23.06.2013

A partir de KEGG recherche d'une protéine membranaire (par exemple transport (others), énergie, PLD ...), puis recherche de ECO (E.Coli) et à droite cliquer sur Uniprot puis choisir "Original site". En plus de cequi est affiché cliquer sur détails de la structure secondaire pour avoir la partie hélice des zones périplasmiques et cytoplasmiques.

KEGG transporters

Aquaporin Z:  231 aas   6 hélices membranaires et 13 en structure secondaire

Voltage-gated potassium channel Kch : 417 aas 6 hélices membranaires et 8 en structure secondaire

Ammonia channel amtB : 428 aas 11 hélices membranaires et 23 en structure secondaire (pls de + de 30 aas)

Potassium efflux system KefA : 1120 aas 11 hélices membranaires pas de structure secondaire

Outer membrane protein F ompF : 362 aas que des béta membranaires (17) et 3 hélices en secondaires le reste en béta. 

Magnesium transport protein CorA : 316 aas 2 hélices membranaires pas de structure secondaire

Zinc transport protein ZntB : 327 aas 2 hélices membranaires pas de structure secondaire

Sodium/proline symporter : 502 aas 12 hélices membranaires pas de structure secondaire

GABA permease gabP : 466 aas 12 hélices membranaires pas de structure secondaire

Na(+)/H(+) antiporter subunit A mrpA : 805 aas 21 hélices membranaires pas de structure secondaire    Bacillus pseudofirmus (strain OF4)

Phosphate transport system permease protein PstC : 319 aas 6 hélices membranaires pas de structure secondaire

Phosphate-binding protein PstS : 346 aas periplasme. Structure secondaire avec 13 hélices et 12 béta

Phosphate import ATP-binding protein PstB : 257 aas membranaire. Pas de structure secondaire mais ATP binding.

Phosphate transport system permease protein PstA : 296 aas 6 hélices membranaires pas de structure secondaire

KEGG Phospholipides

CDP-diacylglycerol pyrophosphatase cdh  EC.3.6.1.26: 251 aas 1 hélice membranaire pas de structure secondaire

CDP-diacylglycerol--glycerol-3-phosphate 3-phosphatidyltransferase EC 2.7.8.5 :  182 aas 4 hélices membranaires pas de structure secondaire

Phosphatidate cytidylyltransferase EC 2.7.7.41 :  285 aas 8 hélices membranaires pas de structure secondaire

21.06.2013

Phosphorylation oxydative KEGG

ATP synthase subunit c : 79 aas 2 hélices membranaires et 2 en structure secondaire

ATP synthase subunit a : 271 aas 5 hélices membranaires et 4 en structure secondaire

Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit sdhC : 129 aas 3 hélices membranaires et 5 en structure secondaire

Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit sdhD : 115 aas 3 hélices membranaires et 4 en structure secondaire