Top articles

• Les gènes des tRNAs

  23 septembre 2017

  23.9.17 Tanger Comparer l'information et la fonction de ces gènes à ceux des gènes protéiques. Alors que pour les gènes protéiques il est nécessaire de passer par une traduction de l'information en un outil qu'est la protéine, donc aux fonctions multiples,...

• Perl %GC gène

  06 juillet 2016

  06.07.16 Tanger # Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans le .txt) dont le nom est sous la forme nom-organisme concaténé au nom de la protéine,...

• articles à lire

  13 novembre 2020

  13.11.20 Paris Cysteine synthesis was a key step in the origin of life: study. by University College London. In an important step during the early evolution of life on Earth, the formation of the amino acid cysteine delivered vital catalysts, which enabled...

• La molécule cristalline

  13 février 2017

  Paris 13.02.17 La molécule cristalline ou plutôt l'état cristallin d'une molécule en comparaison avec son état vibratoire. L'état cristallin d'une molécule est son état vibratoire en dehors de ses interactions avec les molécules voisines et ne dépend...

• Protéines cytoplasmiques

  05 septembre 2013

  05.09.2013 Protéines cytoplasmique EC A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y 2723 pgk 48 3 29 26 15 32 4 22 31 40 6 13 14 6 13 21 20 37 1 6 387 2133 argF 38 4 19 24 14 26 10 10 23 36 15 12 9 15 11 13 23 20 4 8 334 121.12 gapA 35 3 25 15 11 30 6 20 27...

• Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle

  27 mars 2016

  27.3.16 Paris "voir introduction du même titre dans La croissance prébiotique le 5.2.16." Cet article va traiter du contenu en GC de l'ADN. Mais provisoirement je consigne ces idées émanées pendant les travaux de compilation sur le contenu en GC ( voir...

• Perl codons: m protéines n organismes

  27 février 2016

  27.02.16 Paris ## Perl pour compter les codons d'un ensemble de protéines pour plusieurs organismes.## Les noms des organismes (@noms) sont ceux de KEGG. Les protéines sont extraits de KEGG au format 60 caractères, mises chacune dans un fichier txt (sans...

• Perl répétition des bases: chromosome

  27 février 2016

  17.11.15 Paris Programme en perl pour compter les bases répétées #!/usr/local/bin/perl mekki 17.11.15 Comptage de séquences de bases répétées## Résultat: KEGG donne 4 641 652 paires de bases. Chercher dans organismes de KEGG eco (Escherichia Coli).##3...

• Perl répétitions des bases: aléas.

  27 février 2016

  27.02.16 Paris # Comptage, par aléa, des répétitions de bases pour un %GC donné.# 3 paramètres à changer ici sur la 1ère ligne et sauvegarder avant d'exécuter le programme dans un terminal.# exemple compter les répétitions pour un %GC de 17/46=36.9% et...

• Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle: tableaux

  24 février 2016

  24.02.16 Paris Tableaux faits avec le programme "Perl codons: m protéines n organismes" . 1. Tableau 1 : codon-usages des DNA, RNA polymérases et des A minoacyl-tRNA synthetases 111 bactéries Tableaux: 1 1/3 : Leu Lys Phe Pro Val Thr 2/3 : Ser Tyr Asn...

• Thermodynamique biotique

  20 mai 2015

  [ Attention! l'écriture de ce qui suit avant le 5.6.15 concerne le concept de continuité que j'ai créé en le donnant comme titre à cet article le 20.5.15. J'ai changé le titre de cet article ce 5.6.15 en Energie biotique pour des raisons que je détaille...

• Le concept du tout ou rien

  22 janvier 2016

  23.01.16 Paris Ce concept vient comblé un vide qui me tracassait pour le principe de continuité qui est à la base de ma réflexion sur l'évolution moléculaire, ou évolution prébiotique. Un principe est une règle posée à priori, c'est le choix entre la...

• Séquences ADN

  18 novembre 2015

  18.11.15 Paris Prépation pour les séquences de type ** xddz ** avec x et z différents de d (d pour double): exemple ATTG. Pour une base donnée il y a ainsi 10 séquences. Les séquences de ATTT où il y a triplement on passe à un autre type de répétition....

• Thermodynamique prébiotique II

  10 octobre 2015

  5.9.15 Paris Intro: Thermo/biotique .....autres ( voir Thermodynaique prébiotique Tanger 8.8.15 ) Objet: Liposome dans poche de pétrole −−> pores, périplasme, soupe prébiotique, tête hydrophile. ( voir évolution membrane paragraphe "Formation du liposome...

• Thermodynamique prébiotique

  19 juin 2015

  19.6.15 Paris 1. Aberration biochimique 2. Energie biotique 3. La thermodynamique en question 4. Energie prébiotique 5. La résonance dans l'ADN prébiotique 6. La première liaison covalente est une condensation déshydratante 7. Récupération de l'énergie...

• La reproduction

  01 mars 2015

  La reproduction est l'aboutissement de l'évolution prébiotique. La dernière étape de cette évolution est la contrainte de volume qui induit la synthèse des phospholipides qui accroissent la membrane qui finit par se scinder en 2 quand les tensions géométriques...

• L'évolution prébiotique

  01 mars 2015

  La transcription prébiotique permet une évolution moléculaire par un renouvellement répété de l'ARN soumis à l'interaction avec les protéines tout en conservant le modèle dans l'ADN. L'interaction ADN / protéine est semblable à celle de ARN / protéine....

• La croissance prébiotique

  01 mars 2015

  Croissance de l'ADN par duplication. 6.3.15 Paris − Création. La croissance de l'ADN tout au début (quelques bases) va se faire par association des bases par les groupements d'acides aminés non peptidisés avec l'aide ou non de la membrane. Nous avons...

• Action / Réaction : Compatibilité

  01 mars 2015

  Interactions entre éléments du vivant. 24.3.15 Paris Base de données NON-CANONICAL BASE PAIR DATABASE. Pour les RNA. L'interaction entre RNA et acides aminés a sélectionné les acides aminés codants parce qu'il peut créer un grand nombre de liaisons hydrogènes,...

• Liaison covalente biotique

  01 mars 2015

  Liaison covalente Biotique / Abiotique 3.3.15 Paris M. Coppey; Théorie stochastique des réactions limitées par le transport. Thèse 2004. Bibliothèque UPMC. Section Biologie-Chimie-Physique Recherche. Cote : T Paris 6 2004 64. Théorie usuelle de la cinétique...

• Contrainte

  01 mars 2015

  Contrainte / liberté Le début de ce concept commence dans continuité entre évolution moléculaire et évolution darwinienne et est à la base de l'évolution moléculaire avec la synthèse de la soupe prébiotique en contact avec le minéral. Il faut ajouté les...

• Organisation

  01 mars 2015

  Organisation / Structure Les 1ères réflexions sur le concept d'organisation a démarré par l'étude des milieux condensés avec l'article en préparation Nanotechnologie liquide de novembre 2012. Cette réflexion est précédée de la lecture des hautes pressions...

• Nucléotides prébiotiques

  28 janvier 2015

  28.01.15 Paris Cette réflexion est la suite logique des principes fondamentaux à l'origine de la vie ébauchés dans continuité entre évolution moléculaire et évolution darwinienne et en préparation dans "écriture du concept global", de l'article "évolution...

• Ecriture du concept global

  11 décembre 2014

  Tanger 5/12/14 L'apparition de l'ADN essai Contrainte / liberté Organisation Liaison covalente biotique Compatibilité Cohérence Croissance prébiotique Reproduction Le cheminement de ma réflexion Continuité de l'évolution moléculaire à l'évolution darwinienne...

• Hors-Programme

  23 novembre 2014

  23.11.14 Paris Cette idée est née en scannant les propriétés des protéines du ribosomes ( voir dossier transcription, Kegg-proteines-DNA-RNA.ods ). L'image est celle d'une pyramide que j'ai appelée "pyramide des éternels". Pyramide des éternels: Compétition...