Paris le 05.02.24

Comment la résonance peut s'effectuer dans une dimension? Par exemple une corde ou un brin d'ADN. La forme circulaire est la plus adaptée. Parce que dans un fil elle va se manifester sur un segment et plus le fil est long plus elle sera difficile.

Pour la dimension 2, une surface, c'est encore plus difficile, parce qu'on aura une tâche, un disque sans limite nette. Aussi la sphère est la plus adaptée, c'est le cas du liposome.

Si on continue, par analogie avec la une et la deux, la résonance se fera dans une boule pleine ou semi pleine comme une protéine pour la dimension 3.

Elle se fera dans un noyau atomique pour la dimension 4 avec les quarks. C'est pour ça que les quarks sont confinés et ne peuvent pas passer en dimension 3.

Elle se manifeste par la gravitation en dimension 5.

Elle se manifeste par la matière noire en dimension 6 ?

Et si la résonance de l'univers se faisait dans la dimension 7 avec son expansion ou énergie noire?

Paris le 25.11.23

Cette idée m'est venue quand je me suis mis à déchiffrer les équations de Maxwell sur l'électromagnétisme. L'opérateur rotationnel m'a rappelé l'homochiralité des acides amines dans mon article (ref.)  où leur rotation dans le sens d'une aiguille d'une montre rapproche les 2 feuillets du liposome. A l'époque je pensais que, de même, un objet qui tombe, pourrait  être assimilé à un couvercle qu'on ferme. Et je supposais alors que le graviton serait cette main qui le tournerait mais qu'on ne voit pas le mouvement de rotation. Et je pensais aussi que l'anti-graviton serait la rotation inverse et serait à la base de l'expansion de l'univers par réaction à la gravitation.

Le rotationnel est un vortex qui est dirigé vers le haut ou le bas. Or dans l'électromagnétisme toutes les particules ont un spin différent de  zéro sauf pour le photon. Et la résultante de ces spins dans le proton, par exemple, est encore non nulle. Et le spin est décrit physiquement comme une rotation de la particule sur elle-même. L' idée qui m'est venue avec l'hypothèse précédente sur le graviton c'est que l'ensemble des spins d'un petit cône issu du centre de l'objet produirait un vortex qui agirait sur les spins d'un autre objet et les 2 s'attireraient. D'où la conclusion que l'existence d'une particule graviton n'est pas nécessaire pour expliquer la gravitation. Reste à expliquer, dans cette hypothèse, l'expansion de l'univers. Il faut que j'approfondisse mes connaissances en mécanique quantique pour savoir s'il y a conservation  de l'état des spins à grande échelle, c'est à dire si la gravitation produit localement une orientation donnée des spins, est-ce qu'elle n'est pas compensée, dans un très grand volume autour d'elle, par une orientation dans le sens opposé dans ce volume. D'où l’expansion de l'univers.

22.3.23 Paris

   Le conscient est l'activité intellectuelle quand on est réveillé. C'est la réflexion rationnelle pour vivre dans un environnement donné avec un état de santé donné. L'inconscient enregistre , sans arrêt, les stimulations provoquées par notre environnement et nos organes et même par une unique cellule de notre corps. Dans notre cerveau il doit y avoir 2 circuits neuronaux différents pour chaque processus.

   Un dialogue s'établit entre les 2 quand on va dormir ou pendant la méditation. J'ai repéré durant ma vie 3 dialogues simples entre inconscient et conscient.

• Le plus récent que j'ai expérimenté cette nuit, et dont j'ai pris conscience, est le bâillement. Quand je suis éveillé en pleine nuit, dans l'obscurité, j'ai pris l'habitude de me découvrir pour ressentir le froid, puis au bout d'un moment je me recouvre pour sentir la chaleur et le confort. Et je me rendors facilement. Cette nuit je suis resté découvert plus longtemps et alors j'ai eu une crise de bâillement, comme quand on a sommeil, le soir, et qu'on doit dormir. Cette nuit, pour arrêter les bâillements, je me suis recouvert. Et les bâillements se sont arrêtés immédiatement. C'est comme si le recouvrement a dit (provoquer une stimulation de l'inconscient, de son réseau de neurones) au conscient d'arrêter son activité et donc de se relâcher et dormir (le circuit neuronal de la conscience est inhibé). 
• La respiration profonde pour se détendre. J'ai appris cette technique en psychothérapie  et dans les stages de théâtre. J'arrive à le faire, mais consciemment. C'est à dire que volontairement je respire profondément puis j'expire lentement. Effectivement cela me détend. Mais je me suis rendu compte qu'en forçant et en accélérant, pour faire mieux,  je m'étourdissais par un grand apport d'oxygène. Dans cet exercice je n'ai mis à contribution que la conscience, ce qui se comprend dans les situations de travail en groupe, l'inconscient n'ayant pas sa place.
•     L'enracinement psychologique par l'appui des pieds nus sur le sol. Je l'ai appris en psychothérapie. J'ai appliqué ce principe pour essayer de dormir, la nuit, quand je perds le sommeil. Dans ce cas je ne me lève pas pour le contact des pieds avec le sol. J'ai pris l'habitude de relever les doigts des pieds, consciemment, comme pour reproduire la réflexion rationnelle quand on est éveillé, ou comme disait le thérapeute qu'on a la tête dans le ciel, on rêve, on a l'esprit ailleurs, on n'est pas ancré au sol. Quand j'ai fait cette exercice, donc allongé et que j'ai forcé, pour me détendre, j'ai rabaissé volontairement les doigts de pieds, lentement pour m'enraciner. Et le miracle s'est produit, J'ai eu une inspiration profonde et longue involontairement, et ça m'a provoqué une détente dans tous le corps très agréable. Je ne ressens pas cette sensation agréable, dans les exercices thérapeutiques de respiration, je sens que les muscles se détendent mais il n'y a pas cette sensation d'endormissement. Parce que, je suppose, qu'il y a la lumière, qu'on n'est pas couvert et surtout qu'on est en activité consciente, parce qu'on applique la consigne du thérapeute. L'enracinement a stimulé le circuit neuronal de l'inconscient qui a répondu par une décharge des hormones de l’endormissement.
• Les exercices de provocation des rêves: Je les ai pratiqués pendant mes des études de biologie quand j'ai lu le livre de Carl Gustave Young, "mes rêves". La répétition de ces exercices m' ont permis de provoquer des rêves orientés pendant mon sommeil. L'exemple est celui de mémoriser la disposition des aiguilles d'une montre, à l'heure du réveil que je souhaite, avant de me coucher et de rêver cette configuration et l'inconscient ajoute des images qui me poussent à me réveiller. Et effectivement je suis réveillé à l'heure enregistrée avant le coucher, comme si j'avais programmer une horloge. L'inconscient et le conscient on dialoguer au moment de l'endormissement.

Modèles de diagrammes

pmq 400  pour agrandir

pmq 40  pour agrandir

Introduction

Cet article est issu du projet collaboratif de wikipédia, "Les clusters de gènes tRNA et rRNA chez les procaryotes", au chapitre des diagrammes 400.

Matériel et méthode

Modèles de calcul des intercalaires après suppression des commentaires  dans NCBI

*Modèle de calculs, avec mja dans la base NCB, des intercalaires entre CDS, c+ c- x+ x-, et entre autres gènes.
     repeat_region  378..2126
     gene           complement(2216..3343)
     CDS            complement(2216..3343)
     gene           complement(3340..4071)
     CDS            complement(3340..4071)
     gene           <4252..4566
     CDS            <4252..4566
     gene           4911..5381
     CDS            4911..5381
après mise en forme, j'obtiens
     repeat_region  378..2126   intercalaire ax+ = 2216 - 2126 - 1 = 89  pbs  intercalaire type autre-cds discontinu
comp CDS            2216..3343  intercalaire c-  = 3340 - 3343 - 1 = -4  pbs  intercalaire type cds-cds négatif continu
comp CDS            3340..4071  intercalaire x+  = 4252 - 4071 - 1 = 182 pbs  intercalaire type cds-cds positif discontinu
     CDS            4252..4566  intercalaire c+  = 4911 - 4566 - 1 = 346 pbs  intercalaire type cds-cds positif continu
     CDS            4911..5381
		
* Modèle de calcul avec eco présentant 2 pseudo gènes où la ligne "gene" n'est pas suivie de la ligne "CDS"
comp gene           238257..238736
comp CDS            238257..238736
comp gene           238746..239084		/pseudo
     gene           239190..239378		/pseudo
comp gene           239419..240189
comp CDS            239419..240189

Traitement d'un génome entier extrait de la base de données NCBI

Légende des diagrammes

Légende des diagrammes 400

• x+ et c+ pour intercalaires cds-cds positifs (I cds-cds) des discontinus et continus.
• flex: abscisse du point d’inflexion en effectif
• 1-400: effectif des intercalaires de 1 à 400 pbs de long.
• abscisse: I cds-cds, c'est le total des effectifs de 10 fréquences successives en commençant par 1 jusqu'à 10 pour l'abscisse 10, puis 11 jusqu'à 20 pour 20.
  
• ordonnée: taux en ‰ du total des intercalaires de l’abscisse par rapport au total du diagramme. Pour pmq c+ 1-400, le total du diagramme de 1 à 400 est de 4164. Le reste, c'est le total des CDS c+ du génome moins le total du diagramme. Pour les diagrammes 31-400, les taux en ordonnée sont ceux de 1-400.
  
• Courbes de tendance: polynome de d° 3 comparé à une droite.
  
• R2, coefficient de détermination de la courbe de tendance.

Légende des diagrammes 40

• eff pour effectif
• fre pour fréquence. Les abscisses sont les fréquences unitaires.
• diagr pour total des CDS du diagramme de la fréquence 1 à la fréquence 40. 
• R2, coefficient de détermination de la courbe de tendance.
• Courbes de tendance: polynome de d° 15.
  

Les diagrammes

abra 400      abra 40       ade 400        ade 40       afn 400        afn 40        ant 400        ant 40

ase 400        ase 40        blo 400        blo 40        bsu 400        bsu 40        cbei 400       cbei 40 

cbn 400       cbn 40        cvi 400         cvi 40         eco 400        eco 40       mba 400      mba 40    

mja 400        mja 40       myr 400       myr 40       pmg 400       pmg 40      pmq 400       pmq 40      

pub 400        pub 40       rru 400        rru 40         rtb 400        rtb 40          spl 400         spl 40      

scc 400        scc 40                            fc 40    

Les intercalaires cds-cds positifs continus

Les diagrammes de 1 à 400 pbs

Les diagrammes de 1 à 40 pbs

Les intercalaires cds-cds positifs discontinus

Les diagrammes de 1 à 400 pbs

Les diagrammes de 1 à 40 pbs

Les intercalaires privilégiés

Parmi les séquences de 1 à 40 pbs

parmi les séquences plus grandes que 40 pbs

Traitement par lot

Sauvegarder le NCBI sans ses commentaires

1. Afficher le NCBI et relever taille et date
2. Copier dans un txt puis dans un calc temporaire pour faciliter les sélections début ou fin.
3. Sélectionner la 1ère cellule puis select ctrl+Maj+fin et trier croissant. Le curseur est à la fin. Rechercher (ctrl+H) " tRNA " précédent.
4. Descendre le curseur d'une cellule puis select ctrl+Maj+fin et supprimer
5. Se posirionner au début ctrl+début et rechercher (ctrl+H) " CDS " suivant sans les cotes
6. Monter le curseur d'une cellule et puis le mettre loin à droite et effacer le début, ctrl+Maj+début.
7. Le curseur est au début rechercher CDS suivant puis sélectionner ctrl+Maj+fin et coller au début de la feuille en H9.
8. Le fichier est alors sauvegardé dans un txt en remplaçant la tabulation par le caractère de séparation § (ctrl+H, remplacer \t par §). Au moment de la récupération ne doit exister qu'un seul caractère de séparation, ici le §. J'ai sauvegarder plusieurs génomes dans un même lien de wikipédia comme suite:
   • rtb pub abra mja pmg blo scc afn
   • cbn ant myr rru mba
   • spl cvi bsu ade eco
   • pmq cbei ase

Formatage en 4 colonnes: complement gène adresse1 adresse2

1. Retour au tableur. Rechercher "join(", résoudre ses adresses en adresses uniques et sauvegarder le join sur la même ligne.
2. Sans sélection remplacer CDS gene rRNA tRNA en ajoutant (;)
3. Rechercher tRNA; suivant, vérifier s’il n’y a pas d’autres gènes entre "CDS;" et "gene;" et les suffixer avec ";", comme ncRNA misc regulatory...
4. Supprimer la ligne où le gène est ‘source’ puis tri croissant sur la colonne gène à partir de la ligne au-dessus de "source".
5. Sélectionner tout ctrl+Maj+fin, copier dans txt puis dans le calc temporaire: à ce moment j'ai 3 colonnes, une contenant le nom du gène, CDS tRNA ..., à côté la colonne des adresses et à côté la note de join sauvegardée au 1er alinéa. Sauvegarder la note join dans le commentaire de la cellule correspondante de la colonne des gènes. Supprimer la note.
6. Pour la discontinuité "complement-non complement", ajouter une colonne à gauche contenant comp pour les adresses avec "complement".
7. Enlever les blancs dans le fichier, ctrl+H et remplacer " " par rien.
8. Sélectionner la colonne contenant les adresses, ctrl+H et enlever les caractères ( <)> et les caractères alphabétiques avec l'expression régulière [:alph:].
9. Remplacer les 2 points des adresses .. en ; en copiant la colonne dans txt et ctrl H . Il ne doit y avoir qu'un seul caractère de séparation qui est le ;.
10. Puis copier le tout en 2 colonnes dans calc en écrasant la colonne des adresses modifiée.

Traitement des pseudo gènes

1. Sur la colonne à gauche de comp, numéroter en séquence gene puis CDS puis le reste: à la 1ère occurrence écrire 1 puis, à la 2ème, écrire la formule, cellule de la 1ère occurrence + 1. Couper la formule et select la plage, coller et couper coller format.
2. Trier d’abord sur la colonne 1 des numéros, puis trier sur 1ère et 2ème adresse. A ce moment gene et CDS sont dans ce sens pour la même adresse.
3. Dans certains cas la ligne gene n'est pas suivie par sa ligne CDS. A droite de la colonne 2ème adresse je crée une colonne de formule, "1ère adresse de la ligne suivante - (moins) celle de la ligne de la formule". Pour un couple "gene CDS" qui se suivent la différence est nulle. Pour un couple "CDS gene" ou "gene gene" qui se suivent la différence n'est pas nulle. Ensuite je fais la même chose sur la colonne suivante mais pour les 2ème adresses. Couper les 1ères cellules des 2 dernières colonnes puis select ctrl+H+fin à partir de ces cellules coupées, coller et couper coller format.
4. En triant sur les 2 dernières colonnes à droite, toutes les lignes "gene" avec 0 et 0 dans les 2 dernières colonnes sont à supprimer.
5. Supprimer les 2 colonnes des différences ainsi que la 1ère colonne de numérotation.

Calcul des intercalaires

1. Trier le reste sur 1ère et 2ème adresse. Calculer les intercalaires avec la formule, 1ère adresse de la ligne suivante moins 2ème adresse de la ligne moins 1. Couper la formule, sélecter ctrl+Maj+fin, coller puis couper et coller format.
2. Rechercher et colorer les CDS de la colonne des gènes, "ctrl+H CDS". Les gènes différents de CDS apparaissent en clair.

Marquage des intercalaires types

1. Marquage des discontinus: Soit G9 la cellule de la colonne comp, G, et de ligne 9, que je vais tester dans une cellule L9 dont la colonne est libre.

   + Initialiser la cellule L9 avec la fonction =SI(G9=G10,1,0). Couper la formule, sélecter ctrl+Maj+fin, coller puis couper et coller format.

   + Sélectionner la colonne résultat et supprimer les 1 avec ctrl+H, remplacer 1 par rien. La colonne des discontinus doit être en 1er et l'écraser par la colonne des * (autres gènes ci-dessous) en ignorant les cellules vides (choix dans ctrl+v).

2. Marquage des gènes autres que CDS:

   + On peut marquer les gènes différents de CDS dans la cellule M9 avec la fonction =SI en comparant le contenu de la cellule H9 à la cellule contenant, $CDS$: =SI(($CDS$=H9) et (H9=H10),0,2). Avec cette formule un CDS suivi d'un autre gène a pour résultat un 2 qui sera correspondra plus loin au deb (pour début du pavé clair).

   + Faire sur la colonne adjacente N9, la formule =SI(($CDS$=H9) et (H9=H8),0,3). Avec cette formule un CDS précédé d'un gène différent de CDS a pour résultat un 3 qui correspondra plus loin à fin (pour fin du pavé clair).

3. Cadrage des types "autres gènes" par une colonne deb-fin:

   + Dans la cellule F9 tester les cellules H9 et M9, =SI(($CDS$=H9) et (M9=2),7,0). Un résultat 7 correspond au résultat 2 de la colonne L.

   + Dans la cellule E9 tester les cellules M9 et N9, =SI((M9=0) et (N9=3),9,0). Un résultat 9 correspond au résultat 3 de la colonne N.

   + Supprimer les 0 des colonnes E et F, couper coller la colonne E sur F en ignorant les cellules vides et remplacer 7 par deb et 9 par fin.

4. Compléter la colonne des intercalaires types: Compléter la colonne L pour les types d'intercalaires x+ x- c+ c- et * pour discontinus positifs négatifs, continus positifs négatifs et autres intercalaires. Pour cela supprimer les 0 de la colonnes M et effacer la colonne N. Remplacer les 2 dans la colonne M par * et couper coller M sur L en ignorant les cellules vides.

Calcul de la fréquence des intercalaires

1. Le tri: En triant dans l'ordre croissant, la colonne de marquage puis la colonne des intercalaires, apparaissent les discontinus négatifs suivis des discontinus positifs. Je colorie, pour repérer les erreurs lors des contrôles, les x- en vert et les x+ en cyan. Pour les x- je remplace les 0 par des 1. Ainsi après les mêmes tris j'obtiens les 0 qui sont des x+ colorés en cyan, les x- colorés en vert, les * en clair, les c- que je colorie en jaune sans caractère sur la colonne de marquage et les c+ que je laisse en clair en clair, sans caractère sur la colonne de marquage.
2. Les fréquences: sur ces plages j'applique la fonction "fréquence" de calc pour créer les diagrammes 400 et les diagrammes 40.

Traitement des "autres gènes", deb-fin

1. Plusieurs "autres gènes" peuvent être en une séquence longue comme pour les tRNA. Ces pavés sont encadrés la colonne deb-fin.
2. Sur la totalité du génome, trier les colonnes F G H adresse1 adresse2 intercalaire type, en 1er sur la colonne deb-fin (F) et en 2ème la colonne CDS (H),
3. Copier les lignes avec deb et fin en supprimant les intercalaires (K) des lignes "fin", et les sauvegarder plus loin.  
4. Copier les lignes en clair qui se trouvent à la fin du génome et les coller sous les lignes du pavé deb-fin sauvegardé. Trier ce pavé sur adresse 1 puis 2.
5. Les tableaux deb-fin sont publiés dans les chapitres "autres intercalaires" de chaque génome. 

13.11.20 Paris

Cysteine synthesis was a key step in the origin of life: study. by University College London.

In an important step during the early evolution of life on Earth, the formation of the amino acid cysteine delivered vital catalysts, which enabled the earliest protein molecules to form in water, according to a new study by UCL researchers.

All proteins are built from the same 20 amino acids. One of these, cysteine, was assumed not to have been present at the origin of life. Despite its fundamental importance to all life today, it was unclear how cysteine might have formed on the early Earth.

In a new study, published in Science, UCL scientists have recreated how cysteine was formed at the origins of life. Additionally, they have observed how, once formed, cysteine catalyses the fusion of peptides in water—a fundamental step in the path towards protein enzymes.

The UCL researchers created cysteine using very simple chemistry and chemicals—hydrogen cyanide and hydrogen sulfide—that were likely to be abundant on the early Earth. The route that they have unravelled closely resembles how cysteine is synthesised in living organisms today, and the researchers believe they are historically linked.

The study also found that cysteine residues catalyse peptide synthesis in water by joining together short peptide fragments that the team had previously found in a study published in Nature last year.

Senior author Professor Matthew Powner (UCL Chemistry) said: "Our results show how cysteine may have formed on the early Earth and how it could have played a critical role in the evolution of protein synthesis.

"Once formed, cysteine catalysts behave as 'proto-enzymes' to produce peptides in water. This robust chemistry could have generated peptides long enough to fold into enzyme-like structures, which would be the precursors to the protein enzymes that are fundamental to all living organisms."

Co-lead author and Research Fellow Dr. Saidul Islam (UCL Chemistry) said: "We have shown that nitriles possess the in-built energy required to form peptide bonds in water. This is the simplest way of making peptides that works with all of the 20 amino acids, which makes it all the more incredible.

"It is precisely the sort of simple, yet special, chemistry that was essential to kick-start life several billion years ago. Our study provides further evidence that the molecules of life descended from nitrile chemistry on the early Earth."

Co-lead author Dr. Callum Foden, who completed the work while a Ph.D. student at UCL, said: "The peptide synthesis we discovered is simple, highly selective and uses molecules that were available on the early Earth.

"A single cysteine residue is enough to produce robust catalytic activity. It is remarkable that such small molecules can carry out such an important (bio)chemical reaction, selectively in water, at neutral pH, and in such high yields."

Discussing further implications of their study, Professor Powner said: "We have resolved a long-standing problem for the origin of life by providing a simple solution to catalytic peptide synthesis in water. Importantly, the catalysts are built only from biology's amino acids. Understanding how cysteine could have controlled the formation of Earth's earliest peptides has made the long path from chemistry to a living organism seem a little shorter, and a little less daunting.

"Our study suggests cysteine was first introduced into life's peptides by modification of serine (another of life's amino acids). This now raises important questions about the early evolution and coding of peptide synthesis. Cysteine is widely assumed not to have been present in life's first genetic code, and this fits neatly with our observations. Our results indicate that encoded serine could furnish cysteine peptides, leading to a key role for cysteine in evolution even before it was assigned to life's genetic code."

Prebiotic synthesis of cysteine peptides that catalyze peptide ligation in neutral water:      Science  13 Nov 2020: Vol. 370, Issue 6518, pp. 865-869, DOI: 10.1126/science.abd5680.

View ORCID ProfileCallum S. Foden*, View ORCID ProfileSaidul Islam*, View ORCID ProfileChristian Fernández-García, Leonardo Maugeri, View ORCID ProfileTom D. Sheppard, View ORCID ProfileMatthew W. Powner†

1. ↵†Corresponding author. Email: matthew.powner@ucl.ac.uk

1. ↵* These authors contributed equally to this work.

Hide authors and affiliations

Cysteine as peptide precursor and catalyst

Among amino acids, cysteine is highly reactive as a nucleophile, metal ligand, and participant in redox and radical reactions. These properties make cysteine attractive as a component of prebiotic chemistry, but traditional Strecker synthesis of α-aminonitriles, which can serve as peptide precursors, cannot produce free cysteine. Foden et al. found that a simple acylation of the free amine prevented degradation of cysteine nitrile and enabled synthesis of this cysteine precursor from acetyl dehydroalanine nitrile and a sulfide donor (see the Perspective by Muchowska and Moran). When combined with other proteinogenic α-aminonitriles, acetylcysteine or derivative thiols catalyzed efficient peptide ligation in water. These results highlight how prebiotic synthesis of precursors can also generate function by creating a catalyst for polymerization.

Science, this issue p. 865; see also p. 767
Abstract

Peptide biosynthesis is performed by ribosomes and several other classes of enzymes, but a simple chemical synthesis may have created the first peptides at the origins of life. α-Aminonitriles—prebiotic α–amino acid precursors—are generally produced by Strecker reactions. However, cysteine’s aminothiol is incompatible with nitriles. Consequently, cysteine nitrile is not stable, and cysteine has been proposed to be a product of evolution, not prebiotic chemistry. We now report a high-yielding, prebiotic synthesis of cysteine peptides. Our biomimetic pathway converts serine to cysteine by nitrile-activated dehydroalanine synthesis. We also demonstrate that N-acylcysteines catalyze peptide ligation, directly coupling kinetically stable—but energy-rich—α-amidonitriles to proteinogenic amines. This rare example of selective and efficient organocatalysis in water implicates cysteine as both catalyst and precursor in prebiotic peptide synthesis.