• Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    21.8.19 Paris

    Un délire d'ADN ou la création des gènes.

    A partir des annotations de NCBI chez les bactéries, j'ai recensé les opérons puis les clusters 16s-aas-CDS-23s-5s-aas. Avec les opérons d'E.Coli associant gène de tRNA et protéines et les caractéristiques de ces clusters, l'idée m'est apparue qu'il est possible que, étant donné l’appariement entre les régions des rRNAs lors des réplications ou des réparations, des contraintes apparaissent poussant ces fonctions à les traduire en gènes de tRNA, le plus souvent, mais aussi en CDS.

     Cet article, le labyrinthe, décrit les étapes dans ma recherche des PEEMOVs qui m'ont poussé à étudier les gènes de tRNAs, alors que jusque là je pensais qu'aux PEEMOVs, les monomères d'ARN et d'ADN ainsi que les aas libres agissaient faiblement comme les macro-molécules actuelles du fait de l'organisation globale et de la force du grand nombre.

    Les points à développer:

    • Article sur la résonance, répétition des bases ADNs chez les procaryotes
    • Corrélations entre les codons des protéines en fonction du %GC: recherche de cette résonance, article.
    • Étude en même temps des tRNAs des 111 génomes en fonction du %GC
    • Problème de l'efficacité des codons multiples et origine du code génétique (ref.)
    • Corrélation entre les gènes de tRNA dans les 3 domaines: recherche pour infirmer l'efficacité des codons multiples
    • Prise de conscience que les gènes de tRNAs peuvent être différents et études des duplications dans genèse et duplication des gènes de tRNAs à partir de leur liste de la base gtRNAdb.
      • Découverte que les bactéries ont des doublons alors que les eucaryotes en ont très peu, que les champignons diffèrent des autres eucaryotes par le nombre d'introns. Ainsi certains autres eucaryotes peuvent avoir des milliers de tRNAs du même codon et cela est du à une production de tRNAs différents peut être initialisée par un intron. Les champignons n'ont pas ces excès.
      • Étude des introns dans les 3 domaines: le codon ata apparaît grâce aux introns chez les eucaryotes alors que chez les archées un des 3 codons Met a un intron. J'attribuais ce codon à ata (Ile2). Après vérification récente l'intron est sur Met et non sur ile2  ou fMET.
    • L'article sur les grands opérons des bactéries dont un contient 21 gènes de tRNAs différents: tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In C, the B. subtilis rrnB/trnB operon is shown as an example of an rRNA operon encoding several tRNAs." 
    • C'est à partir de ce moment que je me suis rendu compte que mon concept précédent de genèse de gène de tRNA correspondait à la théorie darwinienne: un gène, de tRNA ou protéique, n'est pas créé mais peut être dupliqué, muté ou supprimé. Avec ce concept les duplications de gènes de tRNA ne peuvent provenir que d'un gène existant, d'où ma recherche des tRNAs uniques. Ils pourraient être acquis par un transfert horizontal.
    • Les grands opérons de l'article m'ont ouvert les yeux et m'ont convaincu, en étendant leur recherche, que ces gènes de tRNAs peuvent être créés en grand nombre. Cependant dans la même figure de l'article il y avait les opérons de E.Coli, le génome de référence, et je l'ai comparé à celui de B. subtilis qui a un opéron à 21 tRNAs. Oh surprise! E.coli a des opérons sans rRNA contenant beaucoup de doublons (par comparaison des séquences), alors que B. subtilis n'en a aucun, tous les codons de ses grands opérons (avec rRNA ou non ) sont différents. Ainsi les concepts, darwinien ou créationniste coexistent.
    • C'est à partir de là que l'article "un délire d'ADN: Le cheminement" commence.
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