• aa des hélices α membranaires

    26.07.13

     Fréquences des aa dans les hélices alpha membranaires E.Coli (eco) comparées à celles de la RNA polymérase

    Références KEGG des perméases (colonne 2)                            Comptage dans les hélices seulement, à partir de UniProt référencé par KEGG

    hel permease cations  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y  
                                                 
    ions mscL 8 0 1 0 6 4 1 7 1 3 2 1 0 1 0 2 0 9 0 1 47
    ions mscM 10 0 2 0 7 6 3 18 1 22 5 2 2 3 1 4 2 13 3 1 105
    ions mscS 14 0 0 0 2 8 0 12 0 11 2 3 0 1 4 2 1 10 0 1 71
    ions ynaI 8 2 2 1 11 11 2 19 2 19 3 2 0 1 0 8 3 8 1 2 105
    ions kefA 21 2 1 3 19 17 2 29 2 50 10 6 7 4 1 11 10 23 10 3 231
    volume cvrA 29 1 7 3 20 29 0 36 0 59 9 4 10 4 1 22 10 23 4 4 275
    K kefB K+H+ 36 0 4 5 21 32 2 15 4 64 15 1 5 5 1 13 9 35 3 3 273
    K kup K+ 24 1 4 2 20 20 0 31 2 49 7 3 13 2 0 13 17 29 7 8 252
    B5 panF Na+ 31 1 0 2 17 23 2 26 2 53 10 2 11 2 1 15 10 31 7 6 252
    acetate actp Na+ 37 2 1 3 29 33 2 36 3 47 18 1 7 2 3 18 13 29 6 9 299
    Glu gltS Na+ 33 4 3 2 14 29 2 22 4 56 13 7 10 3 2 10 13 30 0 2 259
    Pro putP 37 3 0 2 20 33 0 36 2 37 10 2 5 1 3 17 9 28 12 7 264
    P yjbB 20 3 2 1 12 13 2 19 1 37 4 2 6 2 1 10 9 20 1 3 168
    Ca chaA 33 1 0 3 15 15 5 26 0 50 7 3 8 2 0 19 9 29 3 3 231
    H+ yrbG 22 1 4 2 9 18 0 27 1 49 6 5 7 1 2 14 8 24 4 6 210
     Zn zupT 24 1 0 4 11 26 2 19 0 33 11 2 4 1 0 8 5 13 2 2 168
     Zn zntB 2 1 0 0 6 7 0 4 0 10 2 1 1 1 0 2 2 5 2 0 46
     Zn czcD 22 0 4 2 6 10 1 14 0 26 5 2 2 0 1 5 6 14 5 1 126
    Fe fieF 20 1 2 0 6 10 0 16 1 25 5 2 0 2 2 11 6 11 5 5 130
    Mn mntH 36 0 3 3 13 15 3 24 0 41 12 4 6 6 1 10 12 26 5 4 224
        467 24 40 38 264 359 29 436 26 741 156 55 104 44 24 214 154 410 80 71 3736
        125 6 11 10 71 96 8 117 7 198 42 15 28 12 6 57 41 110 21 19 1000
                                                 
    porine aqpZ H2O 19 2 0 2 12 19 2 13 0 21 2 0 3 2 0 3 4 17 3 2 126
        151 16 0 16 95 151 16 103 0 167 16 0 24 16 0 24 32 135 24 16 1000
                                                 
    hel permease aa  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y  
                                                 
    K cadB 39 8 1 3 19 32 1 34 1 40 16 5 6 2 1 21 19 30 9 7 294
    K lysE 18 3 2 0 12 12 1 12 0 24 5 2 3 3 1 4 5 9 6 4 126
    ornitine potE 28 4 0 0 10 25 0 31 0 32 14 6 8 4 0 23 17 31 9 10 252
    R arcD 31 5 0 3 12 24 3 24 2 63 12 4 5 2 0 19 12 35 9 8 273
    R adiC 26 6 0 2 13 28 0 31 0 36 8 6 5 1 0 15 18 39 8 10 252
    d-Ser dsdX 32 4 2 3 17 29 2 38 2 52 10 3 13 0 0 13 18 30 2 3 273
    aa yjeH 33 7 1 3 12 20 2 24 1 51 7 2 5 4 0 7 7 28 12 5 231
    T rhtC 9 2 0 1 4 10 3 9 0 16 8 0 2 0 0 2 5 9 5 2 87
    L leuE 13 1 1 1 16 10 0 13 2 24 2 4 4 1 2 5 7 13 1 6 126
    G P betT 28 2 3 0 28 25 1 23 1 42 10 1 4 1 0 16 22 26 10 9 252
    D dcuA 30 3 4 1 10 16 0 22 1 24 6 2 5 3 1 11 11 21 1 5 177
    D dcuB 29 3 4 1 7 18 0 25 2 25 6 2 6 4 1 11 9 20 1 5 179
    D dauA 38 2 2 3 11 27 2 33 0 45 10 4 10 4 0 14 13 28 2 4 252
        354 50 20 21 171 276 15 319 12 474 114 41 76 29 6 161 163 319 75 78 2774
        128 18 7 8 62 99 5 115 4 171 41 15 27 10 2 58 59 115 27 28 1000
                                                 
    hel ABC aa  A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y  
                                                 
    H hisM 13 1 0 2 8 6 1 13 0 22 1 2 2 1 1 5 9 9 2 7 105
    H hisQ 7 1 3 1 5 10 0 15 1 21 2 4 2 2 0 5 6 15 1 4 105
    Q glnP 11 0 1 3 7 9 0 19 1 13 2 2 2 2 1 6 6 15 3 2 105
    R artM 9 1 0 2 5 7 1 12 1 24 4 1 3 1 0 5 10 11 2 6 105
    R artQ 14 2 3 1 7 5 0 10 1 23 2 1 2 1 1 5 4 14 3 6 105
    E D gltK,aatM 10 0 1 1 9 7 1 12 2 24 7 1 3 5 1 8 7 16 3 5 123
    E D gltJ,aatQ 12 2 2 2 10 4 0 13 1 18 4 4 4 2 0 6 6 8 2 2 102
    L-aa aapQ 24 1 2 2 15 10 1 22 0 32 5 2 5 3 1 11 5 19 4 4 168
    L-aa aapM 16 2 1 4 13 15 0 26 2 29 5 3 7 1 2 6 5 15 11 5 168
    LIV livH 24 0 1 0 8 22 0 28 0 23 13 2 2 2 0 8 7 18 3 7 168
    LIV livM 29 1 1 1 23 25 1 18 1 48 11 4 6 4 5 6 7 28 5 7 231
    D-M metI 10 0 0 0 8 13 0 14 0 15 3 2 4 2 1 4 7 18 1 3 105
        179 11 15 19 118 133 5 202 10 292 59 28 42 26 13 75 79 186 40 58 1590
        113 7 9 12 74 84 3 127 6 184 37 18 26 16 8 47 50 117 25 36 1000
                                                 
                                                 
              DNA-directed RNA polymerase                            
        A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y  
                                                 
     Sous-unité beta 79 7 92 122 44 106 19 84 80 127 37 51 56 58 90 74 60 109 4 43 1342
      beta' 124 15 81 109 35 115 21 92 87 139 36 48 57 50 99 71 77 108 9 34 1407
      alpha 23 4 21 36 4 20 8 24 16 38 5 9 16 10 23 17 19 30 1 5 329
      omega 11 0 5 12 1 5 0 6 3 7 2 4 2 9 10 0 4 10 0 0 91
                                                 
      total b b' a 226 26 194 267 83 241 48 200 183 304 78 108 129 118 212 162 156 247 14 82 3078
        73 8 63 87 27 78 16 65 59 99 25 35 42 38 69 53 51 80 5 27 1000

     

     

     

     

     

     

     

     

     

    Programme PERL pour le comptage: dans un terminal Linux; perl hello.pl puis copier un seul mot représentant la protéine ou l'hélice à décompter. Utiliser WRITER pour enlever les marques de paragraphes  ou de retour à la ligne. Copier le résultat dans WRITER et le formater en tableau (1 ligne 20 colonnes).

    $ligne = <stdin>;
    $a = split(/A/,$ligne) -1;
    $c = split(/C/,$ligne) -1;
    $d = split(/D/,$ligne) -1;
    $e = split(/E/,$ligne) -1;
    $f = split(/F/,$ligne) -1;
    $g = split(/G/,$ligne) -1;
    $h = split(/H/,$ligne) -1;
    $i = split(/I/,$ligne) -1;
    $k = split(/K/,$ligne) -1;
    $l = split(/L/,$ligne) -1;
    $m = split(/M/,$ligne) -1;
    $n = split(/N/,$ligne) -1;
    $p = split(/P/,$ligne) -1;
    $q = split(/Q/,$ligne) -1;
    $r = split(/R/,$ligne) -1;
    $s = split(/S/,$ligne) -1;
    $t = split(/T/,$ligne) -1;
    $v = split(/V/,$ligne) -1;
    $w = split(/W/,$ligne) -1;
    $y = split(/Y/,$ligne) -1;
    $somme = $a+$c+$d+$e+$f+$g+$h+$i+$k+$l+$m+$n+$p+$q+$r+$s+$t+$v+$w+$y;
    print ("La chaîne contient\n");
    print ("$a $c $d $e $f $g $h $i $k $l $m $n $p $q $r $s $t $v $w $y $somme \n");

    « La continuité entre l'évolution moléculaire et l'évolution darwinienneLes aas libres comme lubrifiant »

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