• Séquences ADN

    Par mekali dans Tableaux numériques le 18 Novembre 2015 à 12:59

    18.11.15  Paris

      Prépation pour les séquences de type ** xddz ** avec x et z différents de d (d pour double): exemple ATTG. Pour une base donnée il y a ainsi 10 séquences. Les séquences
    de ATTT où il y a triplement on passe à un autre type de répétition. Comptage: 4*4 pour une base donnée d qq soit x et z, 3*2 pour xddd et dddz, 1*1 pour dddd, 3*1 pour
    xddx avec x # de d et 3*2 pour xddz avec x # de z et dans les 2 sens. Les 10 séquences non xddd (dans les 2 sens) donnent un ensemble de 40 séquences qui, en tenant
    compte du fait que l'ADN est double brin et que 2 séquences appariées sont indistingables du point de vue force physique qu'on les lise sur un brin ou l'autre, se réduisent
    à un ensemble de 20 séquences. Ce sont les groupements d'aas ou les protéines qui entourent l'ADN ou un groupement de bases empilées et appariées, qui sont sensibles à ce
    type de séquences. Ces séquences de 4 bases avec une base double viennent juste après une séquence à 3 bases sans répétition. Le projet est de faire le comptage de ces
    séquences en répétition comme je l'ai fait pour la répétition d'une base. Ces 20 séquences, xddz + dddd, interagissent avec les groupements d'aas et seraient donc à l'origine 
    de la détermination des 20 aas protéinogènes que l'on connait. Les 2 autres aas, seleno-Cys et pyro-Lys, auraient une origine au niveau de la modofication des tRNAs (Sel-Cys)
    et au niveau du métabolisme (pyro-Lys).

    TTTT

     

    ATTA

    CTTC

    GTTG

     

    ATTC

    CTTA

     

    ATTG

    GTTA

     

    CTTG

    GTTC

    AAAA

     

    TAAT

    CAAC

    GAAG

     

    TAAC

    CAAT

     

    TAAG

    GAAT

     

    CAAG

    GAAC

    CCCC

     

    ACCA

    TCCT

    GCCG

     

    ACCT

    TCCA

     

    ACCG

    GCCA

     

    TCCG

    GCCT

    GGGG

     

    AGGA

    CGGC

    TGGT

     

    AGGC

    CGGA

     

    AGGT

    TGGA

     

    CGGT

    TGGC

     

     

    Programme en perl pour compter les bases répétées

    Perl répétition des bases: chromsome

    #!/usr/local/bin/perl            mekki 17.11.15            Comptage de séquences de bases répétées
    #
    #    Résultat: KEGG donne 4 641 652 paires de bases. Chercher dans organismes de KEGG eco (Escherichia Coli).
    #
    #3    50279    50147    31599    31526    490653      −−−−>   Il y a 31 526 séquences de ggg.

    n t a c g  
    1 572,076 575,694 684,256 684,448 2,516,474
    2 155,479 155,226 185,070 183,945 1,359,440
    3 50,279 50,147 31,599 31,526 490,653
    4 15,523 15,380 6,067 6,027 171,988
    5 5,929 5,810 1,086 1,056 69,405
    6 1,929 1,891 153 154 24,762
    7 475 472 31 25 7,021
    8 97 109 7 3 1,728
    9 11 7 1 0 171
    10 0 0 0 1 10
              4,641,652

    La séquence de base originale est celle de NCBI, eco par exemple, et je copie le fichier FASTA dans un document .txt. Chaque ligne contient 70 bases. Pour accéder à eco NCBI je passe par KEGG2 organism et clique sur la séquence du chromosome.

    25.02.16  Paris

    Tableau des répétitions au-delà de 4, d'une seule base dans l'ADN, de 111 bactéries en fonction du contenu en GC du génome %GC.

    Les nombres sont ceux décomptés avec le programme précédent. Les valeurs aléatoires pour les mêmes %GC sont calculées à partir de 2 équation du second degré obtenues d'un graphe réalisé avec le programme "Perl répétitions des bases:aléas" contenant la fonction random de perl. Ces équation sont:

    pour les répétitions A ou T : 0.05081848x2 - 6.77976105x + 226.55530     colonne ata

    pour les répétitions G ou C: 0.05109014x2 - 3.41462253x + 57.4635150   colonne gca

     

    Les 111 bactéries étudiées du tableau principal sont celles de "Les états vibratoires de l'ADN et la sélection naturelle: tableaux":

    Ce sont 111 bactéries à contenus en %GC tous différents. Les bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

    aae aba ade age amd amo apt axl bae bbd bfl bla bmf bmv bsu bvs caa cad cbd cbl cff cgq chp cje cmi cmn crp cta dal dba ddr din dpt

    dte dvl eal eco eno fbt fnc gau gva hcr hhd hhl hmr hth ial kpn ksk lat lfc liv ljf lla lpl mah mcac mcu mts nis nse opr pac pae pdi pgd pgi

    ple pmh ppoy pub ret rip roa rpr rru saci salb say sbn sbw sbz sep sgr sho sma smf smk spi spl ssdc ssm sty sus synd tai tde thl tli tma tme

    tos tpas tsu uur vin vpr xcb ype zin.

     

    Les 139 bactéries étudiées du tableau Complément ont été étudiées lors de la recherche de celles du tableau principal .

    Les 139 bactéries sont notées suivant la nomenclature de KEGG :

    acp afw amr ams amt ana anb1 ank apv asd asf blo bpb bpn buc cac can cct ccx cdf cfv cgc cgl cjr cko cle clo cnt cpb cpy cru cth ctr ctu

    cvi cyt-c dda dge dsl ebf ebt eca ecla ecs eha eic ent esa eta fna fra gba gdi gym hav hde hin ipa kin koy ksa lhk mar men mhd mmk

    mmw mrb msv mxa oan1 oan2 pak pam pes pfq pge phm plu pma pmb pmg pmm pmr pmt ppk ppm psi pst ral raq req rer rha rho rob

    ror rpa rty sall salu salv sap sbh sbo scb scl sco sct sdr sect sepp ser sfl sfo sgl smg sms sms-p smx spe spq ssx sti stm sur syc syn tel tra

    tro tsc tth ttl tts wbr xac xbo ypg.

     

      Principal   Répétitions > 4             Complément   Répétitions > 4      
      111                         139                  
          10000*(A+T) / effectif aléas Répétitions > 4 tirées des comptages           10000*(A+T) / effectif aléas Répétitions > 4 tirées des comptages
                   
                                                   
      Effectif %GC A+T G+C ata gca T A C G       Effectif %GC A+T G+C ata gca T A C G
    zin 208,564 13.54 295.5 0.8 144.1 20.6 3113 3050 7 10     cru 162,589 13.98 330.8 0.4 141.7 19.7 2589 2790 4 2
    crp 159,662 16.56 282.8 0.3 128.2 14.9 2208 2307 3 1     smg 245,530 22.44 184.0 3.6 100.0 6.6 2,229 2,288 42 47
    hcr 657,101 22.53 195.1 1.7 99.6 6.5 6,427 6,393 56 54     wbr 697,724 22.48 208.6 0.9 99.8 6.5 7,321 7,233 29 35
    mcac 1,017,293 23.66 164.0 0.6 94.6 5.3 8400 8285 29 36     sms 276,984 22.60 233.4 4.1 99.3 6.4 2,998 3,468 50 63
    ssdc 459,399 24.24 172.6 3.0 92.1 4.7 3,920 4,009 63 77     Sms-P 190,657 24.00 174.1 3.4 93.1 4.9 1,603 1,717 31 34
    sbw 708439 25.07 205.2 1.5 88.5 4.0 7,139 7,400 42 62     buc 640,681 26.31 185.4 1.4 83.3 3.0 5,646 6,234 43 44
    uur 751,719 25.50 147.2 1.1 86.7 3.6 5422 5640 38 46     asf 1,620,005 28.26 95.0 2.5 75.5 1.8 7,804 7,580 190 208
    ple 358,242 26.17 143.9 2.1 83.9 3.1 2,182 2,972 29 48     rty 1,111,496 28.92 99.3 0.8 73.0 1.4 5,549 5,487 49 42
    smf 1,662,578 26.31 119.0 1.6 83.3 3.0 10,208 9,579 113 145     cdf 4,290,252 29.06 100.8 2.1 72.4 1.4 21,357 21,908 444 473
    fnc 2,268,272 27.12 144.6 1.7 80.0 2.4 15,901 16,899 188 205     bpn 791,654 29.56 105.3 2.3 70.5 1.2 3,809 4,525 95 84
    bfl 705,557 27.38 102.3 1.9 79.0 2.3 3,463 3,756 64 70     cjr 1,777,831 30.31 162.1 2.0 67.8 0.9 14,346 14,473 178 186
    cbl 3,992,906 28.31 111.7 3.0 75.3 1.7 23,180 21,401 585 614     pmm 1,657,990 30.80 116.2 3.3 66.0 0.8 9,706 9,560 296 249
    rip 574,390 28.48 169.9 1.4 74.7 1.7 5,149 4,608 48 34     cac 3,940,880 30.93 95.7 2.5 65.5 0.7 18,639 19,088 493 489
    rpr 1,111,523 29.00 100.5 1.0 72.7 1.4 5,688 5,488 60 46     pmb 1,669,886 31.32 120.5 3.2 64.1 0.6 10,046 10,071 267 266
    pub 1,308,759 29.68 138.2 1.8 70.1 1.1 8,928 9,156 117 122     pmg 1,641,879 31.34 121.2 3.1 64.0 0.6 9,967 9,929 258 243
    cad 3,105,335 29.93 87.9 2.4 69.1 1.0 13,589 13,710 351 382     sepp 2,490,012 32.12 75.4 1.8 61.2 0.5 9,663 9,111 259 184
    cje 1,641,481 30.55 160.2 2.1 66.9 0.8 13,069 13,222 167 184     ser 2,616,530 32.15 75.4 1.8 61.1 0.5 10,386 9,341 282 193
    pmh 1,738,790 31.15 121.3 3.1 64.7 0.7 10,643 10,443 273 266     cfv 1,866,009 33.26 123.4 1.2 57.3 0.4 11,400 11,624 105 124
    tme 1,915,238 31.40 136.0 4.8 63.8 0.6 13,238 12,800 490 431     cle 4,714,237 34.32 70.5 3.9 53.7 0.5 16,562 16,676 851 985
    sep 2,499,279 32.10 76.4 1.8 61.3 0.5 10,030 9,072 256 186     can 4,114,099 34.96 93.4 12.1 51.7 0.5 19,398 19,033 2,471 2,506
    hhl 2,649,255 32.46 65.1 4.9 60.0 0.5 8,690 8,550 652 641     cpy 4,847,594 35.35 64.8 2.6 50.4 0.6 15,556 15,864 588 688
    cff 1,773,615 33.31 122.0 1.2 57.1 0.4 10,348 11,285 93 114     pma 1,751,080 36.44 66.5 3.6 47.0 0.9 5,813 5,830 332 306
    ial 3,658,997 33.93 86.9 0.9 55.0 0.4 16,086 15,710 152 182     amt 4,929,566 36.82 70.6 7.1 45.8 1.0 17,431 17,352 1,679 1,814
    ljf 1,755,993 34.49 83.1 1.5 53.2 0.5 7,197 7,391 139 123     cyt-c 4,934,271 37.88 71.2 12.4 42.7 1.4 17,294 17,824 3,060 3,064
    dte 1,541,968 34.95 100.4 2.8 51.7 0.5 7,576 7,913 224 214     anb1 4,329,264 38.10 64.1 8.1 42.0 1.5 13,593 14,177 1,732 1,792
    lla 2,365,589 35.33 102.0 2.6 50.5 0.6 11,874 12,259 306 308     hin 1,830,023 38.15 81.3 3.4 41.9 1.6 7,361 7,518 302 318
    axl 2,569,486 35.72 65.0 2.4 49.2 0.7 8,179 8,531 284 328     pmr 4,063,606 38.90 68.3 6.1 39.7 1.9 13,897 13,869 1,322 1,165
    thl 2,562,720 36.04 102.3 3.0 48.2 0.8 13,045 13,182 374 404     cth 3,843,301 38.99 81.6 4.4 39.5 2.0 15,772 15,584 837 861
    lat 1,190,853 36.32 90.0 5.0 47.3 0.8 5,612 5,102 299 296     bpb 3,554,795 40.21 47.3 2.4 36.1 2.8 8,408 8,422 423 419
    bbd 4,196,595 36.81 86.7 3.1 45.8 1.0 17,917 18,452 633 676     hde 2,110,231 40.33 105.0 9.6 35.8 2.8 11,145 11,018 1,080 944
    liv 2,928,879 37.13 90.4 2.7 44.9 1.1 13,330 13,151 393 397     psi 4,402,109 41.27 60.8 7.2 33.3 3.6 13,429 13,318 1,594 1,580
    hmr 1,694,430 37.47 93.0 5.3 43.9 1.2 7,900 7,853 437 467     salv 2,527,978 41.27 59.0 2.4 33.3 3.6 7,468 7,447 308 305
    tde 2,843,201 37.87 126.9 4.0 42.7 1.4 18,098 17,974 618 525     ctr 1,042,519 41.31 65.8 5.9 33.2 3.6 3,442 3,413 292 326
    spi 1,937,111 38.32 80.2 2.9 41.4 1.6 7,601 7,936 274 296     ana 6,413,771 41.35 50.6 8.2 33.1 3.6 16,139 16,308 2,701 2,590
    vpr 2,132,142 38.63 44.5 3.4 40.5 1.8 4,705 4,780 338 382     mar 5,842,795 42.33 70.7 19.6 30.6 4.5 20,469 20,818 5,798 5,646
    chp 1,171,660 39.06 68.9 5.5 39.3 2.0 4,007 4,060 293 346     dsl 3,781,008 42.44 55.7 21.1 30.4 4.6 10,365 10,678 4,065 3,920
    spl 1,796,846 39.09 63.3 3.0 39.2 2.1 5,598 5,780 245 286     rob 3,692,226 42.49 63.4 2.7 30.2 4.6 9,596 13,803 315 698
    tsu 2,731,853 39.16 123.5 1.4 39.0 2.1 16,370 17,375 212 175     mmw 5,100,344 42.59 56.3 3.6 30.0 4.7 14,485 14,219 964 871
    nis 1,877,931 39.69 115.1 3.7 37.5 2.4 10,895 10,719 356 345     plu 5,688,987 42.83 51.0 6.9 29.4 4.9 14,782 14,258 2,086 1,822
    cmn 1,072,952 40.34 74.9 8.8 35.8 2.9 4,018 4,016 463 482     cct 3,463,414 43.16 49.0 3.3 28.6 5.3 7,812 9,146 287 866
    nse 859,006 41.08 65.3 4.3 33.8 3.4 2,891 2,722 187 182     sect 1,441,139 43.29 61.1 7.1 28.3 5.4 4,364 4,442 544 486
    cta 1,044,459 41.30 65.5 6.0 33.2 3.6 3,432 3,408 298 331     men 538,294 43.52 41.4 3.5 27.8 5.6 989 1,238 89 97
    hhd 4,150,632 41.82 55.7 6.8 31.9 4.0 11,508 11,601 1,386 1,420     ral 3,685,408 44.21 43.3 4.1 26.2 6.4 7,769 8,180 731 764
    gva 1,617,544 42.02 45.9 1.8 31.4 4.2 3,613 3,819 141 146     clo 1,809,717 44.21 61.0 5.3 26.1 6.4 5,627 5,410 480 474
    cbd 2,158,758 42.44 84.1 9.0 30.4 4.6 9,261 8,893 986 960     xbo 4,225,498 44.97 51.5 7.4 24.4 7.2 10,957 10,804 1,723 1,421
    bae 4,168,266 43.22 74.0 5.0 28.5 5.3 15,434 15,431 1,084 1,015     ppm 5,728,392 45.24 43.6 6.8 23.9 7.5 12,541 12,421 1,969 1,901
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    cmi 3,297,891 72.66 0.4 17.0 2.2 79.1 65 68 2,706 2,893     tsc 2,346,803 64.89 10.1 71.0 0.6 51.0 1,108 1,259 8,488 8,168
    salb 6,841,649 73.32 0.5 33.4 2.7 81.8 163 150 11,612 11,255     rpa 5,459,213 65.04 3.0 5.3 0.6 51.5 839 802 1,427 1,443
    ksk 8,783,278 74.20 0.4 28.5 3.3 85.4 164 172 12,885 12,123     gdi 3,944,163 66.43 6.0 21.6 0.4 56.1 1,185 1,194 4,290 4,220
    ade 5,013,479 74.91 0.3 16.3 3.8 88.3 61 81 4,074 4,122     dge 2,467,205 66.64 7.1 28.0 0.4 56.8 876 885 3,382 3,521
                              sur 10,260,756 67.46 2.4 38.1 0.5 59.6 1,270 1,241 19,355 19,692
                              rha 7,804,765 67.52 0.8 15.0 0.5 59.8 310 301 5,642 6,071
                              mhd 2,269,167 68.08 6.7 51.1 0.5 61.8 756 755 5,720 5,871
                              sti 2,741,033 68.10 0.8 16.8 0.5 61.9 118 98 2,208 2,393
                              tra 3,260,398 68.14 14.3 47.1 0.5 62.0 2,410 2,266 7,607 7,736
                              cgc 3,342,364 68.71 2.0 44.8 0.6 64.0 327 352 7,556 7,434
                              req 5,043,170 68.82 0.4 14.0 0.7 64.5 118 96 3,421 3,662
                              mxa 9,139,763 68.89 1.0 21.5 0.7 64.7 459 469 9,978 9,650
                              tts 1,863,201 68.92 5.3 93.4 0.7 64.8 493 496 8,785 8,616
                              ttl 1,902,595 69.09 4.7 94.8 0.7 65.4 479 418 8,933 9,097
                              tth 1,894,877 69.44 4.4 95.5 0.8 66.7 394 448 9,182 8,911
                              ccx 10,080,619 69.90 0.9 22.3 0.9 68.4 409 469 10,953 11,548
                              fra 5,433,628 70.08 1.4 22.1 1.0 69.1 380 375 6,196 5,818
                              sbh 11,936,683 70.75 0.8 25.4 1.3 71.6 500 500 15232 15096
                              ams 8,773,466 70.82 0.9 12.3 1.3 71.9 379 397 5,401 5,398
                              fna 6,021,225 70.83 0.5 14.3 1.3 71.9 129 150 4,167 4,443
                              scl 13,033,779 71.38 1.2 20.9 1.5 74.0 785 808 13,650 13,645
                              scb 10,148,695 71.45 0.6 28.3 1.6 74.3 295 304 14,620 14,078
                              ssx 7,414,440 71.75 0.5 26.5 1.7 75.5 196 200 9,816 9,868
                              sco 8,667,507 72.12 0.4 24.5 1.9 76.9 172 218 10,660 10,577
                              sall 9,784,577 72.13 0.7 27.1 1.9 77.0 333 338 13,093 13,449
                              salu 9,360,281 72.32 0.7 26.8 2.0 77.7 309 312 12,428 12,611
                              gba 5,311,527 72.56 0.3 10.8 2.2 78.7 61 75 2,909 2,836
                              sct 6,283,062 72.94 0.5 28.6 2.4 80.2 183 151 8,741 9,247
                              phm 3,803,225 73.29 0.6 24.9 2.6 81.6 107 119 4,752 4,701
                              afw 5,277,990 73.53 0.3 22.2 2.8 82.6 92 82 5,959 5,741
                              acp 5,029,329 74.72 0.3 16.4 3.7 87.5 70 68 4,055 4,183
                              ank 5,061,632 74.84 0.3 16.5 3.8 88.1 65 63 4,202 4,160
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