• Un délire d'ADN: la création de gènes

    21.8.19 Paris

    Voir Un délire d'ADN: Le labyrinthe

    16.9.19 Paris

    Je vais lister les idées qui ont émergées depuis l'étude des tRNAs. Cela ne sera pas dans l'ordre ni définitif, mais c'est pour fixer ces idées tout en continuant par ailleurs à rentrer dans les détails, ce qui me prend beaucoup de temps.

    1. Création des gènes: dans le bloc rRNA quand les 16s et les 23s sont remaniés et à la suite des tRNAs comme je l'avais suggéré dans le journal intime des réflexions.
    2. Reconstruction du génome: les gros gènes protéiques existant dans les blocs demanderaient plus de temps pour leur recréation ou leur remaniement pour la reconstruction du génome.
    3. Origine de la création des opérons: l'opéron, lactose par exemple, aurait ses gènes créés à la queue leu-leu à partir d'un opéron à rRNAs.
    4. Origine des promoteurs: les promoteurs des opérons à rRNA restent collés aux gènes créés après la disparition des blocs rRNAs.
    5. Distinction entre les gènes créés entre les rRNAs du bloc et les gènes créés à partir, ou à la suite, des tRNAs du bloc.
    6. Le rRNA 5s servirait de modèle de création des nouveaux tRNAs qui se placent à la suite des 16s23s5s.
    7. Les tRNAs créés dans les blocs seraient comme une ébauche grossière d'un gène de protéine, qui verra la longueur d'onde de ses composants (les gènes de tRNAs), divisée en longueurs d'ondes plus petites, réduites à 3 paires de base représentant les codons.
    8. Comment est créé le codon stop: Soit par le système de réparation même, soit que un tRNA de codon stop soit créé à la suite des tRNAs et subirait la même transformation en codons, pour laisser le codon stop.
    9. Comparaison avec CRISPR
    10. Ce sont les contraintes du systèmes modulées par les contraintes du milieu qui provoquent la duplication des blocs 16s23s5s, qui à leur tours se détachent et se fixent ailleurs pour créer des tRNAs puis des gènes protéiques par la machinerie de réparation et de réplication.
    11. La chaîne de synthèse de la pyrrolysine et des enzymes nécessaires aux modifications de son tRNA ainsi que l'intégration de ses codons dans les enzymes qui vont l'utiliser, me semblent plus faciles à concevoir par ces contraintes et les créations qui s"en suivent que par la réutilisation d'éléments pré-existants et leurs modifications par des mutations au fil des générations.
    12. %GC: J'ai comparé le grand nombre de mutations nécessaires pour expliquer la variation du taux GC à un tremblement de terre dans l'article sur la résonance. La création de gène et la reconstruction du génome me paraît plus adaptée, sans qu'on ait besoin de ce tremblement de terre.
    13. L'évolution adaptative: ce processus de contraintes et de créations permet une évolution progressive pour s'adapter au milieu qui change et est différente de l'évolution par sélection naturelle. La sélection naturelle procède, à partir d'un bagage existant qui fonctionne dans un milieu déterminé, par des mutations diverses et variées mais ponctuelles et les individus inaptes disparaissent. Avec l'évolution adaptative il n'y a pas cassure et réparation mais transformation progressive d'une séquence d'ADN créée grossièrement par les blocs d'ARN répondant aux contraintes majeurs que subit le procaryote.
    14. Comment est créée la fonction de la protéine? Quel lien existe-t-il entre la protéine et l'ADN? Quand est-ce que le gène nouvellement créé est transcrit puis traduit? Le lien premier est le système de réparation et réplication, ensuite c'est le chromosome en entier qui agit par sa résonance et celle de ses gènes.
    15. C'est ainsi que jusque là je pensais que la grande taille des chromosomes, chez les procaryotes, ne permettait pas une forte résonance pour créer le gène et que c'était aux plasmides qu'incombait ce rôle.  Deux faits m'ont changé d'avis, la reconstruction ci-dessus par les gros gènes et que les plasmides contiennent rarement les blocs d'ARNs. Certains plasmides contiennent de grandes chaînes de tRNAs mais sans rRNAs. C'est comme s'ils récupéraient le trop plein de création existant dans le chromosome. N'empêche qu'il faut clarifier le rôle des plasmides.

    6.11.19 Tanger

    Deux processus peuvent intervenir dans la création de gènes actuellement dans un procaryote et non au tout début des PEEMOVs où la création d'auto organisation par un nombre de monomères ADN et d'aas.

    • Le 1er processus serait la conversion de domaines protéiques déjà existant. Ils ont un état vibratoire en résonance avec le génome et sera mis en parallèle avec une séquence qui existe dans un cluster 16s-séquence-23s5s ou bien  16s23s5s-tRNAs-séquence. Plusieurs domaines pevent intégrés espacés de séquences nouvelles. L'état vibratoire de la totalité résultera des contraintes de l’environnement à ce moment. Ce processus est semblable au CRISPR où la bactérie reconnaît le soi du non-soi. Ici elle rapprocherait ( sans nécessairement couper) 2 séquences aux états vibratoires complémentaires, le cluster à rRNA et un domaine d'une protéine donnée.
    • Le 2ème processus, dans les réparations et notamment la conversion, serait la traduction des contraintes environnementales uniquement sous forme de répétitions de séquences de codons chapeautées par une séquence de gènes de tRNA ou non. C'est l'image de l'état vibratoire du génome et en particulier du système de conversion-réparation. Cela donnerait de petits cds comme je l'ai repéré dans le génome de psor.

    20.11.19 Tanger

    La danse des canards. Je reprend ici la question de la création de la fonction de la protéine abordée au point 14 du 16.9.19.

    1.  - Ce point définit le point de départ de cette création à savoir l'état vibratoire du gène déterminé par l'état vibratoire global et notamment celui du chromosome en entier. C'est un point de vue global qui ne détaille pas la séquence qui va de l'ADN à la fonction de la protéine. Ici je détaille le processus en 3 séquences toutes sous la contrainte globale qui est elle même une réponse à la contrainte environnementale.
    2.  - 1ère séquence: comme au point 14, elle commence dans l'ADN. C'est la contrainte architecturale, l'architecture de l'ADN. Elle se traduit par la création du gène, création de type domaine ou à la suite des tRNAs (voir ici note du 6.11.19). Ce gène est un cds comme indiqué dans les différents points du 16.9.19. C'est à dire qu'il peut être transcrit. La contrainte architecturale crée avant tout une séquence compatible avec le chromosome comme le phénomène CRISPR contrôle la compatibilité des morceaux d'ADN étrangers.
    3.  - 2ème séquence: C'est la contrainte réactionnelle. Les protéines de transcription réagissent à l'état vibratoire du gène et de son promoteur. Ces protéines sont soumises à une contrainte fonctionnelle, issue de la contrainte globale. D'où un début timide de transcription.
    4.  - 3ème séquence: C'est la contrainte fonctionnelle. La protéine nouvelle doit s'intégrer à l'ensemble des fonctions gérées par la globalité des protéines. S'il y a adéquation de la fonction de la nouvelle protéine avec l'organisme, alors les protéines de transcription activeront de plus en plus sa transcription. Dans le cas contraire le gène sera silencieux et se réveillera plus tard, ou bien ne se réveillera jamais et disparaîtra d'une façon ou d'une autre (pseudogène ou conversion). Cette 3ème séquence assure la création successive de plusieurs gènes d'une chaîne métabolique comme celle de la pyrolysine abordée au point 11 du 16.9.19.
       

     

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