Séquences ADN

Publié le 18 Novembre 2015

18.11.15 Paris

Prépation pour les séquences de type ** xddz ** avec x et z différents de d (d pour double): exemple ATTG. Pour une base donnée il y a ainsi 10 séquences. Les séquences
de ATTT où il y a triplement on passe à un autre type de répétition. Comptage: 4*4 pour une base donnée d qq soit x et z, 3*2 pour xddd et dddz, 1*1 pour dddd, 3*1 pour
xddx avec x # de d et 3*2 pour xddz avec x # de z et dans les 2 sens. Les 10 séquences non xddd (dans les 2 sens) donnent un ensemble de 40 séquences qui, en tenant
compte du fait que l'ADN est double brin et que 2 séquences appariées sont indistingables du point de vue force physique qu'on les lise sur un brin ou l'autre, se réduisent
à un ensemble de 20 séquences. Ce sont les groupements d'aas ou les protéines qui entourent l'ADN ou un groupement de bases empilées et appariées, qui sont sensibles à ce
type de séquences. Ces séquences de 4 bases avec une base double viennent juste après une séquence à 3 bases sans répétition. Le projet est de faire le comptage de ces
séquences en répétition comme je l'ai fait pour la répétition d'une base. Ces 20 séquences, xddz + dddd, interagissent avec les groupements d'aas et seraient donc à l'origine
de la détermination des 20 aas protéinogènes que l'on connait. Les 2 autres aas, seleno-Cys et pyro-Lys, auraient une origine au niveau de la modofication des tRNAs (Sel-Cys)
et au niveau du métabolisme (pyro-Lys).

TTTT

ATTA

CTTC

GTTG

ATTC

CTTA

ATTG

GTTA

CTTG

GTTC

AAAA

TAAT

CAAC

GAAG

TAAC

CAAT

TAAG

GAAT

CAAG

GAAC

CCCC

ACCA

TCCT

GCCG

ACCT

TCCA

ACCG

GCCA

TCCG

GCCT

GGGG

AGGA

CGGC

TGGT

AGGC

CGGA

AGGT

TGGA

CGGT

TGGC

Programme en perl pour compter les bases répétées

Perl répétition des bases: chromsome

#!/usr/local/bin/perl           mekki 17.11.15           Comptage de séquences de bases répétées
#
#   Résultat: KEGG donne 4 641 652 paires de bases. Chercher dans organismes de KEGG eco (Escherichia Coli).
#
#3   50279   50147   31599   31526   490653      −−−−>   Il y a 31 526 séquences de ggg.

n	t	a	c	g
1	572,076	575,694	684,256	684,448	2,516,474
2	155,479	155,226	185,070	183,945	1,359,440
3	50,279	50,147	31,599	31,526	490,653
4	15,523	15,380	6,067	6,027	171,988
5	5,929	5,810	1,086	1,056	69,405
6	1,929	1,891	153	154	24,762
7	475	472	31	25	7,021
8	97	109	7	3	1,728
9	11	7	1	0	171
10	0	0	0	1	10
					4,641,652

La séquence de base originale est celle de NCBI, eco par exemple, et je copie le fichier FASTA dans un document .txt. Chaque ligne contient 70 bases. Pour accéder à eco NCBI je passe par KEGG2 organism et clique sur la séquence du chromosome.

25.02.16 Paris

Tableau des répétitions au-delà de 4, d'une seule base dans l'ADN, de 111 bactéries en fonction du contenu en GC du génome %GC.

Les nombres sont ceux décomptés avec le programme précédent. Les valeurs aléatoires pour les mêmes %GC sont calculées à partir de 2 équation du second degré obtenues d'un graphe réalisé avec le programme "Perl répétitions des bases:aléas" contenant la fonction random de perl. Ces équation sont:

pour les répétitions A ou T : 0.05081848x² - 6.77976105x + 226.55530 colonne ata

pour les répétitions G ou C: 0.05109014x² - 3.41462253x + 57.4635150 colonne gca

Les 111 bactéries étudiées du tableau principal sont celles de "Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle: tableaux":

Ce sont 111 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

aae aba ade age amd amo apt axl bae bbd bfl bla bmf bmv bsu bvs caa cad cbd cbl cff cgq chp cje cmi cmn crp cta dal dba ddr din dpt

dte dvl eal eco eno fbt fnc gau gva hcr hhd hhl hmr hth ial kpn ksk lat lfc liv ljf lla lpl mah mcac mcu mts nis nse opr pac pae pdi pgd pgi

ple pmh ppoy pub ret rip roa rpr rru saci salb say sbn sbw sbz sep sgr sho sma smf smk spi spl ssdc ssm sty sus synd tai tde thl tli tma tme

tos tpas tsu uur vin vpr xcb ype zin.

Les 139 bactéries étudiées du tableau Complément ont été étudiées lors de la recherche de celles du tableau principal .

Les 139 bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

acp afw amr ams amt ana anb1 ank apv asd asf blo bpb bpn buc cac can cct ccx cdf cfv cgc cgl cjr cko cle clo cnt cpb cpy cru cth ctr ctu

cvi cyt-c dda dge dsl ebf ebt eca ecla ecs eha eic ent esa eta fna fra gba gdi gym hav hde hin ipa kin koy ksa lhk mar men mhd mmk

mmw mrb msv mxa oan1 oan2 pak pam pes pfq pge phm plu pma pmb pmg pmm pmr pmt ppk ppm psi pst ral raq req rer rha rho rob

ror rpa rty sall salu salv sap sbh sbo scb scl sco sct sdr sect sepp ser sfl sfo sgl smg sms sms-p smx spe spq ssx sti stm sur syc syn tel tra

tro tsc tth ttl tts wbr xac xbo ypg.

	*Principal*		Répétitions > 4									*Complément*		Répétitions > 4
	111											139
			*10000(A+T) / effectif**		aléas		Répétitions > 4 tirées des comptages							*10000(A+T) / effectif**		aléas		Répétitions > 4 tirées des comptages
			*10000(A+T) / effectif**		aléas		Répétitions > 4 tirées des comptages							*10000(A+T) / effectif**		aléas		Répétitions > 4 tirées des comptages

	Effectif	%GC	A+T	G+C	ata	gca	T	A	C	G		Effectif	%GC	A+T	G+C	ata	gca	T	A	C	G
zin	208,564	*13.54*	295.5	0.8	144.1	20.6	3113	3050	7	10	cru	162,589	*13.98*	330.8	0.4	141.7	19.7	2589	2790	4	2
crp	159,662	*16.56*	282.8	0.3	128.2	14.9	2208	2307	3	1	smg	245,530	*22.44*	184.0	3.6	100.0	6.6	2,229	2,288	42	47
hcr	657,101	*22.53*	195.1	1.7	99.6	6.5	6,427	6,393	56	54	wbr	697,724	*22.48*	208.6	0.9	99.8	6.5	7,321	7,233	29	35
mcac	1,017,293	*23.66*	164.0	0.6	94.6	5.3	8400	8285	29	36	sms	276,984	*22.60*	233.4	4.1	99.3	6.4	2,998	3,468	50	63
ssdc	459,399	*24.24*	172.6	3.0	92.1	4.7	3,920	4,009	63	77	Sms-P	190,657	*24.00*	174.1	3.4	93.1	4.9	1,603	1,717	31	34
sbw	708439	*25.07*	205.2	1.5	88.5	4.0	7,139	7,400	42	62	buc	640,681	*26.31*	185.4	1.4	83.3	3.0	5,646	6,234	43	44
uur	751,719	*25.50*	147.2	1.1	86.7	3.6	5422	5640	38	46	asf	1,620,005	*28.26*	95.0	2.5	75.5	1.8	7,804	7,580	190	208
ple	358,242	*26.17*	143.9	2.1	83.9	3.1	2,182	2,972	29	48	rty	1,111,496	*28.92*	99.3	0.8	73.0	1.4	5,549	5,487	49	42
smf	1,662,578	*26.31*	119.0	1.6	83.3	3.0	10,208	9,579	113	145	cdf	4,290,252	*29.06*	100.8	2.1	72.4	1.4	21,357	21,908	444	473
fnc	2,268,272	*27.12*	144.6	1.7	80.0	2.4	15,901	16,899	188	205	bpn	791,654	*29.56*	105.3	2.3	70.5	1.2	3,809	4,525	95	84
bfl	705,557	*27.38*	102.3	1.9	79.0	2.3	3,463	3,756	64	70	cjr	1,777,831	*30.31*	162.1	2.0	67.8	0.9	14,346	14,473	178	186
cbl	3,992,906	*28.31*	111.7	3.0	75.3	1.7	23,180	21,401	585	614	pmm	1,657,990	*30.80*	116.2	3.3	66.0	0.8	9,706	9,560	296	249
rip	574,390	*28.48*	169.9	1.4	74.7	1.7	5,149	4,608	48	34	cac	3,940,880	*30.93*	95.7	2.5	65.5	0.7	18,639	19,088	493	489
rpr	1,111,523	*29.00*	100.5	1.0	72.7	1.4	5,688	5,488	60	46	pmb	1,669,886	*31.32*	120.5	3.2	64.1	0.6	10,046	10,071	267	266
pub	1,308,759	*29.68*	138.2	1.8	70.1	1.1	8,928	9,156	117	122	pmg	1,641,879	*31.34*	121.2	3.1	64.0	0.6	9,967	9,929	258	243
cad	3,105,335	*29.93*	87.9	2.4	69.1	1.0	13,589	13,710	351	382	sepp	2,490,012	*32.12*	75.4	1.8	61.2	0.5	9,663	9,111	259	184
cje	1,641,481	*30.55*	160.2	2.1	66.9	0.8	13,069	13,222	167	184	ser	2,616,530	*32.15*	75.4	1.8	61.1	0.5	10,386	9,341	282	193
pmh	1,738,790	*31.15*	121.3	3.1	64.7	0.7	10,643	10,443	273	266	cfv	1,866,009	*33.26*	123.4	1.2	57.3	0.4	11,400	11,624	105	124
tme	1,915,238	*31.40*	136.0	4.8	63.8	0.6	13,238	12,800	490	431	cle	4,714,237	*34.32*	70.5	3.9	53.7	0.5	16,562	16,676	851	985
sep	2,499,279	*32.10*	76.4	1.8	61.3	0.5	10,030	9,072	256	186	can	4,114,099	*34.96*	93.4	12.1	51.7	0.5	19,398	19,033	2,471	2,506
hhl	2,649,255	*32.46*	65.1	4.9	60.0	0.5	8,690	8,550	652	641	cpy	4,847,594	*35.35*	64.8	2.6	50.4	0.6	15,556	15,864	588	688
cff	1,773,615	*33.31*	122.0	1.2	57.1	0.4	10,348	11,285	93	114	pma	1,751,080	*36.44*	66.5	3.6	47.0	0.9	5,813	5,830	332	306
ial	3,658,997	*33.93*	86.9	0.9	55.0	0.4	16,086	15,710	152	182	amt	4,929,566	*36.82*	70.6	7.1	45.8	1.0	17,431	17,352	1,679	1,814
ljf	1,755,993	*34.49*	83.1	1.5	53.2	0.5	7,197	7,391	139	123	cyt-c	4,934,271	*37.88*	71.2	12.4	42.7	1.4	17,294	17,824	3,060	3,064
dte	1,541,968	*34.95*	100.4	2.8	51.7	0.5	7,576	7,913	224	214	anb1	4,329,264	*38.10*	64.1	8.1	42.0	1.5	13,593	14,177	1,732	1,792
lla	2,365,589	*35.33*	102.0	2.6	50.5	0.6	11,874	12,259	306	308	hin	1,830,023	*38.15*	81.3	3.4	41.9	1.6	7,361	7,518	302	318
axl	2,569,486	*35.72*	65.0	2.4	49.2	0.7	8,179	8,531	284	328	pmr	4,063,606	*38.90*	68.3	6.1	39.7	1.9	13,897	13,869	1,322	1,165
thl	2,562,720	*36.04*	102.3	3.0	48.2	0.8	13,045	13,182	374	404	cth	3,843,301	*38.99*	81.6	4.4	39.5	2.0	15,772	15,584	837	861
lat	1,190,853	*36.32*	90.0	5.0	47.3	0.8	5,612	5,102	299	296	bpb	3,554,795	*40.21*	47.3	2.4	36.1	2.8	8,408	8,422	423	419
bbd	4,196,595	*36.81*	86.7	3.1	45.8	1.0	17,917	18,452	633	676	hde	2,110,231	*40.33*	105.0	9.6	35.8	2.8	11,145	11,018	1,080	944
liv	2,928,879	*37.13*	90.4	2.7	44.9	1.1	13,330	13,151	393	397	psi	4,402,109	*41.27*	60.8	7.2	33.3	3.6	13,429	13,318	1,594	1,580
hmr	1,694,430	*37.47*	93.0	5.3	43.9	1.2	7,900	7,853	437	467	salv	2,527,978	*41.27*	59.0	2.4	33.3	3.6	7,468	7,447	308	305
tde	2,843,201	*37.87*	126.9	4.0	42.7	1.4	18,098	17,974	618	525	ctr	1,042,519	*41.31*	65.8	5.9	33.2	3.6	3,442	3,413	292	326
spi	1,937,111	*38.32*	80.2	2.9	41.4	1.6	7,601	7,936	274	296	ana	6,413,771	*41.35*	50.6	8.2	33.1	3.6	16,139	16,308	2,701	2,590
vpr	2,132,142	*38.63*	44.5	3.4	40.5	1.8	4,705	4,780	338	382	mar	5,842,795	*42.33*	70.7	19.6	30.6	4.5	20,469	20,818	5,798	5,646
chp	1,171,660	*39.06*	68.9	5.5	39.3	2.0	4,007	4,060	293	346	dsl	3,781,008	*42.44*	55.7	21.1	30.4	4.6	10,365	10,678	4,065	3,920
spl	1,796,846	*39.09*	63.3	3.0	39.2	2.1	5,598	5,780	245	286	rob	3,692,226	*42.49*	63.4	2.7	30.2	4.6	9,596	13,803	315	698
tsu	2,731,853	*39.16*	123.5	1.4	39.0	2.1	16,370	17,375	212	175	mmw	5,100,344	*42.59*	56.3	3.6	30.0	4.7	14,485	14,219	964	871
nis	1,877,931	*39.69*	115.1	3.7	37.5	2.4	10,895	10,719	356	345	plu	5,688,987	*42.83*	51.0	6.9	29.4	4.9	14,782	14,258	2,086	1,822
cmn	1,072,952	*40.34*	74.9	8.8	35.8	2.9	4,018	4,016	463	482	cct	3,463,414	*43.16*	49.0	3.3	28.6	5.3	7,812	9,146	287	866
nse	859,006	*41.08*	65.3	4.3	33.8	3.4	2,891	2,722	187	182	sect	1,441,139	*43.29*	61.1	7.1	28.3	5.4	4,364	4,442	544	486
cta	1,044,459	*41.30*	65.5	6.0	33.2	3.6	3,432	3,408	298	331	men	538,294	*43.52*	41.4	3.5	27.8	5.6	989	1,238	89	97
hhd	4,150,632	*41.82*	55.7	6.8	31.9	4.0	11,508	11,601	1,386	1,420	ral	3,685,408	*44.21*	43.3	4.1	26.2	6.4	7,769	8,180	731	764
gva	1,617,544	*42.02*	45.9	1.8	31.4	4.2	3,613	3,819	141	146	clo	1,809,717	*44.21*	61.0	5.3	26.1	6.4	5,627	5,410	480	474
cbd	2,158,758	*42.44*	84.1	9.0	30.4	4.6	9,261	8,893	986	960	xbo	4,225,498	*44.97*	51.5	7.4	24.4	7.2	10,957	10,804	1,723	1,421
bae	4,168,266	*43.22*	74.0	5.0	28.5	5.3	15,434	15,431	1,084	1,015	ppm	5,728,392	*45.24*	43.6	6.8	23.9	7.5	12,541	12,421	1,969	1,901
aae	1,551,335	*43.48*	62.5	7.9	27.9	5.6	4,828	4,872	591	641	pfq	4,094,629	*45.38*	41.7	5.8	23.6	7.7	8,570	8,509	1,116	1,251
bsu	4,215,606	*43.51*	72.6	4.9	27.8	5.6	15,410	15,183	1,066	1,000	apv	1,543,805	*45.69*	33.3	1.9	22.9	8.1	2,613	2,522	160	134
hth	1,743,135	*44.00*	57.1	8.7	26.6	6.1	5,049	4,910	755	757	amr	6,503,724	*47.25*	32.3	15.6	19.7	10.2	10,416	10,587	5,035	5,129
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