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Geomicrobiology. Edited by S. K. Jain, A. A. Khan, M. K. Rai.  Published April 14th 2010 by Science Publishers – 320 pages

Chapitre 2 p 47:
Deep-Sea Piezophilic Bacteria : Geomicrobiology and Biotechnologie. Jiasong Fang and Chiaki Kato.

• Origine du pétrole: chapitre 5 page 139 à construire. page 153 tableau des produits des procaryotes dans le pétrole.
• Recherche des RNA ribosomaux dans KEGG : organism, nom abrégé (svo), sequence, genes et faire find/16S ribosomal (ou 5S ou 23S). il y en a plusieurs. Puis afficher FASTA. J'ai trouvé svo, Shewanella violacea DSS12; ppr, photobacterium profundum; cps, Colwellia psychrerythraea. Pas de Moritella?
• Les acides gras biomarqueurs des piézophiles Figure 2.2:  Fatty acid biomarkers commonly detected in piezophilic bacteria.  
  
  + (a) a saturated fatty acid; (b) a mono-unsaturated fatty acid; (c) a cyclopropane fatty acid; (d) an iso-branched fatty acid; (e) an anteiso-branched fatty acid ; (f) a ß-hydroxy fatty acid; (g) eicosapentaenoic acid (EPA); (h) docosahexaenoic acid (DHA).
  + DeLong E.E., D.G. Franks and A.A. Yayanos. 1997: Evolutionary relationship of cultivated psychrophilic and barophilic deep-sea bacteria. Appl. Environ. Microbiol. 63:2105-2108.
• Voie métabolique PKS des PUFA (EPA, DHA) différente de FAS des acides gras: page 63. (PolyKetide Synthase)
  + Les gènes de la voie PKS sont répandus chez toutes les bactéries marines.
  J.G.Wallis, J.L.Watts, J.Browse, 2002. Polyunsatured faty acides synthesis: what will they think of next? Trends Biochem. Sci. 27:467-473.
  + Corrélation linéaire forte entre la pression et le fractionnement isotopique du carbone des acides gras. Le δ¹³C est respectivement de -13.9, -14.5, -18.3‰ à 10, 20, 50MPa. Le fractionnement est plus négatif qu'en surface.
  J.Fang, M.Uhle, K.Billmark, D.H.Bartlett, C.Kato; 2006. Fractionation of carbon isotopes in biosynthesis of fatty acids by a piezophilic bacterium Moritella japonica DSK1. Geochim. Cosmochim. Acta 70:1753-1760.
• Les bactéries piézophiles obligatoires: ne poussent pas à moins de 50MPa à environ 10°C.
  Voir Table 2.1 page 51; souche, profondeur du prélèvement, conditions optimales et référence:
  
  + Shewanella benthica DB21MT-2, Mariana Trench 10.898m, 70MPa 10°C,
  C.Kato, L.Li, Y.Nogi, Y.Nakamura, J.Tamaoka, K.Horikoshi. 1998: Extremely barophilic bacteria isolated from the Mariana Trench Challenger Deep at a depth of 11,000 meters. Appl. Environ. Microbiol. 64:1510-1513.
  + Colwellia MT41, Mariana Trench 10.898m, 103MPa 8°C,
  DeLong E.E., D.G. Franks and A.A. Yayanos. 1997: ci-dessus.
• Les bactéries piézotolérantes:
  Page 54, le temps de doublement de la population:
  + "S.violacea DSS12 (shewanella) is a moderately piezophilic bacterium and was isolated from sediment of the Ryukyu Trench at 5,110 m (Kato et al. 1995a, Nogi et al. 1998b). lt is able to grow at hydrostatic pressures of up to 70 MPa (Kato et al. 1995a) with a relatively constant doubling time in a wide pressure range (0.1 MPa to 70 MPa), whereas the doubling times of most of the piezophilic S.benthica strains change substantially with increasing pressure (Kato et al. 1995a, 1996a, 1998)."
  + Kato C., T.Sato and K.Horikoshi, 1995. Isolation and properties of barophilic and barotolerant bacteria from deep-sea mud samples. Biodiv. Conserv. 4:1-9.
• Interprération de la piézophilie: voir la version 1 de piezo
  
  1. Avons-nous raisons de n'étudier l'évolution moléculaire qu' à 0.1MPa?
  2. Est-ce que la pression hydrostatique dans le cytoplasme est inférieure de celle de l'extérieur? Ce qui permettrait un fonctionnement plus ou moins autonome des protéines.
  3. L'évolution moléculaire a-t-elle put commencer à une pression supérieure? peut-être au-delà de 200 MPa comme nous pouvons le voir dans la piézochimie ici.