• Tableaux numériques

    05.09.2013

    Protéines ribosomales    Protéines du cytoplasme   Hélices α membranaires   Séquences ADN      Perl répétitions des bases:aléas     Perl répétition des bases: chromosome     Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle:tableaux.       Perl codons: m protéines n organismes.      Perl %GC gène.

  • 06.07.16  Tanger  

    # Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans le .txt) dont le nom est sous la forme nom-organisme concaténé au nom de la protéine, exemple: smf6115.
    #Mettre à jour la liste des noms des organismes (@noms) et des protéines (@z) sans supprimer le préfixe a de a6115 par exemple (pour pouvoir mettre des chiffres).my

    my @noms=(acs,aly,apla,ath,bacu,bta,cal,chx,cic,cme,cre,ecb,ehx,fab,gga,gla,hsa,lcm,lth,mcc,mmu,mus,myb,mze,ndi,ngi,oas,ota,pbi,pic,ppa,pper,pti,sce,sly,tca,ttt,tup,xma,xtr);
    my @z=(    a2777E1  );
    my @cod =(t,a,c,g);
    my $m=@z;
    my $pt=$m-1;
    my $n=@noms;
    my $nt=$n-1;
    my @q = ([(0)x4]x$n);
    my @fic = (a)x$m;
    my $i=0;
    my $j=0;
    my @p = (0)x4;
    foreach $l (0..$nt) {  #++
    @p = (0)x4;
    foreach $k (0..$pt) {
    $lz=length($z[$k])-1;
    $zi=substr($z[$k],1,$lz);
    $fic[$k]=$noms[$l].$zi;
    }  
    foreach $k (0..$pt) { comptfich($fic[$k]);}
    sub comptfich {
    $filename=$fic[$k];
    open ($fh, '<', $filename);
    while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
       chomp $lis;
    while ($i <= 60)   {           
    $lu = substr($lis,$i,1 );
    foreach $j (0..3) {
    if( $lu eq $cod[$j] ) { $p[$j]+=1; }   
                      }
    $i=$i+1;           }
    $i = 0;                         } 
    close $fh;
                 }
    @{$q[$l]}=@p;     }  #++
    foreach $k (0..$pt) {
    print ($z[$k],";"); }
    print ("\n");
    #
    print ( "xx;");
    foreach $i (0..3) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ("\n");
    #
    foreach $i (0..$nt) {
    print ( $noms[$i],";");           
    @p=@{$q[$i]};
    foreach $k (0..3) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print ("\n");    }


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  • 27.02.16  Paris

    #
    #               Perl pour compter les codons d'un ensemble de protéines pour plusieurs organismes.
    #
    # Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans le .txt) dont le nom est sous la forme nom-organisme concaténé au nom de la protéine, exemple: smf6115.
    #Mettre à jour la liste des noms des organismes (@noms) et des protéines (@z) sans supprimer le préfixe a de a6115 par exemple (pour pouvoir mettre des chiffres).

    my @noms=(smf,hcr,ssdc,sbw,ple,bfl,rip,pub,cad,tme,hhl,ial,dte,axl,thl,bbd,hmr,vpr,nis,nse,hhd,hth,pdi,fbt,tli,amo,mah,ssm,lfc,bvs,caa,dal,mcu,din,aba,dba,sus,saci,
    tai,gau,vin,age,mts,cmi,ksk,tsu,aae,sbn,bmf,sho,zin,crp);
    my @z=(     a6115,
         a6114,
         a27771,
         a2777A,
         a61142,
         a6119,
         a27761,
         a27762
             );
    my @cod =    (tta,ttg,ctt,cta,ctg,ctc,   # Leu
             aaa,aag,ttt,ttc,                            # Lys  Phe
             tct,tca,agt,tcg,tcc,agc,                # Ser
             tat,tac,aat,aac,                           # Tyr  Asn
             aga,cga,cgt,agg,cgc,cgg,           # Arg
             cat,cac,caa,cag,                         # His  Gln
             gga,ggt,ggc,ggg,                       # Gly
             gaa,gag,gat,gac,                       # Glu  Asp
             gca,gct,gcg,gcc,                        # Ala
             tgt,tgc,atg,                                # Cys  Met
             cca,cct,ccg,ccc,                        # Pro
             tgg,                                           # Trp
             gtt,gta,gtg,gtc,                         # Val
             act,aca,acg,acc,                      # Thr
             att,ata,atc,                              # Ile
             taa,tag,tga);                            # Stp
    my $m=@z;
    my $pt=$m-1;
    my $n=@noms;
    my $nt=$n-1;
    my @q = ([(0)x64]x$n);
    my @fic = (a)x$m;
    my $i=0;
    my $j=0;
    my @p = (0)x64;
    foreach $l (0..$nt) {
    @p = (0)x64;
    foreach $k (0..$pt) {
    $lz=length($z[$k])-1;
    $zi=substr($z[$k],1,$lz);
    $fic[$k]=$noms[$l].$zi;
    }   
    foreach $k (0..$pt) { comptfich($fic[$k]);}
    sub comptfich {
    $filename=$fic[$k];
    open ($fh, '<', $filename);
    while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
       chomp $lis;
    while ($i <= 60) {            
    $lu = substr($lis,$i,3 );
    foreach $j (0..63) {
    if( $lu eq $cod[$j] ) { $p[$j]+=1; }    
                       }
    $i=$i+3;           }
    $i = 0;                         }  
    close $fh;
    }
    @{$q[$l]}=@p; }
    foreach $k (0..$pt) {
    print ($z[$k],";"); }
    print ("\n");
    #
    print ( "Leu;");
    foreach $i (0..9) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Lys;Phe;Ser;");
    foreach $i (10..19) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Tyr;Asn;Arg;");
    foreach $i (20..29) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "His;Gln;Gly;");
    foreach $i (30..37) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Glu;Asp;Ala;");
    foreach $i (38..44) {
    print ($cod[$i],";");}
    print ($cod[49],";");
    #
    print ( "Cys;Met;Trp;Pro;");
    foreach $i (45..48) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Val;");
    foreach $i (50..53) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Thr;");
    foreach $i (54..57) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Ile;");
    foreach $i (58..60) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ( "Stp;");
    foreach $i (61..63) {
    print ($cod[$i],";");}
    #
    print ("\n");
    #
    foreach $i (0..$nt) {
    print ( $noms[$i],";");            # Leu
    @p=@{$q[$i]};
    foreach $k (0..9) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";;;");                # Lys Phe Ser
    foreach $k (10..19) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";;;");                # Tyr Asn Arg
    foreach $k (20..29) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";;;");                # His Gln Gly
    foreach $k (30..37) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";;;");                # Glu Asp Ala
    foreach $k (38..44) {
    print ( $p[$k],";");}
    print ( $p[49],";");
    #
    print (";;;;");                # Cys Met Trp Pro
    foreach $k (45..48) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";");                # Val
    foreach $k (50..53) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";");                # Thr
    foreach $k (54..57) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";");                # Ile
    foreach $k (58..60) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print (";");                # Stp
    foreach $k (61..63) {
    print ( $p[$k],";");}
    #
    print ("\n");    }


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  • 17.11.15  Paris

    Programme en perl pour compter les bases répétées

    #!/usr/local/bin/perl            mekki 17.11.15            Comptage de séquences de bases répétées
    #
    #    Résultat: KEGG donne 4 641 652 paires de bases. Chercher dans organismes de KEGG eco (Escherichia Coli).
    #
    #3    50279    50147    31599    31526    490653      −−−−>   Il y a 31 526 séquences de ggg.

    n t a c g  
    1 572,076 575,694 684,256 684,448 2,516,474
    2 155,479 155,226 185,070 183,945 1,359,440
    3 50,279 50,147 31,599 31,526 490,653
    4 15,523 15,380 6,067 6,027 171,988
    5 5,929 5,810 1,086 1,056 69,405
    6 1,929 1,891 153 154 24,762
    7 475 472 31 25 7,021
    8 97 109 7 3 1,728
    9 11 7 1 0 171
    10 0 0 0 1 10
              4,641,652

    La séquence de base originale est celle de NCBI, eco par exemple, et je copie le fichier FASTA dans un document .txt. Chaque ligne contient 70 bases. Pour accéder à eco NCBI je passe par KEGG2 organism et clique sur la séquence du chromosome.

    #

    #  **  perl  **

    @Valeurs = ();
    # Initialisation du tableau
    foreach $b (2..5) {foreach $n (2..21) { $Valeurs [$b] [$n] = 0;}}    # *********  augmenter les bornes supérieures si nécessaire: séquences spécifiques ************
    $NbElem = @Valeurs;
    # *********  Changer le fichier qui doit être en txt ************
    $filename = "dnaecoli.txt";
    my $tl = -s $filename;
    print ("$tl    total \n");        # *Total sur le disque différent de KEGG  ***********
    my $i = 0, $k=0;
    my @m= (1,2,3,4);
    my $j=0;
    my @p = (0)x4;
    # *********  Comptage du 1er caractère pour les chromosomes circulaires ************
    open ($fh, '<', $filename);
    $lis1 = <$fh>;
    $car = substr($lis1,0,1 );
    $j=1;
    for ($i=1; $i<=70; $i+=1) {        # 70 à changer si on doute que le 1er caractère est sur une séquence plus grande   ***********
    $lu = substr($lis1,$i,1 );
    if ($lu eq $car) { $j+=1;}
    else { $i=70;}}
    #print ( $car, "  ", $j, "\n");
    $d=$j;
    close $fh;
    $i=0;
    $j=0;
    # *********  Comptage de toutes les séquences répétitives. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
    open ($fh, '<', $filename);
    while( defined( $lis = <$fh> ) ) {
       chomp $lis;
    while ($i <= 70) {            # 70 à remplacer par la longueur total du chromosome si on a un seul enregistrement   ***********
    $lu = substr($lis,$i,1 );
    if( $lu eq "T" ) {             #("1","2","3","4");  pour les aléas. ************
        if($p[1] == 0) {
             foreach $j (@m, $m!=1) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } }
             $p[1]+=1;}
        else { $p[1]+=1; }}
    if( $lu eq "A" ) {
        if($p[2] == 0) {
             foreach $j (@m, $m!=2) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
             $p[2]+=1;}
        else {$p[2]+=1;}}
    if( $lu eq "C" ) {
        if($p[3] == 0) {
             foreach $j (@m, $m!=3) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
             $p[3]+=1;}
        else {$p[3]+=1;}}
    if( $lu eq "G" ) {
        if($p[4] == 0) {
             foreach $j (@m, $m!=4) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; }}
             $p[4]+=1;}
        else {$p[4]+=1;}}
    $i+=1;};
    $i = 0;};
    foreach $j (@m) {
         if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } };
    #print ( $Valeurs [$b] [$n], " ", $b, " ", $n, "\n");
    #
    # *********  Ce qui suit: uniquement si le chromosome est circulaire. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
    #
    @c=("T","A","C","G");            #@c=("1","2","3","4");  pour les aléas. ************
    foreach $k (0..3) {
    #print ( $c[$k], "  ", $b, "\n");
    if ($c[$k] eq $car) { $x=$k+2;}};
    if ( $x == $b ) {
    $Valeurs [$b] [$n] -=1;
    #print ( $Valeurs [$b] [$n], "\n");
    $n = $n + $d;
    #print ( $b, "  ", $n, "\n");
    $Valeurs [$b] [$n] +=1;
    $n = $d+1;
    #print ( $b, "  ", $n, "\n");
    $Valeurs [$b] [$n] -=1;}
    #
    # *********  Fin de ce qui suit uniquement si le chromosome est circulaire. ************
    #
    print ("n t a c g \n");   
    foreach $k (2..21) { $j=$k-1; print ( $j," ", $Valeurs [2] [$k]," ", $Valeurs [3] [$k]," ", $Valeurs [4] [$k]," ", $Valeurs [5] [$k],  "\n")};
    close $fh;


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  • 27.02.16  Paris

    #   Comptage, par aléa, des répétitions de bases pour un %GC donné.
    # 3 paramètres à changer ici sur la 1ère ligne et sauvegarder avant d'exécuter le programme dans un terminal.
    # exemple compter les répétitions pour un %GC de 17/46=36.9% et un chromosome de 5 013 479 bases.
    my $ll=46; $gc=17; $efc=5013479;
    my $at=$ll-$gc;
    my $gc1=$gc-1; $at1=$at-1;
    my $gc2=$gc+3; $gc3=$gc2+1; $gc4=$gc3+$gc-2;
    my $at2=$gc4+1; $at3=$at2+$at-2; $at4=$at3+1; $at5=$at4+$at-2;
    my $l=$ll*2;   # le max de l'aléa ***
    my $i=0;
    my $r=0;
    my $k=0;
    my $s=0;
    my $v=0;
    my $a=0;
    my $e=0;
    # Initialisation du tableau pour les fréquences
    @Valeurs = ();
    foreach $b (2..5) {foreach $n (2..21) { $Valeurs [$b] [$n] = 0;}}    # *********  augmenter les bornes supérieures si nécessaire: séquences spécifiques ************
    my @m= (1,2,3,4);
    my @p = (0)x4;
    #
    my @u=(1,$at2..$at3); @d=(2,$at4..$at5); @t=(3,5..$gc2); @q=(4,$gc3..$gc4);
    for ($k=1; $k<=$efc; $k+=1) {
    $r = int rand($l) + 1;
    #print ($r, "\n");
    if ($s==0) {
      foreach $i (0..$at1) { if ($r == $u[$i]) {
      $s=1;
      }}}
        if ($s==0) {
        foreach $i (0..$at1) { if ($r == $d[$i]) {
        $s=2;
        }}}
            if ($s==0) {
            foreach $i (0..$gc1) { if ($r == $t[$i]) {
            $s=3;
            }}}
                if ($s==0) {
                foreach $i (0..$gc1) { if ($r == $q[$i]) {
                $s=4;
                }}}
    Freq($s);
      if($v == 0 ) {
            if($a==0) {$a=$s;}
            if($s==$a) { $e +=1;} else {$v=1; }}
    $s=0;}
    $s=0;
    Freq($s);
    #
    sub Freq {
    #
    my ($s) = @_;
    my $j=0;
    # *********  Comptage de toutes les séquences répétitives. A compléter pour les séquences spécifiques. ************
    #
    if( $s == 1 ) {             
        if($p[1] == 0) {
             foreach $j (@m, $m[$j]!=1) {
                 if ( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
             $p[1]+=1;}
        else { $p[1]+=1;}}
    if( $s == 2  ) {
        if($p[2] == 0) {
             foreach $j (@m, $m[$j]!=2) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;  
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
             $p[2]+=1;}
        else {$p[2]+=1;}}
    if( $s == 3  ) {
        if($p[3] == 0) {
             foreach $j (@m, $m[$j]!=3) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;  
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
             $p[3]+=1;}
        else {$p[3]+=1;}}
    if($s == 4 ) {
        if($p[4] == 0) {
             foreach $j (@m, $m[$j]!=4) {
                 if( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0;   }}
             $p[4]+=1;}
        else {$p[4]+=1;}}
    if($s != 0 ) { return}
    if($s == 0 ) {
    foreach $j (@m) {
         if ( $p[$j] !=0 ) { $n=$p[$j]+1; $b=$j+1;
                    $Valeurs [$b] [$n] +=1; $p[$j]=0; } }}
    @c=(1..4);            
    foreach $k (0..3) {
    if ($c[$k] == $a) { $x=$k+2;}};
    if ( $x == $b ) {
    $Valeurs [$b] [$n] -=1;
    $n = $n + $e;
    $Valeurs [$b] [$n] +=1;
    $n = $e+1;
    $Valeurs [$b] [$n] -=1;}
    #
    #print ("e=", $e, "\n");
    print ("n t a c g \n");   
    foreach $k (2..21) { $j=$k-1; print ( $j," ", $Valeurs [2] [$k]," ", $Valeurs [3] [$k]," ", $Valeurs [4] [$k]," ", $Valeurs [5] [$k],  "\n")};
    return;}
    #


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  • 24.02.16  Paris

    Tableaux faits avec le programme "Perl codons: m protéines n organismes" .

    1.    Tableau 1 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases       111 bactéries  

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

              Tableaux:  2            1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

    Les codons usages  en fonction du %GC dans 6 protéines :  EC 6.1.1.5      6.1.1.4      2.7.7.71      2.7.7.7A      2.7.7.61      2.7.7.62 

    Isoleucyl-tRNA synthetase: 6.1.1.5,

    Leucyl-tRNA synthetase :  6.1.1.4 ,

    DNA polymerase I :  2.7.7.71,

    DNA polymerase III subunit alpha : 2.7.7.7A,

    DNA-directed RNA polymerase subunit beta: 2.7.7.61,

    DNA-directed RNA polymerase subunit beta': 2.7.7.62.

    Chez 111 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

    aae aba ade age amd amo apt axl bae bbd bfl bla bmf bmv bsu bvs caa cad cbd cbl cff cgq chp cje cmi cmn crp

    cta dal dba ddr din dpt dte dvl eal eco eno fbt fnc gau gva hcr hhd hhl hmr hth ial kpn ksk lat lfc liv ljf lla lpl mah

    mcac mcu mts nis nse opr pac pae pdi pgd pgi ple pmh ppoy pub ret rip roa rpr rru saci salb say sbn sbw sbz sep

    sgr sho sma smf smk spi spl ssdc ssm sty sus synd tai tde thl tli tma tme tos tpas tsu uur vin vpr xcb ype zin

    La séquence des bases de chaque protéine est celle présentée par KEGG au format 60 bases par ligne utilisé par mon programme Perl pour les décomptes.

    Les bactéries suivantes n'ayant pas de EC 2.7.7.71 ou celui-ci étant de petite taille, j'ai du leur ajouter une autre protéines la Valyl-tRNA synthetase EC 6.1.1.9:

    hcr,  rip,  ple,  zin,  crp.

    Chez hth et  aae   EC6.1.1.4 est en 2 morceaux comme présentées dans KEGG.

    Tableau 1 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases      111 bactéries        1/3  

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

              Tableaux:  2            1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

      aas %GC Leu tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc Lys Phe Pro cca cct ccg ccc Val gtt gta gtg gtc Thr act aca acg acc
    zin 5,704 13.5 516 492 8 7 9 0 0 1082 19 394 8 1101 402 124 53 67 0 4 117 65 51 1 0 152 85 66 1 0
    crp 5,754 16.6 587 468 48 33 35 2 1 822 39 506 21 861 527 99 56 37 4 2 185 115 65 5 0 169 86 73 5 5
    hcr 6,162 22.5 601 398 30 144 24 1 4 691 53 287 23 744 310 184 80 96 7 1 236 135 95 3 3 220 60 151 2 7
    mcac 6,157 23.7 594 472 38 36 48 0 0 544 40 245 15 584 260 179 113 63 3 0 373 274 86 10 3 306 215 83 1 7
    ssdc 6,979 24.2 658 526 40 66 21 2 3 603 67 303 14 670 317 260 143 94 17 6 342 184 131 16 11 310 151 121 12 26
    sbw 6,126 25.1 539 388 32 71 32 8 8 594 25 281 17 619 298 214 90 102 11 11 347 188 133 14 12 254 125 94 21 14
    uur 5,709 25.5 519 385 48 35 48 1 2 466 57 222 20 523 242 187 100 73 6 8 326 219 76 22 9 262 84 150 15 13
    ple 6,355 26.2 615 402 104 44 51 9 5 560 79 259 10 639 269 203 87 91 17 8 371 172 148 32 19 311 110 166 22 13
    smf 6,594 26.3 580 379 23 134 38 6 0 536 113 214 41 649 255 208 108 97 1 2 440 208 216 13 3 317 179 132 2 4
    fnc 6,345 27.1 597 353 72 117 49 3 3 498 115 183 42 613 225 214 98 113 3 0 424 238 156 24 6 301 129 165 1 6
    bfl 6,691 27.4 656 434 127 50 27 11 7 423 76 252 10 499 262 231 89 105 26 11 410 156 180 53 21 303 181 98 12 12
    cbl 6,334 28.3 541 326 37 110 63 3 2 447 114 191 52 561 243 237 120 106 5 6 445 186 230 21 8 287 116 156 5 10
    rip 6,756 28.5 589 255 116 84 67 34 33 520 131 244 93 651 337 209 101 70 30 8 355 161 95 52 47 262 110 95 30 27
    rpr 6,715 29.0 628 314 48 145 69 27 25 432 115 256 47 547 303 235 78 127 23 7 430 155 195 50 30 328 159 107 33 29
    pub 6,563 29.7 596 317 59 126 72 18 4 573 103 267 43 676 310 238 125 97 7 9 375 244 95 25 11 319 140 143 16 20
    cad 6,259 29.9 520 240 31 116 115 14 4 402 136 173 61 538 234 232 128 89 14 1 436 163 236 31 6 327 144 152 22 9
    cje 6,706 30.5 648 280 93 233 26 4 12 583 87 275 23 670 298 215 74 123 12 6 386 176 127 79 4 265 126 76 15 48
    pmh 6,431 31.1 640 270 97 156 77 15 25 409 108 187 45 517 232 258 103 110 19 26 435 241 123 35 36 303 132 109 17 45
    tme 6,265 31.4 558 208 99 161 61 11 18 470 154 199 46 624 245 263 145 83 14 21 469 197 187 62 23 306 76 154 42 34
    sep 6,094 32.1 550 330 50 92 56 9 13 358 74 149 81 432 230 245 122 101 17 5 415 188 148 55 24 337 129 144 47 17
    hhl 5,968 32.5 579 409 45 35 76 13 1 279 163 167 23 442 190 229 121 86 16 6 419 176 186 29 28 290 167 96 11 16
    cff 6,826 33.3 626 200 68 243 75 21 19 503 112 246 34 615 280 231 72 104 47 8 416 198 160 34 24 298 137 93 40 28
    ial 6,612 33.9 557 123 100 206 22 55 51 469 135 182 118 604 300 268 74 107 63 24 479 311 111 28 29 341 145 138 18 40
    ljf 6,108 34.5 545 245 94 130 57 8 11 243 239 154 67 482 221 273 155 103 9 6 432 256 123 24 29 318 228 49 10 31
    dte 6,744 34.9 631 115 19 351 59 7 80 454 231 206 60 685 266 288 130 131 12 15 500 309 147 13 31 304 109 145 21 29
    lla 6,098 35.3 582 138 191 191 17 11 34 352 39 171 79 391 250 263 152 93 11 7 418 248 73 53 44 332 146 140 30 16
    axl 6,089 35.7 579 283 68 93 95 24 16 291 132 164 71 423 235 245 134 56 55 0 423 210 132 36 45 312 80 158 65 9
    thl 6,146 36.0 534 254 129 61 59 20 11 338 72 166 49 410 215 253 92 113 39 9 450 194 146 58 52 337 113 131 48 45
    lat 6,822 36.3 605 188 130 167 49 28 43 336 140 211 61 476 272 284 78 145 26 35 464 204 122 74 64 303 105 115 46 37
    bbd 6,699 36.8 591 103 218 140 41 42 47 371 161 164 130 532 294 252 101 110 23 18 466 149 160 98 59 308 123 91 30 64
    liv 6,136 37.1 559 198 73 167 85 16 20 366 45 143 88 411 231 256 148 58 42 8 442 180 151 67 44 365 108 155 56 46
    hmr 6,542 37.5 578 98 143 184 60 51 42 341 294 196 75 635 271 243 64 86 45 48 482 266 116 60 40 290 48 137 38 67
    tde 6,640 37.9 608 135 97 223 35 38 80 323 263 200 75 586 275 276 17 95 54 110 406 195 132 18 61 343 52 105 52 134
    spi 6,089 38.3 534 90 149 186 32 27 50 283 101 158 87 384 245 243 134 85 15 9 449 220 53 94 82 353 111 122 35 85
    vpr 6,688 38.6 572 161 208 130 31 3 39 331 102 108 120 433 228 270 137 114 18 1 524 182 266 51 25 384 136 170 47 31
    chp 6,625 39.1 645 246 123 119 77 40 40 301 173 180 77 474 257 280 67 162 21 30 464 203 124 67 70 318 123 108 39 48
    spl 6,656 39.1 620 95 112 151 165 77 20 179 227 112 117 406 229 282 132 95 40 15 484 221 127 95 41 346 122 85 37 102
    tsu 6,769 39.2 562 31 102 356 8 31 34 349 236 158 119 585 277 288 60 117 107 4 442 274 100 32 36 343 132 155 32 24
    nis 6,688 39.7 614 49 119 200 37 90 119 487 148 201 61 635 262 263 119 67 57 20 437 124 126 103 84 308 55 104 76 73
    cmn 6,612 40.3 650 206 164 131 59 45 45 320 147 186 92 467 278 277 78 142 20 37 488 237 96 83 72 307 113 87 66 41
    nse 6,535 41.1 638 94 122 180 72 86 84 259 197 215 81 456 296 239 87 82 45 25 510 205 122 102 81 296 80 109 58 49
    cta 6,612 41.3 654 198 165 119 73 50 49 290 168 168 105 458 273 277 66 149 28 34 487 197 116 88 86 301 111 85 55 50
    hhd 6,207 41.8 578 120 84 193 41 102 38 278 136 119 103 414 222 263 93 93 67 10 483 150 175 95 63 290 68 92 76 54
    gva 6,876 42.0 604 58 215 234 17 38 42 133 234 111 138 367 249 311 144 110 55 2 516 257 95 144 20 356 178 47 81 50
    cbd 6,598 42.4 684 269 195 79 28 65 48 361 77 174 43 438 217 289 33 86 83 87 505 149 88 157 111 361 59 50 125 127
    bae 6,116 43.2 577 87 82 229 15 108 56 316 118 127 95 434 222 268 30 98 134 6 460 144 110 110 96 303 54 124 93 32
    aae 6,656 43.5 629 59 12 146 55 85 272 239 416 114 159 655 273 298 33 57 35 173 508 198 161 81 68 296 59 57 88 92
    bsu 6,118 43.5 580 81 70 227 28 128 46 309 119 125 98 428 223 267 48 89 121 9 459 163 99 95 102 308 56 136 97 19
    hth 6,294 44.0 627 60 61 251 50 101 104 234 312 176 57 546 233 271 58 100 30 83 472 111 142 166 53 271 65 86 30 90
    lpl 6,158 44.5 559 180 210 60 30 46 33 127 243 113 101 370 214 276 121 77 53 25 443 202 34 87 120 362 77 51 153 81
    pdi 6,975 45.1 616 88 311 63 32 97 25 201 350 60 219 551 279 298 18 75 176 29 476 136 145 128 67 366 59 50 143 114
    ppoy 6,312 45.5 593 26 120 88 23 261 75 183 200 107 103 383 210 285 47 69 155 14 492 120 147 138 87 335 33 84 139 79
    tma 6,437 46.2 604 9 54 146 20 150 225 289 243 64 177 532 241 308 67 74 75 92 532 156 56 201 119 298 45 93 83 77
    sbn 6,619 46.3 630 154 123 65 52 172 64 218 161 112 121 379 233 275 111 85 53 26 479 156 91 158 74 353 120 52 54 127
    fbt 7,135 46.5 631 31 35 90 27 401 47 235 263 161 137 498 298 311 56 89 95 71 507 89 235 174 9 368 56 66 43 203
    tli 6,594 47.1 639 61 214 156 44 99 65 202 254 111 108 456 219 295 57 120 46 72 560 160 112 186 102 256 69 48 54 85
    ype 6,655 47.6 651 77 175 44 27 296 32 267 111 115 110 378 225 295 108 75 87 25 486 201 86 119 80 336 88 31 67 150
    amo 6,577 48.0 658 54 176 176 25 142 85 124 288 114 118 412 232 312 27 73 70 142 496 95 89 156 156 267 36 36 100 95
    pgi 6,924 48.3 637 27 142 125 48 173 122 207 235 85 178 442 263 317 32 96 108 81 470 103 131 126 110 377 66 113 94 104
    mah 6,590 48.7 626 92 254 58 37 122 63 225 146 103 118 371 221 282 17 54 170 41 510 136 69 100 205 321 44 21 122 134
    ssm 6,489 49.0 596 12 56 224 9 155 140 180 274 146 109 454 255 283 17 68 78 120 462 152 49 102 159 311 25 24 48 214
    eal 6,649 49.7 641 17 55 47 11 447 64 294 108 86 125 402 211 303 43 38 207 15 493 177 107 142 67 339 83 18 62 176
    lfc 7,158 50.0 761 107 104 235 33 136 146 298 154 189 80 452 269 365 83 93 97 92 489 191 67 74 157 360 77 115 62 106
    eco 6,641 50.8 636 21 43 52 6 455 59 294 105 82 129 399 211 300 54 31 203 12 496 170 116 137 73 333 67 13 54 199
    sbz 6,631 51.3 630 24 47 48 18 436 57 281 113 88 131 394 219 298 52 39 192 15 488 147 96 155 90 340 63 12 88 177
    bvs 6,984 51.7 600 6 124 34 1 234 201 206 313 68 200 519 268 316 4 63 81 168 494 62 132 199 101 363 17 24 92 230
    sty 6,647 52.1 626 18 43 34 12 456 63 271 126 82 139 397 221 298 32 43 215 8 495 153 74 161 107 341 47 12 93 189
    tpas 6,795 52.8 614 68 138 170 30 108 100 164 193 209 53 357 262 289 48 104 86 51 549 138 105 250 56 353 72 75 127 79
    apt 6,709 53.0 611 8 71 105 20 371 36 139 177 123 102 316 225 351 68 69 130 84 518 168 55 250 45 362 25 110 107 120
    caa 6,655 53.6 610 7 63 63 15 207 255 80 313 41 184 393 225 320 97 18 156 49 438 111 27 102 198 363 53 46 44 220
    cgq 6,572 54.1 595 6 109 98 12 251 119 32 280 45 163 312 208 306 148 95 45 18 511 172 20 174 145 365 66 15 41 243
    dal 6,708 54.5 603 13 95 83 3 317 92 188 306 104 144 494 248 301 4 53 62 182 524 75 30 250 169 339 19 16 95 209
    eno 6,643 55.1 634 9 29 35 4 491 66 266 129 63 156 395 219 297 74 53 159 11 480 153 82 164 81 342 43 15 72 212
    mcu 6,668 55.4 607 19 149 26 19 318 76 121 199 91 140 320 231 335 21 50 171 93 488 71 53 215 149 386 63 21 90 212
    din 6,484 56.1 603 3 23 68 4 383 122 114 256 107 141 370 248 282 27 34 53 168 459 83 42 179 155 313 26 21 57 209
    say 5,844 56.8 591 100 203 39 16 137 96 124 80 109 67 204 176 321 4 32 185 100 493 49 39 243 162 305 21 19 123 142
    bmf 6,767 57.2 582 2 51 124 7 271 127 53 320 54 188 373 242 325 18 39 229 39 504 129 14 178 183 337 23 20 140 154
    kpn 6,638 57.5 638 7 20 39 4 493 75 244 140 62 155 384 217 299 28 29 233 9 489 147 64 176 102 325 42 4 51 228
    aba 6,814 58.4 619 6 89 50 11 180 283 92 348 28 219 440 247 320 29 32 171 88 534 82 30 217 205 360 28 12 118 202
    dba 6,540 58.6 623 5 63 92 6 322 135 90 301 73 189 391 262 308 12 32 123 141 486 59 17 195 215 318 19 16 109 174
    synd 6,472 59.1 684 0 68 54 3 381 178 73 227 17 152 300 169 337 18 43 124 152 501 64 8 316 113 343 20 15 65 243
    pgd 6,745 59.6 571 1 36 47 10 391 86 133 224 86 157 357 243 343 10 38 209 86 519 95 17 234 173 348 31 29 65 223
    pac 6,549 60.0 581 5 93 82 20 227 154 47 250 41 171 297 212 312 37 47 160 68 534 112 27 173 222 369 74 22 69 204
    bla 6,780 60.5 585 1 63 32 3 257 229 35 282 8 225 317 233 340 17 29 236 58 507 21 7 337 142 360 10 17 144 189
    ret 6,795 61.3 604 0 30 65 5 301 203 44 331 31 205 375 236 329 10 26 224 69 505 80 7 111 307 337 10 16 125 186
    sus 6,560 61.9 603 3 79 34 7 335 145 59 338 34 204 397 238 317 10 17 219 71 477 29 29 309 110 325 10 12 165 138
    saci 6,666 62.3 668 2 87 46 4 194 335 63 301 16 199 364 215 356 17 23 167 149 494 44 4 108 338 346 12 21 101 212
    smk 6,805 62.7 572 1 23 77 4 230 237 34 325 21 230 359 251 343 3 12 264 64 490 50 13 145 282 330 8 13 143 166
    dvl 6,720 63.0 649 1 14 66 3 263 302 21 338 8 227 359 235 339 4 25 101 209 491 18 17 232 224 399 5 27 111 256
    ddr 6,859 63.4 630 3 15 21 3 495 93 46 264 36 196 310 232 346 14 35 136 161 512 25 16 290 181 399 26 18 84 271
    tai 6,576 63.8 667 7 46 82 18 349 165 9 301 23 203 310 226 323 10 16 100 197 591 59 14 355 163 232 6 3 26 197
    gau 7,015 64.3 675 1 92 17 5 304 256 12 312 38 215 324 253 342 18 9 228 87 579 16 17 374 172 390 5 15 225 145
    xcb 6,764 65.0 664 1 53 7 1 528 74 18 293 17 200 311 217 320 3 7 251 59 507 15 2 330 160 336 7 7 59 263
    rru 6,688 65.4 613 3 67 65 3 389 86 30 298 21 213 328 234 327 4 7 170 146 516 57 1 206 252 334 3 3 54 274
    dpt 6,845 66.2 651 0 22 7 8 542 72 73 226 54 166 299 220 350 8 28 122 192 497 11 24 364 98 344 23 7 57 257
    pae 6,664 66.6 663 0 23 4 6 510 120 29 336 1 226 365 227 295 4 9 238 44 519 28 32 228 231 310 10 1 16 283
    roa 6,576 67.4 605 0 27 8 0 332 238 5 290 0 205 295 205 319 0 7 202 110 548 27 4 209 308 351 7 3 128 213
    bmv 7,207 68.1 668 1 38 21 3 322 283 21 348 16 226 369 242 339 3 9 263 64 553 17 9 286 241 341 1 4 231 105
    tos 6,617 68.6 761 10 32 70 26 289 334 18 326 49 191 344 240 405 2 17 54 332 531 15 3 363 150 260 2 0 53 205
    vin 7,203 68.9 674 0 4 13 5 217 435 5 378 5 254 383 259 374 1 19 185 169 582 16 2 280 284 364 5 3 138 218
    age 6,707 69.4 663 0 11 2 0 345 305 3 459 1 231 462 232 328 3 7 152 166 531 4 1 334 192 326 2 1 153 170
    opr 6,646 70.0 688 0 27 21 1 347 292 18 306 10 226 324 236 355 2 8 130 215 540 10 7 284 239 286 1 1 73 211
    mts 6,481 70.3 614 0 10 11 2 268 323 15 282 0 230 297 230 311 1 6 145 159 511 8 3 192 308 376 3 2 164 207
    sma 6,581 70.7 601 0 5 11 0 376 209 1 311 1 231 312 232 328 1 3 221 103 526 14 7 166 339 385 7 5 150 223
    amd 6,465 71.3 601 0 11 7 1 394 188 3 249 1 212 252 213 332 2 0 266 64 536 7 2 176 351 365 8 1 147 209
    sho 6,553 72.0 589 0 5 11 0 386 187 0 295 4 223 295 227 329 0 1 221 107 510 7 1 171 331 388 7 3 102 276
    sgr 6,561 72.2 588 0 2 7 0 369 210 1 302 2 227 303 229 330 0 2 209 119 536 7 5 156 368 392 2 3 134 253
    cmi 6,446 72.7 624 0 5 1 1 236 381 0 244 0 212 244 212 322 1 6 169 146 507 0 2 186 319 370 4 2 179 185
    salb 6,571 73.3 602 0 2 4 0 355 241 0 288 1 228 288 229 323 0 5 205 113 520 3 2 127 388 391 1 2 77 311
    ksk 6,526 74.2 609 0 6 3 0 400 200 0 259 1 216 259 217 345 2 1 244 98 528 2 0 156 370 370 1 1 40 328
    ade 6,733 74.9 623 0 2 3 0 304 314 4 372 0 226 376 226 362 1 4 277 80 559 1 0 348 210 290 0 0 100 190
      aas %GC Leu tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc Lys Phe Pro cca cct ccg ccc Val gtt gta gtg gtc Thr act aca acg acc

     

    Tableau 1 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases      111 bactéries        2/3   

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

             Tableaux:  2            1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

      aas %GC Ser tct tca agt tcg tcc agc tat tac aat aac Tyr Asn Ala gca gct gcg gcc tgt tgc atg tgg Cys Met Trp Ile att ata atc
    zin 5,704 13.5 269 127 86 50 1 2 3 330 12 736 17 342 753 81 38 40 2 1 48 3 66 3 51 66 3 936 373 558 5
    crp 5,754 16.6 359 144 115 74 12 3 11 304 47 576 68 351 644 80 36 36 6 2 80 11 62 44 91 62 11 867 480 367 20
    hcr 6,162 22.5 344 123 154 39 7 12 9 267 20 491 27 287 518 248 143 88 10 7 22 1 91 1 23 91 1 717 520 136 61
    mcac 6,157 23.7 356 95 142 107 1 0 11 249 18 398 67 267 465 285 87 184 3 11 29 4 118 2 33 118 4 581 494 63 24
    ssdc 6,979 24.2 406 192 120 57 13 12 12 267 10 442 23 277 465 329 121 148 39 21 70 12 153 83 82 153 12 785 509 252 24
    sbw 6,126 25.1 355 160 88 59 11 11 26 227 20 319 65 247 384 296 134 152 6 4 56 8 135 67 64 135 8 629 392 203 34
    uur 5,709 25.5 321 48 158 89 12 5 9 229 29 373 48 258 421 290 107 143 24 16 30 9 118 4 39 118 9 568 475 39 54
    ple 6,355 26.2 365 102 132 91 13 10 17 243 36 315 80 279 395 276 145 106 15 10 96 8 131 79 104 131 8 709 276 398 35
    smf 6,594 26.3 362 118 143 76 7 2 16 260 19 326 41 279 367 316 159 140 3 14 43 4 159 54 47 159 4 574 194 372 8
    fnc 6,345 27.1 338 125 133 56 5 4 15 250 21 283 46 271 329 340 170 153 2 15 44 3 153 57 47 153 3 515 177 306 32
    bfl 6,691 27.4 409 179 101 80 18 19 12 268 26 404 38 294 442 330 128 164 29 9 67 10 163 72 77 163 10 671 412 214 45
    cbl 6,334 28.3 342 123 100 84 3 16 16 230 33 275 52 263 327 333 133 168 6 26 53 12 165 58 65 165 12 508 113 383 12
    rip 6,756 28.5 497 227 113 53 37 51 16 193 50 261 102 243 363 228 90 109 19 10 67 18 176 81 85 176 18 670 296 213 161
    rpr 6,715 29.0 416 123 117 90 22 18 46 211 36 313 64 247 377 391 156 184 28 23 55 21 141 63 76 141 21 604 332 206 66
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    dba 6,540 58.6 337 20 18 10 59 139 91 65 141 52 144 206 196 524 23 50 117 334 12 79 167 63 91 167 79 388 89 15 284
    synd 6,472 59.1 364 11 21 38 59 116 119 40 121 39 159 161 198 590 41 86 119 344 7 48 125 79 55 125 48 305 51 1 253
    pgd 6,745 59.6 279 19 14 8 104 88 46 94 92 48 165 186 213 626 67 71 225 263 22 41 212 75 63 212 41 358 66 2 290
    pac 6,549 60.0 332 40 18 15 108 112 39 42 132 50 136 174 186 587 42 171 94 280 21 43 171 99 64 171 43 305 103 3 199
    bla 6,780 60.5 339 5 17 12 123 118 64 71 159 62 178 230 240 571 68 27 173 303 5 44 186 83 49 186 44 335 61 4 270
    ret 6,795 61.3 330 12 7 3 162 100 46 88 104 54 159 192 213 664 45 57 181 381 5 46 190 76 51 190 46 395 46 2 347
    sus 6,560 61.9 287 7 4 12 115 60 89 53 148 53 144 201 197 552 26 29 318 179 6 78 169 78 84 169 78 402 98 2 302
    saci 6,666 62.3 321 5 5 11 129 51 120 45 147 23 163 192 186 566 24 36 169 337 7 54 148 81 61 148 54 367 30 0 337
    smk 6,805 62.7 333 9 6 4 176 95 43 72 108 41 171 180 212 664 54 46 261 303 2 49 201 76 51 201 49 402 31 7 364
    dvl 6,720 63.0 319 12 10 6 132 92 67 31 161 7 180 192 187 561 66 23 117 355 13 79 184 78 92 184 79 350 18 22 310
    ddr 6,859 63.4 340 9 17 23 51 74 166 27 200 21 181 227 202 621 51 53 167 350 9 34 168 82 43 168 34 311 54 0 257
    tai 6,576 63.8 384 11 4 9 54 210 96 19 152 6 146 171 152 460 8 19 154 279 15 78 160 90 93 160 78 336 12 182 142
    gau 7,015 64.3 320 14 17 22 152 63 52 50 123 43 156 173 199 699 45 30 314 310 8 42 127 87 50 127 42 358 49 0 309
    xcb 6,764 65.0 315 6 0 11 126 71 101 35 156 35 176 191 211 699 50 22 259 368 0 51 162 78 51 162 51 341 23 0 318
    rru 6,688 65.4 285 2 1 3 135 66 78 97 69 45 110 166 155 706 0 20 142 544 4 63 185 73 67 185 63 373 29 0 344
    dpt 6,845 66.2 346 8 5 13 88 79 153 29 189 17 161 218 178 670 32 57 167 414 3 38 166 91 41 166 38 293 108 0 185
    pae 6,664 66.6 297 1 4 3 87 100 102 30 161 14 213 191 227 637 17 38 226 356 1 63 165 73 64 165 63 352 21 0 331
    roa 6,576 67.4 329 5 1 8 151 104 60 9 184 4 191 193 195 615 34 34 262 285 3 35 142 93 38 142 35 316 16 2 298
    bmv 7,207 68.1 295 1 4 3 212 24 51 40 171 15 191 211 206 763 38 11 521 193 5 51 177 77 56 177 51 353 30 4 319
    tos 6,617 68.6 222 1 1 0 22 127 71 6 217 3 121 223 124 597 1 5 148 443 0 35 131 87 35 131 35 264 15 6 243
    vin 7,203 68.9 344 10 2 1 148 114 69 14 154 3 187 168 190 683 24 34 291 334 2 56 144 82 58 144 56 371 7 0 364
    age 6,707 69.4 313 7 0 6 94 110 96 4 187 7 181 191 188 583 5 12 242 324 1 55 134 69 56 134 55 348 10 0 338
    opr 6,646 70.0 230 1 1 1 86 40 101 3 219 3 148 222 151 624 7 8 191 418 0 36 134 96 36 134 36 289 7 2 280
    mts 6,481 70.3 319 3 3 3 171 64 75 5 173 3 172 178 175 662 26 22 262 352 0 27 126 87 27 126 27 308 0 0 308
    sma 6,581 70.7 314 3 2 1 122 143 43 10 170 4 183 180 187 648 11 15 292 330 3 37 150 98 40 150 37 286 3 0 283
    amd 6,465 71.3 289 3 3 2 155 86 40 5 185 1 181 190 182 668 13 13 337 305 3 33 127 91 36 127 33 272 3 0 269
    sho 6,553 72.0 296 0 1 0 98 152 45 2 183 1 183 185 184 662 8 14 246 394 3 39 152 97 42 152 39 302 2 0 300
    sgr 6,561 72.2 299 2 1 2 114 146 34 5 172 6 190 177 196 648 6 12 267 363 3 39 157 96 42 157 39 286 4 1 281
    cmi 6,446 72.7 332 0 0 0 115 111 106 0 147 2 152 147 154 634 12 13 312 297 0 25 130 92 25 130 25 306 0 1 305
    salb 6,571 73.3 301 1 0 1 116 144 39 0 180 2 186 180 188 644 10 9 219 406 4 38 150 97 42 150 38 290 2 0 288
    ksk 6,526 74.2 316 1 0 0 134 137 44 0 188 1 180 188 181 673 2 3 199 469 4 40 147 100 44 147 40 282 2 0 280
    ade 6,733 74.9 276 0 0 0 133 87 56 1 171 2 173 172 175 710 1 3 384 322 1 51 135 78 52 135 51 336 1 1 334
      aas %GC Ser tct tca agt tcg tcc agc tat tac aat aac Tyr Asn Ala gca gct gcg gcc tgt tgc atg tgg Cys Met Trp Ile att ata atc


     Tableau 1 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases    111 bactéries            3/3   

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

                Tableaux:  2           1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

      aas %GC Arg aga cga cgt agg cgc cgg cat cac caa cag His Gln Gly gga ggt ggc ggg gaa gag gat gac Glu Asp Stp taa tag tga Trp
    zin 5,704 13.5 112 108 0 4 0 0 0 51 2 82 3 53 85 189 69 111 2 7 171 0 127 2 171 129 6 6 0 0 52
    crp 5,754 16.6 113 101 4 7 1 0 0 56 16 88 3 72 91 192 123 60 4 5 186 6 156 12 192 168 6 4 0 2  
    hcr 6,162 22.5 202 134 22 38 1 5 2 78 6 209 11 84 220 288 161 103 9 15 389 28 351 9 417 360 7 5 2 0 67
    mcac 6,157 23.7 210 146 4 54 2 4 0 67 20 252 4 87 256 302 154 135 5 8 396 20 382 36 416 418 6 3 3 0 59
    ssdc 6,979 24.2 342 105 40 173 9 13 2 126 4 194 21 130 215 385 139 191 18 37 353 58 342 17 411 359 7 7 0 0  
    sbw 6,126 25.1 292 89 25 153 7 14 4 115 11 188 15 126 203 350 154 157 21 18 373 24 285 25 397 310 6 3 2 1  
    uur 5,709 25.5 197 30 26 122 3 14 2 92 22 213 14 114 227 287 91 142 25 29 345 37 331 39 382 370 6 4 2 0 48
    ple 6,355 26.2 311 156 23 70 31 12 19 84 25 160 19 109 179 377 129 178 41 29 296 53 242 42 349 284 6 3 2 1  
    smf 6,594 26.3 275 244 0 16 14 0 1 92 12 140 19 104 159 416 214 155 6 41 546 65 394 28 611 422 6 5 1 0  
    fnc 6,345 27.1 278 255 0 9 12 0 2 83 19 144 13 102 157 401 240 109 15 37 548 47 333 49 595 382 6 3 2 1  
    bfl 6,691 27.4 322 82 68 124 24 6 18 143 10 235 54 153 289 379 180 142 10 47 275 73 368 13 348 381 6 2 0 4  
    cbl 6,334 28.3 283 241 2 16 24 0 0 85 16 134 28 101 162 392 187 139 28 38 507 95 356 57 602 413 6 3 3 0  
    rip 6,756 28.5 421 250 77 44 38 4 8 115 26 180 47 141 227 364 263 76 7 18 396 87 316 58 483 374 6 1 2 3  
    rpr 6,715 29.0 298 119 22 94 32 24 7 116 19 172 66 135 238 387 101 214 42 30 348 134 335 48 482 383 6 5 0 1  
    pub 6,563 29.7 258 214 11 18 14 1 0 75 37 158 36 112 194 375 132 195 30 18 412 103 357 79 515 436 6 6 0 0  
    cad 6,259 29.9 306 268 2 17 18 0 1 72 24 109 33 96 142 413 238 134 14 27 477 136 305 116 613 421 6 4 1 1  
    cje 6,706 30.5 269 153 1 81 10 22 2 101 22 184 18 123 202 400 127 193 48 32 491 110 369 32 601 401 6 4 1 1  
    pmh 6,431 31.1 300 189 19 21 68 1 2 86 22 180 55 108 235 402 161 153 48 40 360 113 364 63 473 427 6 5 1 0  
    tme 6,265 31.4 274 179 8 12 72 3 0 67 43 120 25 110 145 377 155 160 14 48 465 108 292 57 573 349 6 4 1 1  
    sep 6,094 32.1 305 88 22 170 5 19 1 116 35 203 21 151 224 383 87 242 31 23 439 74 312 98 513 410 6 6 0 0  
    hhl 5,968 32.5 279 122 49 60 23 11 14 91 22 187 73 113 260 384 136 159 21 68 414 167 391 42 581 433 6 6 0 0  
    cff 6,826 33.3 302 164 13 71 26 25 3 82 35 134 43 117 177 413 146 156 83 28 310 221 388 84 531 472 6 3 2 1  
    ial 6,612 33.9 315 186 29 56 10 28 6 71 43 92 132 114 224 391 167 168 46 10 470 83 365 72 553 437 6 5 1 0  
    ljf 6,108 34.5 308 81 11 179 2 25 10 77 56 179 33 133 212 396 91 246 43 16 410 42 357 98 452 455 6 6 0 0  
    dte 6,744 34.9 343 265 5 30 40 3 0 52 54 86 79 106 165 454 238 164 35 17 563 126 259 104 689 363 6 4 0 2  
    lla 6,098 35.3 349 26 19 256 2 33 13 77 43 155 20 120 175 405 126 196 36 47 475 57 272 120 532 392 6 6 0 0  
    axl 6,089 35.7 324 69 71 120 2 47 15 82 48 212 56 130 268 395 98 214 55 28 358 153 312 95 511 407 6 4 2 0  
    thl 6,146 36.0 328 45 32 176 10 42 23 77 32 223 34 109 257 394 111 182 63 38 454 63 324 89 517 413 6 5 1 0  
    lat 6,822 36.3 385 65 37 182 19 56 26 118 32 189 81 150 270 397 157 134 37 69 343 104 378 50 447 428 6 6 0 0  
    bbd 6,699 36.8 317 197 25 41 27 15 12 79 49 143 98 128 241 431 133 207 59 32 422 141 335 87 563 422 6 5 0 1  
    liv 6,136 37.1 339 25 16 205 4 70 19 85 39 173 20 124 193 417 119 181 71 46 483 67 249 115 550 364 6 6 0 0  
    hmr 6,542 37.5 321 135 2 19 146 15 4 80 36 73 81 116 154 409 81 186 104 38 279 283 323 105 562 428 6 2 2 2  
    tde 6,640 37.9 310 64 45 52 56 76 17 58 53 81 106 111 187 447 151 121 136 39 442 148 220 174 590 394 6 3 3 0  
    spi 6,089 38.3 323 21 13 224 8 44 13 66 62 167 61 128 228 401 71 224 58 48 360 112 263 165 472 428 6 5 1 0  
    vpr 6,688 38.6 373 10 13 256 1 86 7 103 50 185 17 153 202 456 21 287 120 28 491 106 302 145 597 447 6 6 0 0  
    chp 6,625 39.1 357 89 37 144 22 49 16 106 50 139 74 156 213 437 165 155 47 70 380 160 317 82 540 399 6 3 2 1  
    spl 6,656 39.1 364 20 12 251 1 78 2 56 72 130 121 128 251 470 21 316 125 8 331 213 284 159 544 443 6 6 0 0  
    tsu 6,769 39.2 303 54 10 80 18 131 10 61 59 31 175 120 206 463 233 89 125 16 429 144 217 214 573 431 6 4 0 2  
    nis 6,688 39.7 306 101 96 36 25 23 25 83 53 118 90 136 208 422 119 152 80 71 329 299 305 91 628 396 6 1 3 2  
    cmn 6,612 40.3 341 56 76 119 20 35 35 93 54 133 103 147 236 437 188 89 45 115 353 190 303 86 543 389 6 4 1 1  
    nse 6,535 41.1 357 103 23 70 112 31 18 84 53 97 88 137 185 419 106 185 67 61 260 212 273 92 472 365 6 1 3 2  
    cta 6,612 41.3 349 68 76 114 15 50 26 82 56 125 116 138 241 439 186 92 50 111 344 205 292 90 549 382 6 3 1 2  
    hhd 6,207 41.8 347 48 25 174 20 56 24 66 61 109 153 127 262 417 139 158 65 55 411 152 266 137 563 403 6 5 0 1  
    gva 6,876 42.0 415 11 42 159 14 189 0 78 69 116 126 147 242 505 71 238 188 8 317 195 294 217 512 511 6 0 3 3  
    cbd 6,598 42.4 416 15 85 103 7 134 72 78 66 190 69 144 259 425 95 135 133 62 396 106 292 114 502 406 6 4 1 1  
    bae 6,116 43.2 330 64 23 121 9 89 24 76 57 105 122 133 227 430 129 119 134 48 404 137 237 144 541 381 6 3 3 0  
    aae 6,656 43.5 366 150 2 9 196 9 0 6 112 47 127 118 174 440 237 108 48 47 458 248 89 282 706 371 7 2 3 2  
    bsu 6,118 43.5 335 53 22 122 13 96 29 70 58 107 118 128 225 431 113 123 149 46 404 140 248 137 544 385 6 6 0 0  
    hth 6,294 44.0 379 178 3 13 175 7 3 52 73 60 127 125 187 424 135 137 105 47 261 332 164 194 593 358 6 3 1 2  
    lpl 6,158 44.5 325 1 25 115 2 42 140 80 59 205 79 139 284 409 40 206 82 81 371 39 277 185 410 462 6 4 1 1  
    pdi 6,975 45.1 339 23 6 206 3 82 19 60 64 106 98 124 204 460 104 243 97 16 178 391 273 188 569 461 6 4 1 1  
    ppoy 6,312 45.5 379 21 13 183 3 116 43 93 50 71 161 143 232 453 76 153 164 60 264 264 255 152 528 407 6 4 0 2  
    tma 6,437 46.2 372 213 19 13 105 16 6 27 87 25 132 114 157 400 190 130 56 24 453 183 198 165 636 363 6 0 1 5  
    sbn 6,619 46.3 383 13 7 242 2 113 6 66 64 164 87 130 251 479 14 273 175 17 382 145 246 180 527 426 6 6 0 0  
    fbt 7,135 46.5 401 18 3 164 30 154 32 45 101 33 241 146 274 483 55 203 196 29 308 287 292 169 595 461 6 6 0 0  
    tli 6,594 47.1 416 128 29 28 171 42 18 62 57 76 120 119 196 464 151 142 84 87 272 353 271 140 625 411 6 3 2 1  
    ype 6,655 47.6 400 4 11 251 5 101 28 65 61 109 162 126 271 510 21 257 176 56 326 181 282 156 507 438 6 4 1 1  
    amo 6,577 48.0 438 72 27 44 197 83 15 62 68 66 137 130 203 470 147 74 170 79 227 355 204 222 582 426 6 4 2 0  
    pgi 6,924 48.3 413 30 69 137 23 125 29 56 71 98 115 127 213 463 139 149 110 65 307 261 263 184 568 447 6 1 3 2  
    mah 6,590 48.7 394 54 50 89 35 116 50 114 38 165 98 152 263 470 60 165 182 63 340 167 280 171 507 451 6 3 1 2  
    ssm 6,489 49.0 387 25 49 107 46 71 89 74 53 29 189 127 218 458 113 156 99 90 256 317 264 150 573 414 6 3 1 2  
    eal 6,649 49.7 399 0 8 237 5 137 12 42 84 49 198 126 247 502 24 244 185 49 370 156 204 241 526 445 6 5 0 1  
    lfc 7,158 50.0 450 126 70 63 62 50 79 102 53 114 120 155 234 510 196 120 93 101 392 185 244 165 577 409 6 1 2 3  
    eco 6,641 50.8 399 0 4 252 4 128 11 34 92 48 200 126 248 504 21 250 191 42 373 154 199 240 527 439 6 5 0 1  
    sbz 6,631 51.3 401 3 6 234 7 139 12 53 70 45 210 123 255 509 25 206 217 61 336 188 227 213 524 440 6 5 0 1  
    bvs 6,984 51.7 380 9 17 141 1 171 41 15 111 77 138 126 215 473 61 206 161 45 200 362 130 311 562 441 6 3 0 3  
    sty 6,647 52.1 403 4 6 230 5 149 9 53 74 35 224 127 259 512 20 208 232 52 349 177 216 225 526 441 6 5 0 1  
    tpas 6,795 52.8 482 41 45 165 26 133 72 87 77 87 175 164 262 427 105 141 59 122 242 253 260 129 495 389 6 1 3 2  
    apt 6,709 53.0 486 5 10 212 8 192 59 84 52 37 202 136 239 525 17 198 214 96 412 93 295 129 505 424 6 3 0 3  
    caa 6,655 53.6 377 3 22 158 0 181 13 27 101 90 155 128 245 471 32 223 187 29 297 243 150 307 540 457 6 6 0 0  
    cgq 6,572 54.1 398 5 20 181 2 182 8 15 113 32 193 128 225 532 62 211 242 17 217 298 216 267 515 483 6 4 2 0  
    dal 6,708 54.5 362 18 6 38 60 169 71 47 85 51 186 132 237 473 50 22 349 52 363 202 99 337 565 436 6 5 1 0  
    eno 6,643 55.1 395 0 7 240 5 135 8 37 91 24 229 128 253 512 14 239 216 43 326 200 190 255 526 445 6 5 0 1  
    mcu 6,668 55.4 432 4 30 131 6 183 78 34 107 76 188 141 264 512 87 158 170 97 302 203 177 302 505 479 6 2 4 0  
    din 6,484 56.1 386 7 14 98 10 220 37 38 107 12 236 145 248 478 45 117 251 65 254 261 196 206 515 402 6 3 0 3  
    say 5,844 56.8 481 2 44 69 6 144 216 72 66 137 104 138 241 435 63 67 148 157 259 204 167 193 463 360 6 3 1 2  
    bmf 6,767 57.2 463 1 7 127 5 302 21 85 41 26 201 126 227 498 16 112 329 41 324 193 238 228 517 466 6 2 2 2  
    kpn 6,638 57.5 405 1 11 202 6 166 19 46 85 26 225 131 251 507 17 186 258 46 311 209 193 254 520 447 6 5 0 1  
    aba 6,814 58.4 423 5 10 84 3 292 29 39 116 37 203 155 240 482 65 70 320 27 302 235 149 289 537 438 6 4 2 0  
    dba 6,540 58.6 414 12 12 70 22 226 72 59 81 15 181 140 196 489 65 69 292 63 223 297 130 291 520 421 6 4 0 2  
    synd 6,472 59.1 429 3 17 100 8 202 99 22 105 39 243 127 282 491 44 132 260 55 179 287 182 278 466 460 6 1 0 5  
    pgd 6,745 59.6 430 2 5 139 1 222 61 59 82 26 208 141 234 519 11 148 303 57 249 274 207 292 523 499 6 3 0 3  
    pac 6,549 60.0 459 3 31 165 21 171 68 51 100 21 199 151 220 508 58 167 197 86 89 391 163 339 480 502 6 1 0 5  
    bla 6,780 60.5 426 2 25 137 12 224 26 75 86 34 205 161 239 533 39 120 337 37 136 360 151 393 496 544 6 0 1 5  
    ret 6,795 61.3 460 4 4 94 12 310 36 63 59 12 209 122 221 504 10 103 367 24 258 252 170 305 510 475 6 2 0 4  
    sus 6,560 61.9 446 5 14 44 10 275 98 37 98 25 198 135 223 503 64 38 305 96 232 294 163 237 526 400 6 3 1 2  
    saci 6,666 62.3 479 3 54 46 6 204 166 30 114 30 200 144 230 512 43 67 265 137 175 345 72 344 520 416 6 3 0 3  
    smk 6,805 62.7 473 2 12 80 18 289 72 58 73 15 210 131 225 522 29 88 364 41 201 296 140 347 497 487 6 5 0 1  
    dvl 6,720 63.0 476 2 14 91 17 316 36 34 109 13 193 143 206 496 35 93 313 55 275 224 67 392 499 459 6 1 4 1  
    ddr 6,859 63.4 495 1 7 79 14 328 66 21 115 5 248 136 253 546 41 94 338 73 235 312 54 399 547 453 6 5 0 1  
    tai 6,576 63.8 530 7 22 29 180 51 241 18 96 8 200 114 208 541 38 85 176 242 13 527 111 337 540 448 6 2 2 2  
    gau 7,015 64.3 541 0 15 165 3 274 84 31 101 16 203 132 219 536 44 144 278 70 292 244 190 285 536 475 6 2 0 4  
    xcb 6,764 65.0 493 1 1 109 1 354 27 36 105 13 246 141 259 527 6 93 398 30 229 234 110 362 463 472 6 1 0 5  
    rru 6,688 65.4 492 2 2 48 4 341 95 70 66 16 180 136 196 535 16 48 404 67 174 327 181 279 501 460 6 3 2 1  
    dpt 6,845 66.2 495 6 5 64 7 344 69 13 115 14 254 128 268 555 27 83 388 57 282 291 48 408 573 456 6 3 1 2  
    pae 6,664 66.6 426 0 3 110 5 263 45 23 116 20 229 139 249 519 10 118 365 26 193 311 76 360 504 436 6 3 0 3  
    roa 6,576 67.4 442 1 15 98 6 219 103 5 132 2 213 137 215 536 40 163 273 60 95 404 53 444 499 497 6 0 3 3  
    bmv 7,207 68.1 569 1 18 88 7 380 75 31 112 30 221 143 251 578 10 53 474 41 220 314 107 369 534 476 6 3 0 3  
    tos 6,617 68.6 552 1 2 6 55 254 234 8 119 8 180 127 188 503 5 11 225 262 55 635 14 313 690 327 6 2 3 1  
    vin 7,203 68.9 552 2 15 39 16 291 189 9 134 5 217 143 222 563 29 62 390 82 39 558 70 380 597 450 6 1 1 4  
    age 6,707 69.4 455 0 4 29 12 316 94 10 121 4 218 131 222 500 16 56 366 62 26 550 55 344 576 399 6 0 2 4  
    opr 6,646 70.0 549 2 6 25 4 407 105 2 131 4 193 133 197 506 7 19 376 104 86 546 12 400 632 412 6 1 2 3  
    mts 6,481 70.3 436 3 9 69 4 312 39 2 109 4 229 111 233 519 37 128 302 52 45 426 45 445 471 490 6 2 0 4  
    sma 6,581 70.7 443 1 5 85 3 273 76 0 132 3 220 132 223 519 19 117 356 27 31 501 8 431 532 439 6 2 1 3  
    amd 6,465 71.3 486 0 5 30 0 278 173 1 145 0 212 146 212 528 9 62 375 82 93 382 18 440 475 458 6 0 1 5  
    sho 6,553 72.0 457 0 5 67 5 276 104 0 137 3 212 137 215 518 7 91 394 26 19 510 4 435 529 439 6 3 1 2  
    sgr 6,561 72.2 452 1 5 64 7 266 109 2 134 1 213 136 214 514 14 81 365 54 28 484 9 439 512 448 6 0 2 4  
    cmi 6,446 72.7 520 1 4 20 8 399 88 2 121 1 225 123 226 515 20 34 385 76 4 483 10 466 487 476 6 1 1 4  
    salb 6,571 73.3 466 0 5 50 2 288 121 3 132 1 217 135 218 520 7 83 385 45 12 514 3 452 526 455 6 0 0 6  
    ksk 6,526 74.2 472 0 1 25 5 324 117 1 135 1 206 136 207 505 4 47 427 27 19 491 2 435 510 437 6 0 1 5  
    ade 6,733 74.9 524 1 0 4 3 377 139 0 139 0 198 139 198 532 4 6 433 89 3 552 13 396 555 409 6 0 2 4  
      aas %GC Arg aga cga cgt agg cgc cgg cat cac caa cag His Gln Gly gga ggt ggc ggg gaa gag gat gac Glu Asp Stp taa tag tga Trp

     

       2.    Tableau 2 : codon-usages     des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases  pour la comparaison avec des enzymes du métabolisme  central   du Tableau 3.

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

                Tableaux:  2             1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

    Les codons usages  en fonction du %GC dans 6 protéines :  EC 6.1.1.5      6.1.1.4      2.7.7.71      2.7.7.7A      2.7.7.61      2.7.7.62 

    Isoleucyl-tRNA synthetase: 6.1.1.5,

    Leucyl-tRNA synthetase :  6.1.1.4 ,

    DNA polymerase I :  2.7.7.71,

    DNA polymerase III subunit alpha : 2.7.7.7A,

    DNA-directed RNA polymerase subunit beta: 2.7.7.61,

    DNA-directed RNA polymerase subunit beta': 2.7.7.62.

    Chez 39 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

    ade amd apt bae bla bmv bsu cbd cbl cff cgq cje dvl eal eco eno kpn lat liv lla pac

    pae pgd pmh ppoy ret roa rru salb say sbz sep sgr sma smk sty synd xcb ype

    La séquence des bases de chaque protéine est celle présentée par KEGG au format 60 bases par ligne utilisé par mon programme Perl pour les décomptes.

    Tableau 2 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases    39 bactéries            1/3  

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

              Tableaux:  2            1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 


    aas %GC Leu tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc Lys Phe Pro cca cct ccg ccc Val gtt gta gtg gtc Thr act aca acg acc
    cbl 6,328 28.3 541 326 37 110 63 3 2 447 114 191 52 561 243 237 120 106 5 6 445 186 230 21 8 287 116 156 5 10
    cje 6,700 30.5 648 280 93 233 26 4 12 583 87 275 23 670 298 215 74 123 12 6 386 176 127 79 4 265 126 76 15 48
    pmh 6,425 31.1 640 270 97 156 77 15 25 409 108 187 45 517 232 258 103 110 19 26 435 241 123 35 36 303 132 109 17 45
    sep 6,088 32.1 550 330 50 92 56 9 13 358 74 149 81 432 230 245 122 101 17 5 415 188 148 55 24 337 129 144 47 17
    cff 6,820 33.3 626 200 68 243 75 21 19 503 112 246 34 615 280 231 72 104 47 8 416 198 160 34 24 298 137 93 40 28
    lla 6,092 35.3 582 138 191 191 17 11 34 352 39 171 79 391 250 263 152 93 11 7 418 248 73 53 44 332 146 140 30 16
    lat 6,816 36.3 605 188 130 167 49 28 43 336 140 211 61 476 272 284 78 145 26 35 464 204 122 74 64 303 105 115 46 37
    liv 6,130 37.1 559 198 73 167 85 16 20 366 45 143 88 411 231 256 148 58 42 8 442 180 151 67 44 365 108 155 56 46
    cbd 6,592 42.4 684 269 195 79 28 65 48 361 77 174 43 438 217 289 33 86 83 87 505 149 88 157 111 361 59 50 125 127
    bae 6,110 43.2 577 87 82 229 15 108 56 316 118 127 95 434 222 268 30 98 134 6 460 144 110 110 96 303 54 124 93 32
    bsu 6,112 43.5 580 81 70 227 28 128 46 309 119 125 98 428 223 267 48 89 121 9 459 163 99 95 102 308 56 136 97 19
    ppoy 6,306 45.5 593 26 120 88 23 261 75 183 200 107 103 383 210 285 47 69 155 14 492 120 147 138 87 335 33 84 139 79
    ype 6,649 47.6 651 77 175 44 27 296 32 267 111 115 110 378 225 295 108 75 87 25 486 201 86 119 80 336 88 31 67 150
    eal 6,643 49.7 641 17 55 47 11 447 64 294 108 86 125 402 211 303 43 38 207 15 493 177 107 142 67 339 83 18 62 176
    eco 6,635 50.8 636 21 43 52 6 455 59 294 105 82 129 399 211 300 54 31 203 12 496 170 116 137 73 333 67 13 54 199
    sbz 6,625 51.3 630 24 47 48 18 436 57 281 113 88 131 394 219 298 52 39 192 15 488 147 96 155 90 340 63 12 88 177
    sty 6,641 52.1 626 18 43 34 12 456 63 271 126 82 139 397 221 298 32 43 215 8 495 153 74 161 107 341 47 12 93 189
    apt 6,703 53.0 611 8 71 105 20 371 36 139 177 123 102 316 225 351 68 69 130 84 518 168 55 250 45 362 25 110 107 120
    cgq 6,566 54.1 595 6 109 98 12 251 119 32 280 45 163 312 208 306 148 95 45 18 511 172 20 174 145 365 66 15 41 243
    eno 6,637 55.1 634 9 29 35 4 491 66 266 129 63 156 395 219 297 74 53 159 11 480 153 82 164 81 342 43 15 72 212
    say 5,838 56.8 591 100 203 39 16 137 96 124 80 109 67 204 176 321 4 32 185 100 493 49 39 243 162 305 21 19 123 142
    kpn 6,632 57.5 638 7 20 39 4 493 75 244 140 62 155 384 217 299 28 29 233 9 489 147 64 176 102 325 42 4 51 228
    synd 6,466 59.1 684 0 68 54 3 381 178 73 227 17 152 300 169 337 18 43 124 152 501 64 8 316 113 343 20 15 65 243
    pgd 6,739 59.6 571 1 36 47 10 391 86 133 224 86 157 357 243 343 10 38 209 86 519 95 17 234 173 348 31 29 65 223
    pac 6,543 60.0 581 5 93 82 20 227 154 47 250 41 171 297 212 312 37 47 160 68 534 112 27 173 222 369 74 22 69 204
    bla 6,774 60.5 585 1 63 32 3 257 229 35 282 8 225 317 233 340 17 29 236 58 507 21 7 337 142 360 10 17 144 189
    ret 6,789 61.3 604 0 30 65 5 301 203 44 331 31 205 375 236 329 10 26 224 69 505 80 7 111 307 337 10 16 125 186
    smk 6,799 62.7 572 1 23 77 4 230 237 34 325 21 230 359 251 343 3 12 264 64 490 50 13 145 282 330 8 13 143 166
    dvl 6,714 63.0 649 1 14 66 3 263 302 21 338 8 227 359 235 339 4 25 101 209 491 18 17 232 224 399 5 27 111 256
    xcb 6,758 65.0 664 1 53 7 1 528 74 18 293 17 200 311 217 320 3 7 251 59 507 15 2 330 160 336 7 7 59 263
    rru 6,682 65.4 613 3 67 65 3 389 86 30 298 21 213 328 234 327 4 7 170 146 516 57 1 206 252 334 3 3 54 274
    pae 6,658 66.6 663 0 23 4 6 510 120 29 336 1 226 365 227 295 4 9 238 44 519 28 32 228 231 310 10 1 16 283
    roa 6,570 67.4 605 0 27 8 0 332 238 5 290 0 205 295 205 319 0 7 202 110 548 27 4 209 308 351 7 3 128 213
    bmv 7,201 68.1 668 1 38 21 3 322 283 21 348 16 226 369 242 339 3 9 263 64 553 17 9 286 241 341 1 4 231 105
    sma 6,575 70.7 601 0 5 11 0 376 209 1 311 1 231 312 232 328 1 3 221 103 526 14 7 166 339 385 7 5 150 223
    amd 6,459 71.3 601 0 11 7 1 394 188 3 249 1 212 252 213 332 2 0 266 64 536 7 2 176 351 365 8 1 147 209
    sgr 6,555 72.2 588 0 2 7 0 369 210 1 302 2 227 303 229 330 0 2 209 119 536 7 5 156 368 392 2 3 134 253
    salb 6,565 73.3 602 0 2 4 0 355 241 0 288 1 228 288 229 323 0 5 205 113 520 3 2 127 388 391 1 2 77 311
    ade 6,727 74.9 623 0 2 3 0 304 314 4 372 0 226 376 226 362 1 4 277 80 559 1 0 348 210 290 0 0 100 190
      aas %GC Leu tta ttg ctt cta ctg ctc aaa aag ttt ttc Lys Phe Pro cca cct ccg ccc Val gtt gta gtg gtc Thr act aca acg acc

     Tableau 2 : codon-usages    des DNA, RNA polymérases et des Aminoacyl-tRNA synthetases    39 bactéries           2/3   

             Tableaux:  1    1/3 : Leu    Lys    Phe    Pro    Val    Thr             2/3 : Ser    Tyr    Asn    Ala    Cys    Met    Trp    Ile             3/3 : Arg    His    Gln    Gly    Glu    Asp    Stp

                Tableaux:  2            1/3           2/3           3/3                                         Tableaux:  3            1/3           2/3            3/3 

      aas %GC Ser tct tca agt tcg tcc agc tat tac aat aac Tyr Asn Ala gca gct gcg gcc tgt tgc atg tgg Cys Met Trp Ile att ata atc
    cbl 6,328 28.3 342 123 100 84 3 16 16 230 33 275 52 263 327 333 133 168 6 26 53 12 165 58