23.11.14 Paris

Cette idée est née en scannant les propriétés des protéines du ribosomes ( voir dossier transcription, Kegg-proteines-DNA-RNA.ods ). L'image est celle d'une pyramide que j'ai appelée "pyramide des éternels".

Pyramide des éternels:

Compétition entre molécules et macromolécules pour arriver au sommet. Les molécules sont considérées comme éternelles, parce que la mort n'a pas de sens au niveau des molécules les plus petites. Le sommet est atteint quand la base est consolidée, cohérente, par les premières interactions entre certaines molécules qui participent à la compétition. Le résultat c'est l'apparition du ribosome et des RNA de transfert avec un acide aminé au sommet de la pyramide du tRNA.

Le jongleur d'assiettes:

Cette idée ou plutôt image est la suite de la précédente. Elle rejoint l'idée développée à plusieurs reprises que les groupements d'acides aminés dans la structure du liposome naissant ( voir évolution de la membrane prébiotique ) sont reliés entre-eux par des liaisons hydrogène. Voir pour cela dans le concept global, le concept de compatibilité. Ces acides aminés n'adoptent pas une structure solide, figée comme dans un enzyme. Leur enchaînement peut changer et de temps en temps certaines réactions "enzymatiques" peuvent se réaliser. C'est ce que j'ai appelé dans concept global, un réseau métabolique en pointillés. 
Cette situation ressemble donc aux assiettes du jongleur qui tournent en même temps, constituant un structure temporaire tant que le jongleur remet de la vitesse pour chaque assiette. Ceci entraîne que la probabilité pour obtenir une combinaison fonctionnelle devient très élevée par rapport aux calculs qu'on fait quand on suppose que les acides aminés sont reliés rigidement entre-eux comme dans un enzyme. Cette idée de probabilité m'est venue en lisant les premiers chapitres de C. de Duve qui trouve des nombres de combinaisons astronomiques. Mais en même temps je me suis rappelé que j'avais émis l'idée que l'ADN aurait pu commencer à se constituer par regroupement des nucléosides-P dans des groupements d'acides aminés qui les favorisent et protège l'ADN naissant comme le font les histones chez le vivant ( rechercher dans les écrits précédents l'expérience du regroupement  des nucléosides sur surface de cuivre ). L'ADN qu'on connaît doit sa cohérence ( voir concept global ) à une force inédite, qui est l'aromaticité fruit d'un fleuve continu d'électrons mis côte à côte. Un début de cohérence auto-entretenue par cette force peut se manifester dans ces groupements de monomères ADN. La suite se trouve dans évolution par morceaux.

Hors-programme:

J'ai appelé cet article-ci ainsi parce que je regroupe ici tous les processus physiques des forces faibles et de certaines forces fortes (liaisons covalentes crées par des réactions spontanées et intramoléculaires) que le programme contenu dans l'ADN ne contrôle pas. C'est en scannant les protéines pour montrer que ce sont les motifs ( hélices, feuillets et aas sans liaisons hydrogène) qui déterminent la fonction et non leur séquence en aas, que j'ai trouvé que certaines protéines effectuent leur repliement spontanément mais que d'autres ont besoins le plus souvent de la membrane (ou des conditions particulières de certains compartiments) pour le faire. De même pour l'interaction entre macromolécules (structures multimères) ou bien des auto-catalyses ( système de signalisation à 2 composants). Nous voyons que même à un niveau de complexité très élevés des processus non contrôlés par l'ADN sont mis enjeu et ceci grâce au concept de compatibilité.

Le concept de compatibilité:

Ce concept est né de la réflexion sur les aas et de l'idée de l'anti-sélection (voir concept global). Voir l'idée, dans cette rubrique, de phylogénie inverse qui découle de l'anti-sélection. Pour que les aas aminés puissent agir ensemble en étant intégrés dans une chaînes, il faut qu'ils interagissent au minimum. D'où leur taille en longueur et les fonctions chimiques utilisées. Ce sont surtout les liaisons hydrogène qui se font dans le squelette qui donnent les motifs de la protéines et donc sa force et sa fonction. Il y a donc des aas compatible avec ce concept et d'autres non.
L'anti-sélection découle logiquement de ce concept quand on s'attaque aux interactions entre macromolécules. Tout blocage entraîne la non-vie. L'initialisation du vivant commence donc par les processus mettant en jeu les forces et les interactions entre molécules, les plus faibles possibles. La complexité se fait alors par compatibilité. Et au début il n'avait pas de programme, pas d'information, seulement des entités organisatrices, atomes, ions et molécules (voir concept organisation dans le concept global).