Organisation / Structure

Les 1ères réflexions sur le concept d'organisation a démarré par l'étude des milieux condensés avec l'article en préparation Nanotechnologie liquide de novembre 2012. Cette réflexion est précédée de la lecture des hautes pressions de Eldik, résumé en octobre 2012. Après cela j'ai écrit la continuité en juillet 2013.

J'ai commencé l'organisation du liposome tout à fait au début avec le pétrole prébiotique et son postulat, et avant le concept d'organisation. L'organisation du liposome est à la base des réflexions dans chimio-osomose et chiralité prébiotiques avant de la finalisée dans évolution de la membrane prébiotique.

1.3.15 Paris

DNA

Dossier supramolecular.

Hydrophobicity:

The interior of double-stranded DNA is very hydrophobic which is just a fancy way of saying that water is excluded. Unlike proteins, the formation of double-stranded DNA is not an example of an entropy-driven hydrophobic effect, Instead it is enthalpic contributions in the form of stacking interactions that drive the reaction. However, the hydrophobic interior is essential because it stabilizes and protects the hydrogen bonds between the bases. These hydrogen bonds would not form if they were surrounded by water molecules since each of them could just as easily be replaced by hydrogen bonds with water.

The distance between one base pair and the next is 0.33 nm, on average. ( Laurence A. Moran 2007 ).

Stacking energy:  

Changhong Ke, Michael Humeniuk, Hanna S-Gracz, and Piotr E. Marszalek (2007) Direct Measurements of Base Stacking Interactions in DNA by Single-Molecule Atomic-Force Spectroscopy. Phys. Rev. Lett. 99:018302

The force required can be used to directly calculate the stacking interactions between the adenylate residues. The value turns out to be 3.6 ± 0.2 kcal/mol per base        (15 kJ/mol). This is very close to the stacking energies calculated for A/T base pairs in earlier experiments. (The stacking energies for G/C base pairs in DNA are about 61 kJ/mol.) . ( Laurence A. Moran 2007 ).

Forces:

Principles of Biochemistry, 4/E, ©2006 Pearson Prentice Hall, Inc.

\                   /
CH2       H2C     hydrophobic interaction  ~3  to  10 kJ/mol     hydrogen bond   ~2  to  20 kJ/mol         (hydrophobic interaction: force de London)
/                  \

                         vdW interaction   ~0.4  to  4 kJ/mol                charges interaction (+ −)  ~40  to  200 kJ/mol