• Un délire d'ADN: Le cheminement

    21.9.18 Paris

    Voir Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    24.8.19 Paris

    I. L'article sur les grands opérons des bactéries dont un contient 21 gènes de tRNAs différents: tRNA gene structures in bacteria (B.M. Fredrik Pettersson, Uppsala 2009). Page 16, "In C, the B. subtilis rrnB/trnB operon is shown as an example of an rRNA operon encoding several tRNAs." 

    Les points à développer:

    • Duplications chez les bactéries par les opérons d'ARNs bsu-lmo: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (code KEGG bsu), Listeria monocytogenes EGD-e (code KEGG lmo)
    • Comparaison avec 2 génomes proches avec des opérons plus courts. Duplications chez les bactéries par les opérons d'ARNs sans rRNAs: Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (code KEGG eco) et Escherichia albertii KF1 (code KEGG eal).
      • Beaucoup de doublons sans rRNA
      • Les intercalaires sont plus courts et varient moins qu'avec bsu et lmo. Est-ce du au %GC, c'est ce qui m'a amené à étudier les 16 génomes en fonction du %GC.
      • La comparaison entre les opérons sans rRNAs des 2 génomes, comme je l'ai fait entre ceux de bsu et lmo, montre qu'à un opéron à 4 aas est accolé un aa modifié ce qui le rend semblable à l'opéron à 5 aas. Cette étude m'a fait rappelé le 2ème cas de l'article concernant les opérons mélangeant tRNA et protéines: Page 16, "In B, the E. coli tufB operon is shown as an example of an operon with both tRNA and protein coding genes." C'est ce qui m'a poussé à recherché les vrais opérons chez E.Coli et non seulement les groupement.

    25.8.19 Paris

    Article sur la conversion génétique et l'évolution concertée: Multiple Ribosomal RNA Operons in Bacteria; Their Concerted Evolution and Potential Consequences on the Rate of Evolution of Their 16S rRNA. Espejo RT, Plaza N. Front Microbiol. 2018 Jun 8;9:1232. doi: 10.3389/fmicb.2018.01232. eCollection 2018.

    • Il ne traite que de l'évolution des 16s, ni des 23s et 5s et les tRNAs qui les accompagnent.
    • Mon propos ce sont les tRNAs et la variabilité de leurs intercalaires.
    • Cependant il parle des tRNAs qui se trouvent entre 16s et 23s.
    • Il montre qu'il y a 10 régions de 25 pb chacune dans 16s qui varient (comme les intercalaires entre les tRNAs?)
    • Approfondir les mécanismes de la conversion génique.

    II. Les opérons en fonction du %GC, les 16 génomes

    • Il n'y a pas de corrélation avec le %GC.
    • Les types d'opérons à rRNAs: blocs 16s23s5s  16s-atcgca-235  16s-gaa-235 et autres.
    • Génomes à doublons et sans doublons
    • Découverte d'opéron à CDS: 16s-atcgca-CDS-235 comme les opérons d'E.Coli contenant tRNAs et protéines

    III. Les opérons d'E.Coli contenant tRNAs et protéines: recherche exhaustive.

    IV. Extension des décomptes de génomes avec le CDS avant et le CDS après l'opéron: apparition de génomes très désordonnés.

    V. Recherche des types d'opérons à rRNAs uniquement, par clade et avec rupture sur le tri des noms des génomes.

     

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