	0	1
sbz	6,395	51.3	376	4	10	212	2	127	21	55	77	44	192	132	236	531	32	196	260	43	336	153	200	177	489	377	11	10	0	1
sty	6,437	52.1	388	8	9	200	2	157	12	53	74	32	205	127	237	534	28	179	284	43	332	141	200	193	473	393	11	9	0	2
apt	6,608	53.0	399	3	7	161	3	164	61	74	61	22	218	135	240	568	25	196	275	72	374	67	244	151	441	395	11	9	0	2
cgq	6,567	54.1	374	1	17	130	7	214	5	6	102	24	189	108	213	580	55	155	359	11	250	303	121	287	553	408	10	10	0	0
eno	6,422	55.1	373	3	3	216	1	143	7	39	92	28	201	131	229	532	19	208	254	51	314	181	154	225	495	379	11	8	1	2
say	5,831	56.8	413	5	55	62	4	113	174	75	64	139	87	139	226	504	103	83	191	127	276	157	123	211	433	334	9	4	3	2
kpn	6,451	57.5	393	2	4	175	2	192	18	41	87	17	220	128	237	534	13	164	316	41	284	201	170	216	485	386	11	9	0	2
synd	6,501	59.1	417	3	36	77	11	199	91	41	77	40	239	118	279	554	72	136	288	58	210	266	139	249	476	388	11	2	0	9
pgd	6,524	59.6	347	3	4	96	1	194	49	61	66	24	206	127	230	563	13	150	350	50	241	246	180	250	487	430	11	8	0	3
pac	6,001	60.0	373	4	34	130	11	149	45	26	103	25	163	129	188	536	59	180	232	65	95	382	117	290	477	407	9	0	0	9
bla	6,610	60.5	365	2	15	114	9	197	28	60	93	12	205	153	217	586	39	95	416	36	180	369	148	297	549	445	10	3	0	7
ret	6,542	61.3	368	2	4	60	8	277	17	62	75	14	206	137	220	589	13	90	467	19	280	187	115	272	467	387	11	3	1	7
smk	6,587	62.7	396	4	6	49	11	278	48	55	76	12	205	131	217	599	34	68	458	39	230	250	92	299	480	391	11	0	2	9
dvl	5,783	63.0	392	5	9	87	19	241	31	42	85	11	172	127	183	528	27	109	322	70	174	215	40	307	389	347	9	2	7	0
xcb	6,437	65.0	418	0	3	74	1	313	27	48	82	9	262	130	271	570	6	96	438	30	255	208	129	258	463	387	11	2	1	8
rru	6,520	65.4	430	1	10	33	1	314	71	72	65	17	189	137	206	592	14	59	458	61	207	245	161	232	452	393	11	2	2	7
pae	6,452	66.6	383	0	6	70	3	278	26	22	116	17	227	138	244	559	6	87	446	20	197	315	45	328	512	373	11	5	0	6
roa	6,161	67.4	404	2	26	50	5	239	82	7	132	18	185	139	203	584	54	100	388	42	116	315	38	373	431	411	10	2	4	4
bmv	6,514	68.1	385	0	4	32	1	299	49	26	125	16	215	151	231	563	3	18	515	27	171	298	92	294	469	386	11	4	0	7
sma	6,557	70.7	410	0	7	57	7	262	77	3	130	2	212	133	214	617	18	93	476	30	40	477	13	401	517	414	10	2	1	7
amd	6,594	71.3	430	2	5	22	3	269	129	3	129	2	202	132	204	618	4	69	485	60	83	424	12	416	507	428	10	1	2	7
sgr	6,543	72.2	414	0	6	50	4	258	96	5	118	0	215	123	215	631	12	73	496	50	32	459	8	406	491	414	10	1	3	6
salb	6,560	73.3	433	0	3	59	4	277	90	2	125	1	213	127	214	631	13	82	482	54	40	476	3	415	516	418	10	1	3	6
ade	6,570	74.9	499	1	2	4	7	357	128	0	141	2	229	141	231	599	4	3	502	90	1	500	12	335	501	347	11	0	5	6
	aas	%GC	Arg	aga	cga	cgt	agg	cgc	cgg	cat	cac	caa	cag	His	Gln	Gly	gga	ggt	ggc	ggg	gaa	gag	gat	gac	Glu	Asp	Stp	taa	tag	tga

votre commentaire

1 2

Suivre le flux RSS des articles de cette rubrique

Suivre le flux RSS des commentaires de cette rubrique

Tableaux numériques

Perl %GC gène

Perl codons: m protéines n organismes

Perl répétition des bases: chromosome

Perl répétitions des bases: aléas.

Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle: tableaux